Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ ๋๋ MAC OS ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ์ ๊ฐ์ ์ฌ๋ฌ ๋ฌด๋ฃ ์จ๋ผ์ธ ์ํฌ์คํ ์ด์ ์ค ํ๋๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ OnWorks ๋ฌด๋ฃ ํธ์คํ ์ ๊ณต์ ์ฒด์์ ์คํํ ์ ์๋ go2summaryp ๋ช ๋ น์ ๋๋ค.
ํ๋ก๊ทธ๋จ:
์ด๋ฆ
go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - ๋ณํ ๋๊ตฌ ๋ฐ ํด๋น ๋ํผ
๊ฐ์
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ์จํจ๋ก์ง/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ์จํจ๋ก์ง/gene_ontology.obo
๊ธฐ์
๋ชจ๋ GO/OBO ์คํ์ผ ์จํจ๋ก์ง ํ์ผ์ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์ํ๊ณ ๋ค๋ฅธ ํ์์ผ๋ก ์์ฑํฉ๋๋ค.
์ธ์
-e ์ค๋ฅ ํ์ผ
XML์ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์ ์ค๋ฅ๋ฅผ ์๋๋ค. ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ์ STDERR์ ๋๋ค(์์๋ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์ ์ค๋ฅ๊ฐ ์์ด์ผ ํฉ๋๋ค.
ํ์ฑ๋ ํ์ผ)
-p FORMAT
์ฌ์ฉํ ํ์๋ฅผ ๊ฒฐ์ ํฉ๋๋ค. ์ง์ ํ์ง ์์ผ๋ฉด ํ์ผ์ ๊ธฐ๋ฐ์ผ๋ก ์ถ์ธกํฉ๋๋ค.
์ ๋ฏธ์ฌ. ํ์์ ์๋ ์ฐธ์กฐ
-w|์๊ฐ FORMAT
์ถ๋ ฅ ํ์ - ๋ชฉ๋ก์ ์๋ ์ฐธ์กฐ
-|xslt XSLT
XSLT ๋ณํ์ ์ด๋ฆ ๋๋ ํ์ผ ์ด๋ฆ
์ด๊ฒ์ ํ์ผ ์์คํ ์ ์๋ฌด ๊ณณ์์๋ ํ์ผ์ ๋ํ ์ ๋ ๊ฒฝ๋ก์ด๊ฑฐ๋
xslt์ ์ด๋ฆ์ด์ด์ผ ํฉ๋๋ค. ์
go2fmt.pl -xslt oboxm_to_owl go.obo
์ด๋ฆ์ด ์ง์ ๋๋ฉด ๋จผ์ $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl์ด ๊ฒ์๋ฉ๋๋ค. ๋ง์ฝ
GO_ROOT๊ฐ ์ค์ ๋์ง ์์ ๊ฒฝ์ฐ GO๊ฐ ์ค์น๋ ํ ๋ชจ๋ ๋๋ ํ ๋ฆฌ๊ฐ ๊ฒ์๋ฉ๋๋ค(
์ผ๋ฐ ์ค์น ํ๋ก์ธ์ค๋ฅผ ๋ฐ๋ฅด๋ฉด xslt๊ฐ ์ฌ๊ธฐ์ ์๋์ผ๋ก ์ค์น๋ฉ๋๋ค.)
-use_cache
์ด ์ค์์น๊ฐ ์ง์ ๋๋ฉด ์บ์ฑ ๋ชจ๋๊ฐ ์ผ์ง๋๋ค.
์บ์ฑ ๋ชจ๋๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ฉด ํ์ผ์ ์ฒ์ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์ํ ๋ ์ถ๊ฐ ํ์ผ์ด
๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์์ด ๋น ๋ฅธ ํน์ ํ์์ผ๋ก ๋ด๋ณด๋ ๋๋ค. ์ด ํ์ผ์ ๋์ผํ ํ์ผ ์ด๋ฆ์ ๊ฐ์ต๋๋ค
".cache" ์ ๋ฏธ์ฌ๊ฐ ์๋ ๊ฒ์ ์ ์ธํ๊ณ ์๋ณธ ํ์ผ๋ก.
๋ค์์ ํ์ผ์ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์ํ ๋ ์ด ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์๋์ผ๋ก ์กด์ฌ ์ฌ๋ถ๋ฅผ ํ์ธํฉ๋๋ค.
".cache" ํ์ผ์. ํ์ผ์ด ์กด์ฌํ๊ณ ์ง์ ํ ํ์ผ๋ณด๋ค ์ต์ ์ธ ๊ฒฝ์ฐ ์ด
๋์ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์๋ฉ๋๋ค. ์กด์ฌํ์ง ์์ผ๋ฉด ๋ค์ ์์ฑ๋ฉ๋๋ค.
์ด๊ฒ์ b์ ๋ํ ์๋ ํฅ์์ ๊ฐ์ ธ์ฌ ๊ฒ์ ๋๋ค ์๋ ์ถ๋ ฅ ํ์(์:
๊ฒฝ๋ก ๋ชฉ๋ก). ๋๋ถ๋ถ์ ์ถ๋ ฅ ํ์์ ์ด๋ฒคํธ ๊ธฐ๋ฐ ๊ตฌ๋ฌธ ๋ถ์๊ณผ ํจ๊ป ์๋ํ๋ฏ๋ก ๊ฐ์ฒด๋ฅผ ์บ์ฑํ๋ฉด
์ด์ ์ด ์์ผ๋ฉฐ ์ค์ ๋ก ์บ์๋ฅผ ์ฐํํ๋ ๊ฒ๋ณด๋ค ๋๋ฆฝ๋๋ค.
ํ์
์ฐ๊ธฐ ๊ฐ๋ฅํ ํ์์
๊ณ์ํด
์ ๋ฏธ์ฌ๊ฐ ".ontology"์ธ ํ์ผ
์จํจ๋ก์ง DAG๋ฅผ ์ ์ฅํฉ๋๋ค.
go_def
์ ๋ฏธ์ฌ๊ฐ ".defs"์ธ ํ์ผ
go_xref
GO ์ฉ์ด์ ๋ํ ์ธ๋ถ ๋ฐ์ดํฐ๋ฒ ์ด์ค ์ฐธ์กฐ
์ ๋ฏธ์ฌ๊ฐ "2go"์ธ ํ์ผ(์: ec2go, metacyc2go)
go_assoc
GO๋ฅผ ์ฌ์ฉํ ์ ์ ์ ๋๋ ์ ์ ์ ์ฐ๋ฌผ์ ์ฃผ์
์ ๋์ฌ๊ฐ "gene-association"์ธ ํ์ผ.
obo_text
์ ๋ฏธ์ฌ๊ฐ ".obo"์ธ ํ์ผ
์ด๊ฒ์ ๊ธฐ์กด GO ํ๋ซ ํ์ผ ํ์์ ๋์ฒดํ๋ ์๋ก์ด ํ์ผ ํ์์ ๋๋ค. ๊ทธ๊ฒ
์จํจ๋ก์ง, ์ ์ ๋ฐ ์ธ๋ถ ์ฐธ์กฐ๋ฅผ ์ฒ๋ฆฌํฉ๋๋ค(์ฐ๊ฒฐ์ ์๋).
obo_xml
์ ๋ฏธ์ฌ๊ฐ ".obo.xml" ๋๋ ".obo-xml"์ธ ํ์ผ
์์ OBO ํ๋ซ ํ์ผ ํ์์ XML ๋ฒ์ ์ ๋๋ค.
ํ๋กค๋ก๊ทธ
ํ๋กค๋ก๊ทธ ์ฌ์ค - ์ด๊ฒ์ ์ฌ์ฉํ๋ ค๋ฉด ํ๋กค๋ก๊ทธ ์ปดํ์ผ๋ฌ/์ธํฐํ๋ฆฌํฐ๊ฐ ํ์ํฉ๋๋ค. ๋น์ ์ ํ ์ ์์ต๋๋ค
์ด๋ฌํ ์ฌ์ค์ ๋ํด Obol ๋๋ ๋ค๊ฐ์ค๋ Bio-LP ํ๋ก์ ํธ๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์ถ๋ก
tbl ๋จ์(์์ค) ํ ํํ
๊ฐ์
์จํจ๋ก์ง ํ์ผ๊ณผ ์ฐ๊ด ํ์ผ ๋ชจ๋์ ์ฌ์ฉํ ์ ์์ต๋๋ค.
๊ฒฝ๋ก ๋ชฉ๋ก
๋ฃจํธ์ ๋ํ ๋ชจ๋ ๊ฒฝ๋ก๋ฅผ ๋ณด์ฌ์ค๋๋ค.
์ฌ๋นผ๋ฏธ ์ฌ๋นผ๋ฏธ ํ์(๊ธฐ๋ณธ๊ฐ: OWL-DL)
OWL์ ์จํจ๋ก์ง๋ฅผ ์ํ W3C ํ์ค ํ์์ ๋๋ค.
์ด๊ฒ์ ์คํํ๋ ค๋ฉด ์ ์ฒด go-dev ๋ฐฐํฌํ์ XSL ํ์ผ์ด ํ์ํฉ๋๋ค. XML ์ฐธ์กฐ
์น์ http://www.godatabase.org/dev>
obj_yaml
GO::Model::Graph ๊ฐ์ฒด์ YAML ํํ
obj_storable
perl GO::Model::Graph ๊ฐ์ฒด์ ๋คํ. ์ด๋ฅผ ์ํด CPAN์์ ์ ์ฅ ๊ฐ๋ฅํด์ผ ํฉ๋๋ค.
์ผํ๋ค. ์ด๊ฒ์ ๋น ๋ฅธ ์ก์ธ์ค๋ฅผ ์ํด ํ์ผ ์์คํ ์ ๊ฐ์ฒด๋ฅผ ์บ์ํ๊ธฐ ์ํ ๊ฒ์ ๋๋ค. NS
obj_storable ํํ์ ์ด์ ๊ฐ๋ฅํ์ง ์์ ์ ์์ต๋๋ค.
text_html
html๋ก ๋ณํ๋ OBO ์ถ๋ ฅ ํ์
godb_prestore
GODB ๊ด๊ณํ ์คํค๋ง์ ์ง์ ๋งคํ๋๋ XML(๋ค์์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ก๋ํ ์ ์์)
Stag-storenode.pl)
chadodb_prestore
Chado ๊ด๊ณํ ์คํค๋ง์ ์ง์ ๋งคํ๋๋ XML(๊ทธ๋ฐ ๋ค์ ๋ค์์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ก๋ํ ์ ์์ต๋๋ค.
Stag-storenode.pl)
์ฌ์ฉ ์ค๋ช ์
<http://www.godatabase.org/dev>
onworks.net ์๋น์ค๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก go2summaryp๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ธ์.