이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx_d 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx - 분자 동역학 시뮬레이션 제품군
개요
gmx [-[아니오]h] [-[아니]조용] [-[no]버전] [-[no]저작권] [-멋진 ]
[-[아니오]백업]
기술
GROMACS는 분자 동역학 시뮬레이션을 수행하는 완전한 기능을 갖춘 프로그램 모음입니다.
즉, 다음을 사용하여 수백에서 수백만 개의 입자가 있는 시스템의 동작을 시뮬레이션합니다.
뉴턴의 운동 방정식. 주로 단백질, 지질 및 지질 연구에 사용됩니다.
폴리머이지만 다양한 화학 및 생물학적 연구에 적용될 수 있습니다.
질문.
옵션
기타 옵션 :
-[아니오]h (아니)
도움말 인쇄 및 종료
-[아니]조용 (아니)
일반적인 시작 정보 또는 따옴표를 인쇄하지 마십시오.
-[no]버전 (아니)
확장 버전 정보 인쇄 및 종료
-[no]저작권 (예)
시작 시 저작권 정보 인쇄
-멋진 (19)
nicelevel 설정(기본값은 명령에 따라 다름)
-[아니오]백업 (예)
출력 파일이 있는 경우 백업 쓰기
GMX 명령
다음 명령을 사용할 수 있습니다. 개별 매뉴얼 페이지를 참조하거나 gmx
도움 자세한 내용은.
사선 분석
gmx-갱글(1)
각도 계산
gmx 거리(1)
위치 쌍 사이의 거리 계산
gmx 프리볼륨(1)
여유 볼륨 계산
gmx-pairdist(1)
위치 그룹 간의 쌍별 거리 계산
gmx-rdf(1)
방사형 분포 함수 계산
gmx-사사(1)
용매 접근 가능 표면적 계산
gmx 선택(1)
선택 항목에 대한 일반 정보 인쇄
생성 토폴로지 과 좌표
gmx-editconf(1)
상자 편집 및 하위 그룹 작성
gmx-x2top(1)
좌표에서 기본 토폴로지 생성
gmx-용매화물(1)
시스템 해결
gmx-삽입-분자(1)
기존 공석에 분자 삽입
gmx-genconf(1)
'무작위' 방향으로 형태를 곱합니다.
gmx-천재(1)
에너지적으로 유리한 위치에서 단원자 이온 생성
gmx-genrestr(1)
인덱스 그룹에 대한 위치 제한 또는 거리 제한 생성
gmx-pdb2gmx(1)
좌표 파일을 토폴로지 및 FF 호환 좌표 파일로 변환
달리는 a 시뮬레이션
gmx-grompp(1)
실행 입력 파일 만들기
gmx-mdrun(1)
시뮬레이션 수행, 일반 모드 분석 또는 에너지 최소화 수행
gmx-변환-tpr(1)
수정된 실행 입력 파일 만들기
보기 궤적
gmx-nmtraj(1)
고유 벡터에서 가상 진동 궤적 생성
gmx-보기(1)
X-Windows 터미널에서 궤적 보기
처리 에너지
gmx-enemat(1)
에너지 파일에서 에너지 매트릭스 추출
gmx 에너지(1)
xvg 파일에 에너지를 기록하고 평균을 표시합니다.
gmx-mdrun(1)
-rerun을 사용하여 궤적 프레임의 에너지를 (재)계산합니다.
변환 중 파일
gmx-editconf(1)
구조 파일 변환 및 조작
gmx-eneconv(1)
에너지 파일 변환
gmx-sigeps(1)
c6/12 또는 c6/cn 조합을 시그마/엡실론으로 변환
gmx-trjcat(1)
궤적 파일 연결
gmx-trjconv(1)
궤적 파일 변환 및 조작
gmx-xpm2ps(1)
XPM(XPixelMap) 매트릭스를 포스트스크립트 또는 XPM으로 변환
도구
gmx 분석(1)
데이터 세트 분석
gmx-dyndom(1)
구조 회전 보간 및 외삽
gmx 필터(1)
부드러운 영화 제작에 유용한 주파수 필터 궤적
gmx 거짓말(1)
선형 조합에서 자유 에너지 추정
gmx-모프(1)
형태 사이에 선형 보간
gmx-pme_error(1)
주어진 입력 파일로 PME를 사용할 때의 오류 추정
gmx-가짜(1)
히스토그램에서 자유 에너지 또는 기타 히스토그램 계산
gmx-공간(1)
공간 분포 함수 계산
gmx-traj(1)
궤적에서 x, v, f, 상자, 온도 및 회전 에너지를 플로팅합니다.
gmx-tune_pme(1)
설정을 최적화하기 위해 PME 순위의 함수로서의 시간 mdrun
gmx-왐(1)
우산 샘플링 후 가중 히스토그램 분석 수행
gmx-체크(1)
파일 확인 및 비교
gmx 덤프(1)
바이너리 파일을 사람이 읽을 수 있게 만들기
gmx-make_ndx(1)
색인 파일 만들기
gmx-mk_angndx(1)
'gmx angle'에 대한 색인 파일 생성
gmx-trjorder(1)
그룹까지의 거리에 따라 분자를 주문
gmx-xpm2ps(1)
XPM(XPixelMap) 매트릭스를 포스트스크립트 또는 XPM으로 변환
거리 사이에 구조
gmx-클러스터(1)
클러스터 구조
gmx 확인(1)
두 구조를 피팅하고 RMSD를 계산합니다.
gmx-rms(1)
참조 구조 및 RMSD 매트릭스로 RMSD 계산
gmx-rmsf(1)
원자 변동 계산
거리 in 구조 위에 시간
gmx-mindist(1)
두 그룹 간의 최소 거리 계산
gmx-mdmat(1)
잔류물 접촉 지도 계산
gmx-polystat(1)
폴리머의 정적 특성 계산
gmx-rmsdist(1)
전력 -2, -3 또는 -6으로 평균화한 원자 쌍 거리를 계산합니다.
질량 분포 속성 위에 시간
gmx-gyrate(1)
회전 반경 계산
gmx-msd(1)
평균 제곱 변위 계산
gmx-polystat(1)
폴리머의 정적 특성 계산
gmx-rdf(1)
방사형 분포 함수 계산
gmx-rotacf(1)
분자의 회전 상관 함수 계산
gmx-rotmat(1)
참조 구조에 맞추기 위해 회전 행렬을 플로팅합니다.
gmx-sans(1)
소각 중성자 산란 스펙트럼 계산
gmx-삭스(1)
소각 X선 산란 스펙트럼 계산
gmx-traj(1)
궤적에서 x, v, f, 상자, 온도 및 회전 에너지를 플로팅합니다.
gmx-반호브(1)
Van Hove 변위 및 상관 함수 계산
분석 결합 된 상호 작용
gmx 각도(1)
각도 및 XNUMX면체에 대한 분포 및 상관관계 계산
gmx-mk_angndx(1)
'gmx angle'에 대한 색인 파일 생성
구조 속성
gmx-anadock(1)
Autodock 실행의 클러스터 구조
gmx-번들(1)
나선과 같은 축 묶음 분석
gmx-클러스터 크기(1)
원자 클러스터의 크기 분포 계산
gmx-disre(1)
거리 제한 분석
gmx-hbond(1)
수소 결합 계산 및 분석
gmx 주문(1)
탄소 꼬리에 대한 원자당 순서 매개변수를 계산합니다.
gmx 교장(1)
원자 그룹의 주요 관성 축 계산
gmx-rdf(1)
방사형 분포 함수 계산
gmx-saltbr(1)
소금 다리 계산
gmx 지향(1)
용질 주변의 용매 배향 분석
gmx-spol(1)
용질 주변의 용매 쌍극자 배향 및 분극 분석
운동의 속성
gmx-바(1)
Bennett의 수용 비율을 통해 자유 에너지 차이 추정치를 계산합니다.
gmx 전류(1)
유전 상수 및 전류 자기 상관 함수 계산
gmx 도스(1)
이를 기반으로 상태 및 속성의 밀도 분석
gmx 염료 커플(1)
궤적에서 염료 역학 추출
gmx 교장(1)
원자 그룹의 주요 관성 축 계산
gmx-tcaf(1)
액체의 점도 계산
gmx-traj(1)
궤적에서 x, v, f, 상자, 온도 및 회전 에너지를 플로팅합니다.
gmx-반호브(1)
Van Hove 변위 및 상관 함수 계산
gmx-velacc(1)
속도 자기 상관 함수 계산
정전기 속성
gmx 전류(1)
유전 상수 및 전류 자기 상관 함수 계산
gmx-유전체(1)
주파수 종속 유전 상수 계산
gmx-쌍극자(1)
총 쌍극자 플러스 변동을 계산합니다.
gmx-잠재력(1)
상자 전체의 정전기 전위 계산
gmx-spol(1)
용질 주변의 용매 쌍극자 배향 및 분극 분석
gmx-천재(1)
에너지적으로 유리한 위치에서 단원자 이온 생성
단백질 특이적 분석
gmx-do_dssp(1)
XNUMX차 구조 지정 및 용매 접근 가능 표면적 계산
gmx-치(1)
카이 및 기타 XNUMX면체에 대해 알고 싶은 모든 것을 계산합니다.
gmx-헬릭스(1)
알파 나선의 기본 속성 계산
gmx-헬릭스오리엔트(1)
나선 내부의 로컬 피치/굽힘/회전/방향 계산
gmx-라마(1)
Ramachandran 플롯 계산
gmx 휠(1)
나선형 바퀴 플롯
인터페이스
gmx-번들(1)
나선과 같은 축 묶음 분석
gmx 밀도(1)
시스템의 밀도 계산
gmx-densmap(1)
2D 평면 또는 축-방사형 밀도 맵 계산
gmx-덴서더(1)
표면 변동 계산
gmx-h2주문(1)
물 분자의 방향 계산
gmx-하이드 오더(1)
주어진 원자 주변의 사면체 매개변수 계산
gmx 주문(1)
탄소 꼬리에 대한 원자당 순서 매개변수를 계산합니다.
gmx-잠재력(1)
상자 전체의 정전기 전위 계산
공분산 분석
gmx-anaeig(1)
고유 벡터 분석
gmx-covar(1)
공분산 행렬 계산 및 대각선화
gmx-make_edi(1)
필수 역학 샘플링을 위한 입력 파일 생성
표준 모드
gmx-anaeig(1)
일반 모드 분석
gmx-nmeig(1)
정규 모드 분석을 위해 Hessian을 대각선화합니다.
gmx-nmtraj(1)
고유 벡터에서 가상 진동 궤적 생성
gmx-nmens(1)
일반 모드에서 구조의 앙상블 생성
gmx-grompp(1)
실행 입력 파일 만들기
gmx-mdrun(1)
잠재적 에너지 최소값을 찾고 Hessian을 계산하십시오.
저작권
2015, GROMACS 개발팀
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx_d 온라인 사용
