이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmx-densorder 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-densorder - 표면 변동 계산
개요
gmx 밀도순서 [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [또는 [<.아웃> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[- 스펙트 [<.아웃> [...]]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-[아니요]1일] [-bw ]
[-bwn ] [-주문하다 ] [-중심선 ]
[-방법 ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tblock ] [-n레벨 ]
기술
gmx 밀도가 높은 MD에 대해 계산된 축을 따라 XNUMX상 밀도 분포를 줄입니다.
기능적 프로파일에 맞춰 시간에 따라 변동하는 2D 표면으로의 궤적
계면 밀도. 인터페이스의 시간 평균 공간 표현은 다음과 같습니다.
옵션으로 출력 -tavg.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.dat>] (밀도4D.dat) (선택 사항)
일반 데이터 파일
또는 [<.아웃> [...]] (안녕하세요.아웃) (선택 사항)
일반 출력 파일
-og [<.xpm> [...]] (인터페이스.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일
- 스펙트 [<.아웃> [...]] (intfspect.out) (선택 사항)
일반 출력 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일
-[아니요]1일 (아니)
의사 1D 인터페이스 기하학
-bw (0.2)
인터페이스에 접하는 밀도 분포의 Binwidth
-bwn (0.05)
인터페이스에 수직인 밀도 분포의 Binwidth
-주문하다 (0)
가우시안 필터의 차수, 차수 0은 필터링이 없음과 같습니다.
-중심선 (지)
축 방향 - X, Y 또는 Z
-방법 (이등분)
인터페이스 위치 방법: 이등분, 기능적
-d1 (0)
부피 밀도 단계 1(작은 z에서)
-d2 (1000)
부피 밀도 단계 2(큰 z에서)
-tblock (100)
한 시간 블록 평균의 프레임 수
-n레벨 (100)
2D의 높이 수준 수 - XPixMaps
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gmx-densorder를 사용하십시오.
