gtf2gff3p - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gtf2gff3 - GTF 형식 파일을 유효한 GFF3 파일로 변환

버전

이 문서는 버전 0.1에 대해 설명합니다.

개요

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_파일 > gff3_파일

기술

이 스크립트는 GTF 형식 파일을 유효한 GFF3 형식 파일로 변환합니다. 매핑됩니다
열 3(\"유형\" 열)의 값은 유효한 SO이지만 많은 비표준 용어 때문입니다.
GTF 파일의 해당 열에 나타날 수 있습니다. 구성 파일을 편집하여 자신의
SO 매핑에 대한 GTF 기능. 이 스크립트는 또한 엑손, CDS 및
GTF 파일에 제공된 다른 기능. 현재 Ensemble 및 Twinscan에서 테스트 중입니다.
GTF이며 동일한 사양을 따르는 다른 파일에서 작동해야 합니다. 그렇습니다
해당 파일이 유전자에 대해 동일한 ID를 사용하기 때문에 UCSC 테이블 브라우저의 GTF에서 작동하지 않습니다.
및 전사체이므로 여러 전사체를 유전자로 그룹화하는 것은 불가능합니다. 참조
자세한 내용은 스크립트와 함께 제공된 README를 참조하십시오.

옵션:

--cfg
구성 파일의 파일 이름을 제공하십시오. 함께 제공된 구성 파일을 참조하십시오.
형식 세부 정보에 대한 스크립트입니다. 이 구성 파일을 사용하여
스크립트. 구성 파일이 제공되지 않으면 ./gtf2gff3.cfg를 찾습니다. ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg 순서대로.

--도움
자세한 매뉴얼 페이지 스타일 도움말 메시지를 제공하고 종료합니다.

진단

"오류: 누락되었거나 비표준 속성: parse_attributes"
GTF 파일의 행에 속성이 없거나 해당 행의 속성 열이
해석할 수 없습니다.

"오류: 전사되지 않은 유전자 기능이 지원되지 않습니다. 지원을 받으려면 작성자에게 문의하십시오.
build_gene"
이 경고는 기록되지 않은 내용이 포함되어 있기 때문에 줄을 건너뛰었음을 나타냅니다.
유전자 기능이며 코드는 현재 이러한 유형의 기능을 처리할 수 없습니다.
이것은 추가하기가 그리 어렵지 않을 것이므로 이 오류가 발생하면 저에게 연락하십시오.
이러한 기능을 지원하고 싶습니다.

"오류: 성적표를 작성하려면 적어도 엑손 또는 CDS가 있어야 합니다: build_trnsc"
일부 기능에는 transcript_id가 있지만 이와 관련된 엑손 또는 CDS가 없습니다.
그 transcript_id 그래서 스크립트가 성적표를 작성하지 못했습니다.

"오류: seq_id 충돌: validate_and_finish_trnsc"
동일한 seq_id를 공유하지 않는 동일한 성적표 내에서 두 개의 기능을 찾았습니다.

"오류: 소스 충돌: validate_and_finish_trnsc"
동일한 기록에서 동일한 소스를 공유하지 않는 두 개의 기능을 찾았습니다.

"오류: 유형 충돌: validate_and_finish_trnsc"
동일한 성적표 내에서 동일한 내용을 공유할 것으로 예상되는 두 개의 기능을 찾았습니다.
입력했지만 아직 입력하지 않았습니다.

"오류: 가닥 충돌: validate_and_finish_trnsc"
동일한 가닥을 공유하지 않는 동일한 전사 내에서 두 개의 기능을 찾았습니다.

"오류: seq_id 충돌: validate_and_build_gene"
동일한 seq_id를 공유하지 않는 동일한 유전자 내에서 두 개의 기능을 찾았습니다.

"오류: 소스 충돌: validate_and_build_gene"
동일한 출처를 공유하지 않는 동일한 유전자 내에서 두 가지 특징을 발견했습니다.

"오류: 가닥 충돌: validate_and_build_gene"
동일한 가닥을 공유하지 않는 동일한 유전자 내에서 두 가지 기능을 발견했습니다.

"오류: gene_id 충돌: validate_and_build_gene"
동일한 gene_id를 공유하지 않는 동일한 유전자 내에서 두 가지 기능을 찾았습니다.

"치명적: GTF 파일을 열 수 없습니다: file_name을 읽기용으로."
읽기 위해 GTF 파일을 열 수 없습니다.

"치명적: 성적표 작성을 위해 엑손 또는 CDS 필요: process_start"
start_codon 기능에 주석이 추가되었지만 연결된 엑손 또는 CDS가 없습니다.
그 transcript_id로 스크립트가 실패했습니다.

"치명적: process_start의 테스트되지 않은 코드입니다. 작성자에게 지원을 요청하십시오."
스크립트는 5' UTR의 존재를 기반으로 시작 코돈을 추론하도록 작성되었지만 우리는
코드를 작성할 때 이러한 유형의 예제 GTF가 없었기 때문에 프로세스를 종료했습니다.
테스트되지 않은 코드를 실행하는 것보다 지원을 받으려면 작성자에게 문의하십시오.

"치명적: 잘못된 기능 세트: process_start"
우리는 시작 코돈을 추론하거나 비-코돈을 추론하는 가능한 모든 방법을 고려하려고 노력했습니다.
코딩 유전자, 하지만 우리는 실패했습니다. 당신의 유전자 특징 조합은
우리에게 감각. 이 오류가 발생하면 안 됩니다. 오류가 발생하면
그것을 생성한 GTF 파일. 지원을 받으려면 저자에게 문의하십시오.

"치명적: 성적표 작성을 위해 엑손 또는 CDS 필요: process_stop"
stop_codon 기능에 주석이 달렸지만 이와 관련된 엑손 또는 CDS가 없었습니다.
그 transcript_id 그래서 스크립트가 실패했습니다.

"치명적: process_stop의 테스트되지 않은 코드입니다. 작성자에게 지원을 요청하십시오."
스크립트는 3' UTR의 존재를 기반으로 정지 코돈을 추론하도록 작성되었지만 우리는
코드를 작성할 때 이러한 유형의 예제 GTF가 없었기 때문에 프로세스를 종료했습니다.
테스트되지 않은 코드를 실행하는 것보다 지원을 받으려면 작성자에게 문의하십시오.

"치명적: 잘못된 기능 세트: process_stop"
정지 코돈을 추론하거나 비-코돈을 추론하는 가능한 모든 방법을 고려하려고 노력했습니다.
코딩 유전자, 하지만 우리는 실패했습니다. 당신의 유전자 특징 조합은
우리에게 감각. 이 오류가 발생하면 안 됩니다. 오류가 발생하면
그것을 생성한 GTF 파일. 지원을 받으려면 저자에게 문의하십시오.

"치명적: 잘못된 기능 세트: process_exon_CDS_UTR"
우리는 엑손, CDS 및 UTR을 추론할 수 있는 모든 가능한 방법을 고려하려고 노력했지만 아직
실패한. 유전자 특징의 조합은 우리에게 이해가 되지 않습니다. 너 정말
이 오류가 발생하면 GTF 파일을 보고 싶습니다.
생성했습니다. 지원을 받으려면 저자에게 문의하십시오.

"치명적: 필요한 배열 참조: sort_features."
사용자가 이 오류를 트리거할 수 없어야 합니다. 그것은 거의 확실하게
소프트웨어 버그. 작가에게 연락주세요.

"치명적: sort_feature_types에서 가닥을 결정할 수 없습니다."
이것은 GTF 파일이 기능에 대한 가닥을 나타내지 않는다는 것을 나타낼 수 있습니다.
그것을 요구합니다. 소프트웨어 버그를 나타낼 수도 있습니다. 작가에게 연락주세요.

"치명적: 필요한 해시 참조: sort_feature_types."
사용자가 이 오류를 트리거할 수 없어야 합니다. 그것은 거의 확실하게
소프트웨어 버그. 작가에게 연락주세요.

"치명적: 잘못된 값이 strand에 전달됨: strand."
이것은 GTF 파일이 기능에 대한 가닥을 나타내지 않는다는 것을 나타낼 수 있습니다.
그것을 요구합니다. 구성 파일에서 DEFAULT_STRAND 매개변수 사용을 고려하십시오. 할 수 있습니다
또한 소프트웨어 버그를 나타냅니다. 작가에게 연락주세요.

구성 및 환경

구성 파일은 이 스크립트와 함께 제공됩니다. 스크립트는 그것을 찾을 것입니다
./gtf2gff3.cfg의 구성 파일, ~/gtf2gff3.cfg 또는 /etc/gtf2gff3.cfg 순서대로.
해당 위치 중 하나에서 구성 파일을 찾을 수 없고 제공되지 않은 경우
--cfg 플래그를 통해 정상적인 기본값을 선택하려고 시도하지만 실제로 제공해야 합니다.
구성 파일. 제공된 구성 파일 자체와 README를 참조하십시오.
구성 파일에 대한 형식 및 세부 정보는 이 패키지와 함께 제공됩니다.

의존성

이 스크립트에는 CPAN에서 사용할 수 있는 다음 perl 패키지가 필요합니다.
(www.cpan.org).

Getopt::긴; Config::Std 사용;

비호환성

아무도보고되지 않았습니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 gtf2gff3p 사용