gmt-music-survivalp - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gmt music survival - 임상 및 돌연변이에 대한 생존 플롯과 P 값을 생성합니다.
표현형.

버전

이 문서는 GMT Music Survival 버전 0.04(2016-01-01 23:10:19)에 대한 설명입니다.

개요

gmt 음악 서바이벌 --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--유전데이터유형=?] [--숫자임상데이터파일=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--포함할 표현형=?] [--범례-배치=?] [--비코딩-건너뛰기]

... 음악 생존 \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-파일 /경로/myMAF.tsv \
--숫자-임상-데이터-파일 /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--출력-디렉토리 /경로/출력_디렉토리

... 음악 생존 \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-파일 /경로/myMAF.tsv \
--glm-임상-데이터-파일 /path/myGLMClinicalData.tsv \
--출력-디렉토리 /경로/출력_디렉토리

... 음악 생존 \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-파일 /경로/myMAF.tsv \
--유전자 데이터 유형 '유전자' \
--glm-임상-데이터-파일 /path/myGlmClinicalData.tsv \
--표현형-포함할 '인종, 성별, TP53' \
--출력-디렉토리 /경로/출력_디렉토리

필요한 인수

밥 리스트 본문
분석에 포함될 샘플 이름 목록입니다. (설명 참조)

출력 디렉토리 본문
출력 파일이 기록될 디렉토리

선택 사항 인수

maf 파일 본문
MAF 형식의 돌연변이 목록

건너뛰기 무음 부울
제공된 MAF 파일에서 자동 돌연변이 건너뛰기

지정되지 않은 경우 기본값 'true'

noskip-silent 부울
건너뛰기를 '거짓'으로 설정

유전 데이터 유형 본문
임상 데이터를 "유전자" 또는 "변이" 수준 데이터와 연관시킵니다.

지정하지 않으면 기본값은 'gene'입니다.

수치 임상 데이터 파일 본문
샘플 표(y) 대 숫자 임상 데이터 범주(x)

범주형 임상 데이터 파일 본문
샘플 표(y) 대 범주형 임상 데이터 범주(x)

glm 임상 데이터 파일 본문
임상 특성, 돌연변이 프로필, 기타 혼합 임상 데이터(설명 참조).

포함할 표현형 본문
분석에는 이러한 유전자 및/또는 표현형만 포함하세요. (쉼표로 구분)

범례 배치 본문
'왼쪽 하단', '왼쪽 상단', '오른쪽 상단', '오른쪽 하단' 중 하나를 선택하세요.

지정하지 않으면 기본값은 'bottomleft'입니다.

스킵 비 코딩 부울
제공된 MAF 파일에서 비코딩 돌연변이 건너뛰기

지정되지 않은 경우 기본값 'true'

noskip 비 코딩 부울
스킵 비코딩을 '거짓'으로 설정

기술

이 명령은 생존 분석을 수행하고 돌연변이 데이터에 대한 생존 곡선을 표시합니다.
--phenotypes-to-include 입력을 통해 지정된 관심 있는 임상적 특성과 함께
매개변수. 수행된 분석에는 Kaplan-Meier 추정량과 Cox 추정량이 포함됩니다.
비례 위험 모델. 분석된 각 유전자/임상적 특성에 대한 출력에는 생존이 포함됩니다.
곡선, 위험 비율(신뢰 구간 포함), P 값 및 FDR을 설명합니다.
생존자와 비생존자 간의 차이의 중요성.

모든 임상 데이터 파일은 필수(대소문자 구분 없음) "vital_status"로 검색됩니다.
그리고 샘플 ID를 통해 표현형과 쌍을 이루는 "days_to_last_followup" 열
생존 분석. 모든 임상 데이터 파일의 첫 번째 열에는 샘플이 포함되어야 합니다.
다른 MuSiC 도구와 마찬가지로 ID를 사용합니다. 기본적으로 분석은 존재하는 모든 유전자에 대해 수행됩니다.
MAF에서. 선택적으로 분석을 특정 유전자만 나열하여 제한할 수 있습니다.
(쉼표로 구분) --phenotypes-to-include 입력 매개변수 뒤에 추가하십시오. 생존 분석은
임상 데이터 파일의 다른 열에서도 열 머리글을 추가하여 수행할 수 있습니다.
--phenotypes-to-include 입력 매개변수 뒤에 지정된 항목 목록에 추가합니다.

임상 데이터 입력 파일을 만드는 데 대한 몇 가지 일반적인 지침은 다음과 같습니다.

· 헤더가 필요합니다.

· 각 임상 데이터 파일의 첫 번째 열에는 해당 샘플 ID가 포함되어야 합니다.
--bam-list와 MAF 변형 목록 모두에서(MAF에서는 이것이
(특히 Tumor_Sample_Barcode 열).

· 임상 데이터 파일 입력 중 하나 이상에서 "vital_status" 헤더가 있는 열
그리고 "days_to_last_followup"(대소문자 구분 없음)이 있어야 합니다. "vital_status"는 다음과 같아야 합니다.
1과 0으로 구분되며, 0은 '생존'을, 1은 '사망'을 나타냅니다.

모든 입력 파일은 탭으로 구분해야 합니다.

인수

--bam-목록
각각에 대한 샘플 이름과 정상/종양 BAM 위치가 포함된 파일을 제공합니다. 사용하다
줄당 탭으로 구분된 형식 [sample_name normal_bam tumor_bam]. 이 도구만
다른 모든 열을 건너뛸 수 있도록 sample_name이 필요합니다. sample_name은 다음과 같아야 합니다.
MAF 파일에 사용된 종양 샘플 이름과 동일(16번째 열, 헤더 포함
종양_샘플_바코드).

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