이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gt-ltrdigest 명령입니다.
프로그램:
이름
gt-ltrdigest - LTR 레트로트랜스포존의 시퀀스 기능을 식별하고 주석을 답니다.
후보자.
개요
gt 리터다이제스트 [옵션...] gff3_file
기술
-outfileprefix [현]
출력 파일의 접두사(예: 푸 라는 파일을 생성합니다 foo_*.csv 와 foo_*.fas)
GFF3 출력에 대해서만 이 옵션을 생략하십시오.
-메타데이터 [예|아니요]
메타데이터(실행 조건)를 별도의 파일로 출력(기본값: yes)
-seqnamelen [가치]
FASTA 헤더에서 시퀀스 이름의 최대 길이를 설정합니다(예: clustalw 또는 이와 유사한 경우)
도구) (기본값: 20)
-pptlen [스타트 end]
필수 PPT 길이 범위 (기본값: [8..30])
-uboxlen [스타트 end]
필수 U-box 길이 범위 (기본값: [3..30])
-uboxdist [가치]
PPT에서 허용되는 U-box 거리 범위 (기본값: 0)
-pptradius [가치]
PPT를 검색하기 위한 3' LTR 시작 주위 반경(기본값: 30)
-pptrprob [가치]
PPT 내부의 퓨린 방출 확률(기본값: 0.970000)
-pptyprob [가치]
PPT 내부의 피리미딘 방출 확률 (기본값: 0.030000)
-pptgprob [가치]
PPT 외부의 배경 G 방출 확률(기본값: 0.250000)
-pptcprob [가치]
PPT 외부의 배경 C 방출 확률(기본값: 0.250000)
-pptaprob [가치]
배경 PPT 외부의 방출 확률(기본값: 0.250000)
-ppttprob [가치]
PPT 외부의 배경 T 방출 확률(기본값: 0.250000)
-pptuprob [가치]
U-box 내부의 U/T 방출 확률(기본값: 0.910000)
-trnas [파일 이름]
PBS 검출을 위한 다양한 FASTA 형식의 tRNA 라이브러리 비활성화하려면 이 옵션을 생략하세요.
PBS 검색.
-pbsalilen [스타트 end]
필수 PBS/tRNA 정렬 길이 범위(기본값: [11..30])
-pbs오프셋 [스타트 end]
LTR 경계 범위에서 허용되는 PBS 오프셋(기본값: [0..5])
-pbstrna오프셋 [스타트 end]
허용되는 PBS/tRNA 3' 끝 정렬 오프셋 범위(기본값: [0..5])
-pbsmaxedist [가치]
최대 허용 PBS/tRNA 정렬 단위 편집 거리(기본값: 1)
-pbsradius [가치]
PBS 검색을 위한 5' LTR 끝 주변 반경(기본값: 30)
-흠
HMMER3에서 도메인 감지를 위한 프로파일 HMM 모델(공백으로 구분, --로 끝남)
형식 pHMM 검색을 비활성화하려면 이 옵션을 생략하십시오.
-pdomevalcutoff [가치]
pHMM 검색 기본값 1E-6에 대한 전역 E-값 컷오프
-pdomcutoff [...]
모델별 점수 컷오프는 TC(신뢰할 수 있는 컷오프)에서 선택 | GA(모집 컷오프) |
NONE(컷오프 없음)(기본값: NONE)
-aliout [예|아니요]
pHMM을 아미노산 서열 정렬로 출력(기본값: no)
-aaout [예|아니요]
단백질 도메인 히트에 대한 아미노산 서열 출력(기본값: no)
-올체인 [예|아니요]
체인 번호로 레이블이 지정된 모든 체인 및 연결되지 않은 기능의 기능 출력
(기본값: 아니오)
-maxgaplen [가치]
pHMM 적중을 연결하는 경우 단편(아미노산에서) 간 최대 허용 간격 크기
단백질 도메인의 경우(기본값: 50)
-force_recreate [예|아니요]
hmmpressed 프로필을 강제로 다시 생성합니다. (기본값: no)
-pbsmatchscore [가치]
PBS/tRNA 정렬에 대한 일치 점수(기본값: 5)
-pbs불일치점수 [가치]
PBS/tRNA 정렬에 대한 불일치 점수(기본값: -10)
-pbs삽입점수 [가치]
PBS/tRNA 정렬에 대한 삽입 점수(기본값: -20)
-pbs삭제점수 [가치]
PBS/tRNA 정렬에 대한 삭제 점수(기본값: -20)
-v [예|아니요]
장황하다(기본값: 아니오)
-o [파일 이름]
지정된 파일로 출력 리디렉션(기본값: 정의되지 않음)
-gzip [예|아니요]
gzip 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)
-bzip2 [예|아니요]
bzip2 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)
-힘 [예|아니요]
출력 파일에 강제 쓰기(기본값: no)
-seq 파일 [파일 이름]
시퀀스를 가져올 시퀀스 파일 설정(기본값: 정의되지 않음)
-encseq [파일 이름]
시퀀스를 가져올 인코딩된 시퀀스 indexname을 설정합니다(기본값:
찾으시는 주소가 없습니다)
-seq파일
기능을 추출할 시퀀스 파일 설정 -- 목록을 종료하려면
시퀀스 파일
-matchdesc [예|아니요]
원하는 시퀀스 ID에 대한 입력 파일에서 시퀀스 설명을 검색합니다(in
GFF3), 첫 번째 일치 보고(기본값: no)
-matchdescstart [예|아니요]
원하는 시퀀스에 대한 입력 파일의 시퀀스 설명과 정확히 일치
처음부터 첫 번째 공백까지의 ID(GFF3에서)(기본값: no)
-usedesc [예|아니요]
시퀀스 설명을 사용하여 시퀀스 ID(GFF3에서)를 실제 시퀀스에 매핑
항목. 설명에 시퀀스 범위(예: III:1000001..2000000)가 포함된 경우
첫 번째 부분은 시퀀스 ID로 사용됩니다(III) 및 첫 번째 범위 위치를 오프셋으로
(1000001) (기본값: 아니요)
-지역 매핑 [현]
시퀀스 파일 매핑에 시퀀스 영역을 포함하는 파일 설정(기본값: 정의되지 않음)
-도움
기본 옵션에 대한 도움말 표시 및 종료
-도움+
모든 옵션에 대한 도움말 표시 및 종료
-번역
버전 정보 표시 및 종료
보고 버그
버그 보고[이메일 보호]>.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gt-ltrdigest 사용
