이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gt-ltrharvest 명령입니다.
프로그램:
이름
gt-ltrharvest - LTR 레트로트랜스포존을 예측합니다.
개요
gt 이트하베스트 [옵션 ...] -색인
기술
-인덱스 [현]
향상된 접미사 배열 색인의 이름 지정(필수)(기본값: 정의되지 않음)
-범위 [스타트 end]
LTR 쌍이 검색되는 입력 시퀀스의 범위를 지정합니다(기본값:
[0..0])
-씨 [가치]
정확한 반복을 위한 최소 시드 길이 지정(기본값: 30)
-minlenltr [가치]
각 LTR의 최소 길이를 지정합니다(기본값: 100).
-maxlenltr [가치]
각 LTR의 최대 길이를 지정합니다(기본값: 1000).
-mindisttltr [가치]
LTR 시작 위치의 최소 거리 지정(기본값: 1000)
-maxdistltr [가치]
LTR 시작 위치의 최대 거리 지정(기본값: 15000)
-비슷한 [가치]
[1..100%] 범위에서 유사성 임계값을 지정합니다(기본값: 85.000000).
-민트 [가치]
각 TSD의 최소 길이 지정(기본값: 4)
-maxtsd [가치]
각 TSD의 최대 길이 지정(기본값: 20)
-주제 [현]
2개의 뉴클레오티드 startmotif + 2개의 뉴클레오티드 endmotif 지정: ** (기본값: 정의되지 않음)
-모티프 [가치]
모티프 [0,3]의 최대 불일치 수를 지정합니다(기본값: 4).
-빅 [가치]
검색할 뉴클레오티드(왼쪽 및 오른쪽)의 수를 지정합니다.
예측된 LTR 레트로트랜스포존의 5' 및 3' 경계 주변의 TSD 및/또는 모티프
(기본값 : 60)
-겹침 [...]
no|best|all 지정(기본값: best)
-xdrop [가치]
확장 정렬에 xdropbelowscore 지정(기본값: 5)
-매트 [가치]
extension-alignment에 대한 matchscore 지정(기본값: 2)
-미스 [가치]
extension-alignment에 대한 mismatchscore 지정(기본값: -2)
-인 [가치]
확장 정렬에 대한 삽입 점수 지정(기본값: -3)
-델 [가치]
extension-alignment에 대해 삭제 점수 지정(기본값: -3)
-v [예|아니요]
상세 모드(기본값: no)
-tabout [예|아니요]
표시 낡은 stdout에서 GFF3 대신 테이블 형식 출력(기본값: yes)
-seqids [예|아니요]
GFF3 출력에서 시퀀스 번호 대신 시퀀스 설명을 사용합니다. (기본값: no)
-md5 [예|아니요]
GFF5 출력의 seqids에 MD3 해시 추가(기본값: no)
-longoutput [예|아니요]
추가 모티브/TSD 출력 (기본값: no)
-아웃 [현]
FASTA 출력 파일 이름 지정(기본값: 정의되지 않음)
-아웃너 [현]
내부 영역에 대한 FASTA 출력 파일 이름 지정(기본값: 정의되지 않음)
-gff3 [현]
GFF3 출력 파일 이름 지정 (기본값: 정의되지 않음)
-오프셋 [가치]
GFF3 좌표에 오프셋 추가 (기본값: 0)
-주사 [예|아니요]
인덱스를 메모리에 완전히 매핑하는 대신 순차적으로 스캔합니다(기본값: yes).
-도움
기본 옵션에 대한 도움말 표시 및 종료
-도움+
모든 옵션에 대한 도움말 표시 및 종료
-번역
버전 정보 표시 및 종료
추가 정보
자세한 내용은 ltrharvest 매뉴얼을 참고하세요.
보고 버그
버그 보고[이메일 보호]>.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gt-ltrharvest를 사용하세요.
