이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gt-shredder 명령입니다.
프로그램:
이름
gt-shredder - 파쇄기 시퀀스 파일을 임의 길이의 연속 조각으로 만듭니다.
개요
gt 분쇄기 [옵션 ...] [시퀀스_파일 ...]
기술
-적용 범위 [가치]
Sequence_file이 파쇄되는 횟수를 설정합니다(기본값: 1).
-최소 길이 [가치]
파쇄된 조각의 최소 길이 설정(기본값: 300)
-최대 길이 [가치]
파쇄된 조각의 최대 길이를 설정합니다(기본값: 700).
-겹침 [가치]
연속된 조각 사이의 겹침을 설정합니다. (기본값: 0)
-견본 [가치]
주어진 확률로 생성된 시퀀스 조각의 샘플을 가져옵니다(기본값:
1.000000)
-클립데스크 [예|아니요]
첫 번째 공백 뒤에 클립 설명이 표시됩니다( \t, \n 등) 오프셋과 길이를 추가합니다.
고유 식별자 확인(기본값: 아니요)
-폭 [가치]
FASTA 시퀀스 인쇄를 위한 출력 너비 설정(0은 서식 비활성화)(기본값: 0)
-o [파일 이름]
지정된 파일로 출력 리디렉션(기본값: 정의되지 않음)
-gzip [예|아니요]
gzip 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)
-bzip2 [예|아니요]
bzip2 압축 출력 파일 쓰기 (기본값: no)
-힘 [예|아니요]
출력 파일에 강제 쓰기(기본값: no)
-도움
도움말 표시 및 종료
-번역
버전 정보 표시 및 종료
에 주어진 각 순서 시퀀스_파일 무작위로 연속된 조각으로 파쇄됩니다.
길이(사이 -최소 길이 및 -최대 길이) 소모될 때까지. 이로써 마지막
주어진 시퀀스의 잘린 조각은 옵션에 대한 인수보다 짧을 수 있습니다.
-최소 길이. 이러한 조각을 제거하려면 gt seqfilter를 사용하십시오(아래 예 참조).
예 :
특정 BAC를 분쇄기:
$ gt 분쇄기 U89959_genomic.fas > 조각.fas
EST 컬렉션을 50~100bp 사이의 조각으로 분쇄하고 모두 제거합니다(터미널).
50bp보다 짧은 단편:
$ gt 파쇄기 -최소 길이 50 -최대 길이 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 -> 조각.fas
# 130개의 시퀀스 중 1260개가 제거되었습니다(10.317%).
EST 컬렉션을 파쇄하고 결과 조각 중 무작위 10%만 표시합니다.
$ gt 파쇄기 -샘플 0.1 U89959_ests.fas
보고 버그
버그 보고[이메일 보호]>.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gt-shredder 사용
