gt-select - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gt-select - 주어진 GFF3에서 특정 기능(사용된 옵션으로 지정)을 선택합니다.
파일.

개요

gt 고르다 [옵션 ...] [GFF3_파일 ​​...]

기술

-유지 [예|아니요]
가능한 경우 소스 파일에 제공된 원래 ID를 사용합니다(메모리 소비
입력 파일 크기에 비례함) (기본값: no)

-seqid [현]
주어진 시퀀스 ID를 가진 기능을 선택합니다(모든 주석이 선택됨). (기본:
찾으시는 주소가 없습니다)

-source [현]
주어진 소스로 기능을 선택하십시오(소스는 일반 GFF2 라인의 열 3입니다).
(기본값: 정의되지 않음)

-포함하다 [스타트 end]
주어진 범위에 포함된 모든 기능을 선택합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-겹침 [스타트 end]
주어진 범위와 겹치는 모든 기능을 선택합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-바닷가 [현]
가닥이 동일한 모든 최상위 기능(즉, 부모가 없는 기능)을 선택합니다.
하나가 주어졌습니다(다음 중 하나여야 합니다). +-.?) (기본값: 정의되지 않음)

-표적 가닥 [현]
정확히 하나의 속성을 갖는 모든 최상위 기능(즉, 상위 기능이 없는 기능)을 선택합니다.
해당 가닥이 주어진 것과 동일한 대상 속성(다음 중 하나여야 함) +-.?) (기본:
찾으시는 주소가 없습니다)

-목표최고 [예|아니요]
정확히 하나의 최상위 기능(즉, 상위 기능이 없는 기능)이 여러 개 있는 경우
target 속성은 동일한 target_id를 가지며, 점수가 가장 높은 기능만 유지합니다.
-targetstrand를 동시에 사용하는 경우 -targetstrand 다음에 이 옵션이 적용됩니다.
메모리 소비는 입력 파일 크기에 비례합니다. (기본값: 아니요)

-hascds [예|아니요]
CDS 하위 항목이 있는 모든 최상위 기능을 선택합니다(기본값: 아니요).

-최대 유전자 길이 [가치]
주어진 최대 길이까지 유전자를 선택합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-maxgenenum [가치]
주어진 최대 수까지 첫 번째 유전자를 선택합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-mingenescore [가치]
주어진 최소 점수를 가진 유전자를 선택합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-maxgenescore [가치]
주어진 최대 점수를 가진 유전자를 선택합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-최소평균sp [가치]
최소 평균 접속 사이트 확률을 설정합니다. (기본값: 정의되지 않음)

-rule_files
선택에 사용할 Lua 필터 규칙 파일을 지정합니다(다음으로 목록 종료). --)

-rule_logic [...]
여러 Lua 파일을 결합하는 방법을 선택합니다 AND|OR(기본값: AND)

-dropped_file [파일 이름]
선택되지 않은 기능을 파일에 저장(기본값: 정의되지 않음)

-v [예|아니요]
장황하다(기본값: 아니오)

-o [파일 이름]
지정된 파일로 출력 리디렉션(기본값: 정의되지 않음)

-gzip [예|아니요]
gzip 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)

-bzip2 [예|아니요]
bzip2 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)

-힘 [예|아니요]
출력 파일에 강제 쓰기(기본값: no)

-도움
도움말 표시 및 종료

-번역
버전 정보 표시 및 종료

옵션 파일 형식 -rule_files:

옵션에 제공된 파일 -rule_files 주어진 사용자별로 필터링하는 기능을 정의합니다.
기준(아래 예 참조):

함수 필터(gn)
타겟 = "엑손"
gn:children()의 curnode에 대해
if (curnode:get_type() == 대상) then
거짓 반환
end
end
참을 돌려 주다
end

위 함수는 다음의 모든 하위 항목을 반복합니다. gn 그리고 노드가 있는지 확인합니다.
유형 엑손. 그러한 노드가 있으면 함수는 다음을 반환합니다. 그릇된, 이는 부모를 나타냅니다.
노드 gn 정리되지 않습니다.

참고: 함수 이름을 지정해야 합니다. 필터링 그리고 돌아와야 해 그릇된, 이는 노드를 나타냅니다.
필터링 과정에서 살아 남았습니다.

보고 버그

버그 보고[이메일 보호]>.

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