gmx-nmeig - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

gmx-nmeig - 일반 모드 분석을 위한 헤시안 대각선화

개요

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr>]] [-의 [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]
[-뼈 [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg ] [-[아니오]m] [-먼저 ] [-마지막 ]
[-최대 사양 ] [-T ] [-[no]constr] [-폭 ]

기술

gmx 느미그 (헤시안) 행렬의 고유 벡터/값을 계산합니다.
로 계산 gmx mdrun고유 벡터는 궤적 파일에 기록됩니다(-v).
구조는 먼저 t=0으로 작성됩니다. 고유 벡터는 프레임으로 작성됩니다.
고유벡터 번호를 타임스탬프로 사용합니다. 고유벡터는 다음을 사용하여 분석할 수 있습니다. gmx 애나익.
구조의 앙상블은 고유 벡터로부터 생성될 수 있습니다. gmx nmens. 질량이
가중치가 사용되면 생성된 고유 벡터는 일반 데카르트 벡터로 축소됩니다.
출력을 생성하기 전에 좌표를 변경해야 합니다. 이 경우 좌표는 더 이상 정확하지 않습니다.
표준 데카르트 표준에서는 직교하지만 질량 가중 표준에서는 직교합니다.

이 프로그램은 선택적으로 열 용량에 대한 양자 보정을 계산하는 데 사용될 수 있습니다.
추가 파일 인수를 제공하여 엔탈피를 계산합니다. -qcorr. GROMACS 매뉴얼 1장을 참조하세요.
자세한 내용은 다음을 참조하세요. 결과에는 주어진 자유도의 조화가 포함됩니다.
온도. 전체 보정값은 터미널 화면에 인쇄됩니다. 권장되는 방법은 다음과 같습니다.
수정 사항을 내보내는 방법은 다음과 같습니다.

gmx 느미그 -s 토폴.tpr -f nm.mtx -먼저 7 -마지막 10000 -T 300 -qc [-구성]

The -구성요소 시뮬레이션 중에 본드 제약 조건이 사용된 경우 옵션을 사용해야 합니다.
을 통한 모든 전에, 공유 채권. 그렇지 않은 경우 다음을 분석해야 합니다.
quant_corr.xvg 직접 신고하세요.

사물을 더 유연하게 만들기 위해 프로그램은 가상 사이트도 고려할 수 있습니다.
양자 보정을 계산합니다. 선택할 때 -구성요소 그리고 -qcWalk Through California 프로그램, -시작하다 그리고 ~ 끝 옵션
자동으로 설정됩니다. 다시 한번, 더 잘 알고 있다고 생각되면 확인해 보세요.
전에, 고유 주파수.xvg 출력.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.mtx>] (헤시안.mtx)
헤시안 행렬

-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-의 [<.xvg>] (고유주파수.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-ol [<.xvg>] (고유값.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-뼈 [<.xvg>] (스펙트럼.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-qc [<.xvg>] (양적_정답.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
완전 정밀 탄도: trr CPT TNG

기타 옵션 :

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[아니오]m (예)
헤시안의 요소를 곱으로 나누세요 sqrt(질량) 관련 원자의 이전
대각화. 이는 '정상 모드' 분석에 사용해야 합니다.

-먼저 (1)
먼저 쓸 고유 벡터

-마지막 (50)
마지막으로 쓸 고유 벡터

-최대 사양 (4000)
스펙트럼에서 고려해야 할 가장 높은 주파수(1/cm)

-T (298.15)
정상 모드를 사용할 때 양자 열용량 및 엔탈피를 계산하기 위한 온도
고전적 시뮬레이션을 수정하기 위한 계산

-[no]constr (아니)
시뮬레이션에서는 제약조건이 사용되었지만 일반 모드 분석에서는 사용되지 않은 경우
(이것이 권장되는 방법입니다) 컴퓨팅을 위해 이것을 설정해야 합니다.
양자 보정.

-폭 (1)
스펙트럼 생성 시 가우스 피크(1/cm)의 폭(시그마)

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