이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmx-lie 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-lie - 선형 조합에서 자유 에너지 추정
개요
gmx 거짓말 [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[지금] [-xvg ] [-엘지 ] [-Eqq ]
[-Clj ] [-Cqq ] [-리간드 ]
기술
gmx 거짓말 비결합 에너지 분석을 기반으로 자유 에너지 추정치를 계산합니다.
에너지. 다음 구성 요소가 포함된 에너지 파일이 필요합니다. Coul-(AB) LJ-SR(AB)
등
활용하기 위해 g_lie 정확하게는 두 가지 시뮬레이션이 필요합니다. 하나는 분자를 사용하는 것입니다.
관심은 수용체에 결합되어 있고 하나는 물에 있는 분자에 결합되어 있습니다. 둘 다 활용해야 함
에너지 그립 Coul-SR(AB), LJ-SR(AB) 등의 용어가 .edr 파일.
적절한 값을 제공하려면 수중 분자 시뮬레이션의 값이 필요합니다.
-Elj 및 -Eqq의 경우.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.edr>] (에너.edr)
에너지 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (거짓말.xvg)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 와 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-엘지 (0)
리간드와 용매 사이의 Lennard-Jones 상호 작용
-Eqq (0)
리간드와 용매 사이의 쿨롱 상호작용
-Clj (0.181)
에너지의 Lennard-Jones 구성 요소에 대한 LIE 방정식의 요소
-Cqq (0.5)
에너지의 쿨롱 성분에 대한 LIE 방정식의 요소
-리간드 (없음)
에너지 파일의 리간드 이름
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