gmx-density - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

gmx-density - 시스템의 밀도 계산

개요

gmx 밀도 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-에이 [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-밀도 ] [-ng ] [-[없음]센터]
[-[아니오]symm] [-[아니] 친척]

기술

gmx density 인덱스 파일을 사용하여 상자 전체의 부분 밀도를 계산합니다.

NPT 시뮬레이션의 총 밀도에 대해 다음을 사용합니다. gmx 에너지 대신.

선택권 -센터 임의의 중심을 기준으로 히스토그램 비닝을 수행합니다.
그룹, 절대 상자 좌표. Z축 상자를 따라 프로파일을 계산하는 경우
차원 bZ, 전체 시스템을 기준으로 중앙에 배치하면 출력은 -bZ/2에서 bZ/2입니다.
이 동작은 GROMACS 5.0에서 변경되었습니다. 이전 버전은 단순히
(0,bZ)에서 정적 비닝을 수행하고 출력을 이동했습니다. 이제 각 프레임의 중심을 계산합니다.
빈 입력(-bZ/2,bZ/2).

선택권 -심 중앙을 중심으로 출력을 대칭시킵니다. 자동으로 켜집니다
-센터 도. 옵션 -상대적인 절대 상자 대신 상대 상자에서 비닝을 ​​수행합니다.
출력을 따라 평균 상자 차원으로 최종 출력을 조정하고 크기를 조정합니다.
중심선. 이것은 다음과 함께 사용할 수 있습니다. -센터.

밀도는 kg/m^3이며 수 밀도 또는 전자 밀도도 다음과 같습니다.
계획된. 전자 밀도의 경우 각 전자의 수를 설명하는 파일
원자 유형은 다음을 사용하여 제공해야 합니다. -에이. 다음과 같아야 합니다.

2
원자 이름 = nr전자
원자 이름 = nr전자

첫 번째 줄에는 파일에서 읽을 줄 수가 포함됩니다. 하나 있어야합니다
시스템의 고유한 각 원자 이름에 대한 행. 각 원자의 전자 수는
원자 부분 전하에 의해 수정됩니다.

이중층에 대한 중요 고려 사항

가장 일반적인 사용 시나리오 중 하나는 다양한 그룹의 밀도를 계산하는 것입니다.
일반적으로 z축이 법선 방향인 지질 이중층을 가로지릅니다. 짧게
시뮬레이션, 소형 시스템 및 고정된 상자 크기는 잘 작동하지만 더 많은
일반적인 경우 지질 이중층은 복잡할 수 있습니다. 첫 번째 문제는 둘 다
단백질과 지질은 부피 압축성이 낮고 지질은 면적이 상당히 높습니다.
압축성. 이것은 상자의 모양(두께 및 면적/지질)이 변동함을 의미합니다
완전히 이완된 시스템의 경우에도 실질적으로. GROMACS는 사이에 상자를 배치하기 때문에
원점 및 양수 좌표, 이것은 차례로 상자 중앙에 이중층이 있음을 의미합니다.
이러한 변동으로 인해 위/아래로 약간 움직이고 프로필이 번집니다. 제일 쉬운
이 문제를 해결하는 방법(압력 커플링을 원하는 경우)은 다음을 사용하는 것입니다. -센터 옵션
상자의 중심을 기준으로 밀도 프로파일을 계산합니다. 할 수 있습니다.
복잡한 비대칭 시스템이 있더라도 이중층 부품의 중앙에
이중층 및 예를 들어 막 단백질 - 그러면 우리의 출력은 단순히 하나에 더 많은 값을 가질 것입니다.
(중앙) 원점 참조의 측면.

중심 계산조차도 다음과 같이 출력 프로필을 번지게 할 것입니다.
지질 자체가 압축되고 확장됩니다. 대부분의 경우 아마도 이것을 원할 것입니다 (
거시적 실험에 해당), 그러나 분자 세부 사항을 보고 싶다면
당신은 -상대적인 볼륨의 영향을 더 많이 제거하려고 시도하는 옵션
변동.

마지막으로, 표면 장력을 받지 않는 큰 이중층은 기복을 보일 것입니다.
시스템에 '파동'이 형성되는 변동. 이것은 근본적인
생물학적 시스템의 속성, 그리고 실험과 비교하는 경우
기복 번짐 효과를 포함하고 싶습니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

-에이 [<.dat>] (전자.dat) (선택 사항)
일반 데이터 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-o [<.xvg>] (밀도.xvg)
xvgr/xmgr 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-d (지)
멤브레인의 법선을 X, Y 또는 Z 방향으로 가져옵니다.

-sl (50)
이 조각 수로 상자를 나눕니다.

-밀도 (대량의)
밀도: 질량, 수, 전하, 전자

-ng (1)
밀도를 계산할 그룹의 수입니다.

-[없음]센터 (아니)
(변경) 상자의 중심을 기준으로 비닝을 수행합니다. 에 유용한
이중층.

-[아니오]symm (아니)
중심을 기준으로 축을 따라 밀도를 대칭시킵니다. 에 유용한
이중층.

-[아니] 친척 (아니)
상자 변경에 상대 좌표를 사용하고 평균 치수로 출력을 조정합니다.

KNOWN 문제점

· 전자 밀도를 계산할 때 유형 대신 원자 이름이 사용됩니다. 이것은 나쁘다.

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