이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmt-music-pfamp 명령입니다.
프로그램:
이름
gmt music pfam - MAF 파일에 Pfam 주석 추가
버전
이 문서는 gmt music pfam 버전 0.04(2016-01-01 at 23:10:19)에 대해 설명합니다.
개요
gmt 음악 pfam --maf-file=? --출력 파일=? --참조 빌드=?
... 음악 pfam \
--maf 파일 myMAF.tsv \
--출력 파일 myMAF.tsv.pfam
필요한 인수
maf 파일 본문
TCGA MAF 사양 v2.3을 사용한 돌연변이 목록
결과물 파일 본문
Pfam 주석 도메인을 보고하는 추가 열이 있는 출력 MAF 파일
참조 빌드 본문
옵션은 'Build36' 또는 'Build37'입니다. 이 매개변수는
도메인 유효한 값:
Build36
Build37
지정되지 않은 경우 기본값 'Build37'
기술
이 명령은 MAF 파일 끝에 있는 열에 Pfam 도메인을 추가합니다.
이 도구는 MAF 파일을 가져와 각 변형의 위치를 결정한 다음
변이가 교차하는 모든 Pfam 주석 도메인을 검색하는 빠른 조회. NS
열은 "Pfam_Annotation_Domains"라는 입력 MAF 파일의 끝에 추가됩니다. 여기서
결과가 나열됩니다. Pfam 도메인이 발견되지 않으면 "NA"가 나열됩니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 gmt-music-pfamp 온라인 사용
