이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmod_gff3_preprocessor.plp 명령입니다.
프로그램:
이름
$0 - chado 데이터베이스에 대량 로딩하기 위해 GFF3 파일을 준비합니다.
개요
% gmod_gff_preprocessor [옵션] --gfffile
명령줄 옵션
--gfffile GFF3이 포함된 파일(선택 사항, 읽을 수 있음)
표준 입력에서)
--outfile 결과 파일의 이름을 지정하는 데 사용될 이름 커널
--splitfile 파일을 보다 관리하기 쉬운 청크로 분할하여 다음을 제공합니다.
분할을 제어하는 인수
--onlysplit 파일을 분할한 후 종료합니다(즉, 정렬하지 않음).
--nosplit 파일을 분할하지 않습니다(예: 정렬만).
--hasrefseq 파일에 참조 시퀀스 라인이 포함된 경우 이를 설정합니다.
(파일을 분할하지 않는 경우에만 필요)
--dbprofile gmod.conf 프로필 이름 지정(그렇지 않으면 기본값 사용)
--inheritance_tiers 이 파일에서 예상되는 상속 수준은 몇 개입니까?
갖다 (기본값: 3)
기술
Splitfile - 이 플래그를 1로 설정하면 파일이 참조로 분할됩니다.
순서. 선택적 인수를 제공하면 다음에 따라 추가로 분할됩니다.
이러한 규칙:
source=1 소스 열의 값에 따라 파일을 분할합니다.
source=a,b,c 일치하는 소스가 있는 줄을 넣습니다(정규식을 통해).
별도의 파일에 'a', 'b' 또는 'c'
type=a,b,c 'a', 'b' 또는 'c'와 일치하는 유형의 행을 a에 넣습니다.
별도 파일
예를 들어, 모든 분석 결과를 별도의 파일에 저장하려면
'--splitfile type=match'를 나타낼 수 있으며 모든 cDNA_match, EST_match 및
cross_genome_match 기능은 별도의 파일로 이동됩니다(참조 서열로 구분).
상속_티어 - 이 파일의 상속 수준 수입니다. 예를 들어,
파일에는 "중앙 도그마" 유전자(유전자/mRNA/엑손,폴리펩타이드)가 있고 3개가 있습니다. 위로
~ 4까지 지원되지만 숫자가 높을수록 속도가 느려집니다. 당신이하지 않으면
3이 합리적인 추측입니다.
파스타 순서
GFF3 파일의 끝에 FASTA 시퀀스가 포함된 경우 시퀀스는 다음 위치에 배치됩니다.
확장자가 '.fasta'인 별도의 파일입니다. 이 fasta 파일은 다음 후에 별도로 로드할 수 있습니다.
분할 및/또는 정렬된 GFF3 파일은 다음 명령을 사용하여 로드됩니다:
gmod_bulk_load_gff3.pl -g
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gmod_gff3_preprocessor.plp를 사용하십시오.
