gt-hop - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gt-hop - 동족 서열 기반 호모폴리머 오류 수정.

개요

gt 홉 - -씨 -지도 -읽다 [옵션...]

기술

-c [현]
동족 시퀀스(gt encseq encode를 사용하여 인코딩됨)

-map [현]
동족 시퀀스에 대한 읽기 매핑은 SAM/BAM 형식이어야 하며 다음과 같이 정렬되어야 합니다.
좌표(예: samtools sort를 사용하여 준비할 수 있음)

-sam [예|아니요]
매핑 파일은 SAM 기본값: BAM

-공격적인 [예|아니요]
최대한 정확하게

-보통의 [예|아니요]
민감도와 정밀도 사이를 중재하다

-보수적인 [예|아니요]
가능성이 가장 높은 오류만 수정

-전문가 [예|아니요]
수정 기준을 수동으로 선택

-읽다
FastQ 형식의 수정되지 않은 읽기 파일; 수정된 판독값은
입력 파일로 명명된 파일의 현재 작업 디렉터리는 각각 앞에 추가됩니다.
접두사로(-outprefix 옵션 참조) -reads를 사용하면 읽기를 동일한 방식으로 출력할 수 있습니다.
입력과 같은 순서이며 SAM에 하나 이상의 기본이 포함된 경우 필수입니다.
각 읽기에 대한 정렬(예: bwasw 출력) 대안으로 -o 옵션도 참조하세요.

-앞접두사 [현]
출력 파일 이름의 접두사(수정된 읽기) -reads가 지정된 경우 접두사는 다음과 같습니다.
각 입력 파일 이름 앞에 추가됨(기본값: hop_)

-o [현]
수정된 읽기를 위한 출력 파일(-reads/-outprefix 참조) -o를 사용하는 경우 읽기는 다음과 같습니다.
SAM 파일에서 발견된 순서대로 단일 파일로 출력합니다(보통
원래 순서와 다름) 이는 읽기가 정렬된 경우에만 작동합니다.
각 판독에 대해 1개의 정렬만 포함하는 소프트웨어(예: bwa)(기본값: 정의되지 않음)

-hmin [가치]
동족 서열의 최소 동종중합체 길이(기본값: 3)

-읽기-hmin [가치]
읽기 시 최소 동종중합체 길이(기본값: 2)

-qmax [가치]
판독 시 동종중합체의 최대 평균 품질(기본값: 120)

-altmax [가치]
대체 호모폴의 최대 지원. 길이; 예를 들어 0.8은 다음과 같은 경우 읽기를 수정하지 않음을 의미합니다.
호모프. 80%% 이상의 읽기 길이는 동일한 값을 가지며,
altmax가 1.0으로 설정된 경우 동족 읽기는 항상 수정됩니다(기본값: 0.800000).

-코그민 [가치]
동족 서열 호모폴의 최소 지원. 길이; 예를 들어 0.1은 다음을 의미합니다. 어떤 것도 수정하지 않음
동족 호모프인지 읽어보세요. cogmin인 경우 읽기의 최소 10%%에 길이가 존재하지 않습니다.
0.0으로 설정되어 있으면 읽기가 항상 수정됩니다.

-mapqmin [가치]
최소 매핑 품질(기본값: 21)

-covmin [가치]
최소한의 적용 범위; 예를 들어 5는 범위(읽기 횟수)인 경우 읽기를 수정하지 않음을 의미합니다.
전체 호모폴리머에 매핑됨)은 covmin이 5로 설정된 경우 1보다 작습니다. 읽기는 항상
수정됨(기본값: 1)

-다중 허용 [예|아니요]
읽기 시 여러 수정 허용(기본값: 아니요)

-clenmax [가치]
최대 교정 길이 기본값: 무제한

-앤 [현]
동족 서열의 주석은 동족의 좌표에 따라 정렬되어야 합니다.
시퀀스(예: gt gff3 -sort를 사용하여 수행할 수 있음) -ann을 사용하는 경우 수정
다음과 같이 표시된 기능 유형 내에서 시작하거나 끝나는 단독중합체로 제한됩니다.
-ft optionformat: GFF3 정렬(기본값: 정의되지 않음)

-피트 [현]
-ann 옵션이 지정된 경우 사용할 기능 유형(기본값: CDS)

-v [예|아니요]
장황하다(기본값: 아니오)

-도움
기본 옵션에 대한 도움말 표시 및 종료

-도움+
모든 옵션에 대한 도움말 표시 및 종료

-번역
버전 정보 표시 및 종료

수정 모드:

옵션 중 하나 -공격적인, -보통의, -보수적인 or -전문가 선택해야합니다.

The -공격적인, -보통의 그리고 -보수적인 모드는 해당 모드가 적용되는 기준에 대한 사전 설정입니다.
동족 서열과 동종중합체 길이의 불일치가 관찰되면 결정됩니다.
읽은 내용을 수정해야 합니다. 단일 기준에 대한 설명은 다음을 사용하여 제공됩니다.
전에, -도움+' 옵션. 사전 설정은 다음 설정과 동일합니다.

-공격적 -중간 -보수적
-hmin 3 3 3
-read-hmin 1 1 2
-altmax 1.00 0.99 0.80
-최소값 0.00 0.00 0.10
-mapqmin 0 10 21
-covmin 1 1 1
-clenmax 무제한 무제한 무제한
-다중 허용 예 예 아니요

공격적 모드는 감도를 최대화하려고 시도하고 보수적 모드는 감도를 최소화하려고 시도합니다.
거짓 긍정. 훨씬 더 보수적인 수정 세트는 다음을 사용하여 달성할 수 있습니다.
전에, -앤 옵션 (참조 -도움+).

The -전문가 모드에서는 각 매개변수를 수동으로 설정할 수 있습니다. 기본값은
에서와 동일 -보수적인 방법.

(마지막으로 평가 목적으로만 -진실 상태 모드를 사용할 수 있습니다: 이 모드
서열화된 게놈이 동족 서열로 지정되었다고 가정하고
이상적인 수정 목록입니다.)

보고 버그

버그 보고[이메일 보호]>.

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