gmx-sham - 클라우드 온라인

프로그램:

이름

gmx-sham - 히스토그램에서 자유 에너지 또는 기타 히스토그램 계산

개요

gmx 가짜 [-f [<.xvg>]] [-게 [<.xvg>]] [-엔 [<.xvg>]] [-거리 [<.xvg>]]
[-히스토 [<.xvg>]] [-큰 상자 [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.로그>]] [-[지금] [-xvg ]
[-[시간 없다] [-b ] [-e ] [-똘 ]
[-n ] [-[목례] [-[아니요] 가짜] [-tsham ]
[-분 ] [-어둑한 ] [-ngrid ]
[-x분 ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-에민 ] [-emax ]
[-n레벨 ]

기술

gmx 가짜 다차원 자유 에너지, 엔탈피 및 엔트로피 플롯을 만듭니다. gmx 가짜 읽기
하나 이상 .xvg 파일을 만들고 데이터 세트를 분석합니다. 의 기본 목적 gmx 가짜 음모를 꾸미는 것이다
Gibbs 자유 에너지 풍경(옵션 -ls) 볼츠만 반전 다차원
히스토그램(옵션 -lp), 그러나 엔탈피를 만들 수도 있습니다(옵션 -lsh) 및 엔트로피(옵션
-lss) 플롯. 히스토그램은 사용자가 제공하는 모든 수량에 대해 만들 수 있습니다. 한 줄
입력 파일은 시간으로 시작할 수 있습니다(옵션 참조 -시각) 및 임의 개수 y-값은
따르다. 여러 집합을 &로 구분하면 읽을 수도 있습니다(옵션 -n), 이
케이스 하나만 y-값은 각 줄에서 읽습니다. # 및 @로 시작하는 모든 줄은
건너뛰었다.

선택권 -게 앙상블이 아닌 경우 파일에 자유 에너지를 공급하는 데 사용할 수 있습니다.
볼츠만 앙상블이지만 이 자유 에너지에 의해 편향될 필요가 있습니다. 하나의 자유 에너지 값은
각 (다차원) 데이터 포인트에 필요한 -f 입력.

선택권 -엔 파일에 에너지를 공급하는 데 사용할 수 있습니다. 이러한 에너지는 다음과 같이 사용됩니다.
Kumar et al.에 의한 단일 히스토그램 분석 방법의 가중치 함수. 언제
온도가 제공되며(파일의 두 번째 열로), 실험적 가중치
제도가 적용됩니다. 또한 값은 엔탈피 및 엔트로피 플롯을 만드는 데 사용됩니다.

옵션을 -어둑한, 치수는 거리에 대해 제공될 수 있습니다. 거리가 2이거나
3차원, 두 입자에 의해 샘플링된 둘레 또는 표면은 다음과 같이 증가합니다.
증가하는 거리. 보여주고 싶은 내용에 따라 수정하도록 선택할 수 있습니다.
이 볼륨 효과에 대한 히스토그램 및 자유 에너지. 확률은 r로 정규화됩니다.
2와 2의 차원에 대해 각각 r^3입니다. -1 값은 다음을 나타내는 데 사용됩니다.
두 벡터 사이의 각도: sin(angle) 정규화가 적용됩니다. 주의 사항
벡터 사이의 각도에 대해 내적 또는 코사인은
동일한 볼륨의 저장소를 생성하므로 사용하십시오.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xvg>] (그래프.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-게 [<.xvg>] (gibbs.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-엔 [<.xvg>] (esham.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-거리 [<.xvg>] (ener.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-히스토 [<.xvg>] (edist.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-큰 상자 [<.ndx>] (bindex.ndx) (선택 사항)
색인 파일

-lp [<.xpm>] (prob.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-ls [<.xpm>] (깁스.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-lsh [<.xpm>] (엔탈피.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-lss [<.xpm>] (엔트로피.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) (선택 사항)
단백질 데이터 뱅크 파일

-g [<.로그>] (shamlog.log) (선택 사항)
로그 파일

기타 옵션 :

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-[시간 없다 (예)
입력에서 시간을 예상하십시오.

-b (-1)
처음으로 세트에서 읽음

-e (-1)
세트에서 마지막으로 읽은 시간

-똘 (0)
적절한 단위(일반적으로 ps)의 허용 오차

-n (1)
앰퍼샌드만 포함된 라인으로 구분된 세트 수를 읽습니다.

-[목례 (아니)
미분 사용

-[아니요] 가짜 (예)
에너지가 주어져도 에너지 가중치 끄기

-tsham (298.15)
단일 히스토그램 분석을 위한 온도

-분 (0)
최소 확률. 이보다 낮으면 XNUMX으로 설정됩니다.

-어둑한 (1 1 1)
부피 보정에 사용되는 거리 치수(최대 3개 값, 치수 > 3)
마지막 값과 동일한 값을 얻습니다)

-ngrid (32 32 32)
에너지 환경의 저장소 수(최대 3개 값, 치수 > 3은
마지막 값과 동일)

-x분 (0 0 0)
에너지 환경의 축에 대한 최소값(> 3차원에 대해서는 위 참조)

-xmax (1 1 1)
에너지 환경의 축에 대한 최대값(> 3차원에 대해서는 위 참조)

-pmax (0)
출력의 최대 확률, 기본값은 계산입니다.

-gmax (0)
출력의 최대 자유 에너지, 기본값은 계산입니다.

-에민 (0)
출력의 최소 엔탈피, 기본값은 계산입니다.

-emax (0)
출력의 최대 엔탈피, 기본값은 계산입니다.

-n레벨 (25)
에너지 환경의 수준 수

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