이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 gmx-lie입니다.
프로그램:
이름
gmx-lie - 선형 조합으로부터 자유 에너지 추정
개요
gmx 거짓말 [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[지금] [-xvg ] [-엘제이 ] [-식qq ]
[-클제이 ] [-씨큐큐 ] [-리간드 ]
기술
gmx 거짓말 비결합 에너지 분석을 기반으로 자유 에너지 추정치를 계산합니다.
에너지. 다음 구성 요소를 포함하는 에너지 파일이 필요합니다: Coul-(AB) LJ-SR(AB)
등
활용하기 위해 g_lie 정확하게는 두 가지 시뮬레이션이 필요합니다. 하나는 분자를 사용하는 것입니다.
수용체에 결합된 관심과 물 속 분자에 결합된 관심. 둘 다 활용해야 함
에너지그룹 Coul-SR(AB), LJ-SR(AB) 등의 항이 다음과 같이 작성됩니다. .edr 파일.
물 속 분자 시뮬레이션의 값은 적절한 값을 제공하는 데 필요합니다.
-Elj와 -Eqq에 대해서.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.edr>] (에너.edr)
에너지 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (거짓말.xvg)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 그리고 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-엘제이 (0)
리간드와 용매 사이의 Lennard-Jones 상호 작용
-식qq (0)
리간드와 용매 사이의 쿨롱 상호작용
-클제이 (0.181)
에너지의 Lennard-Jones 구성 요소에 대한 LIE 방정식을 고려합니다.
-씨큐큐 (0.5)
에너지의 쿨롱 성분에 대한 LIE 방정식의 요인
-리간드 (없음)
에너지 파일의 리간드 이름
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