Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 GWAMA 명령입니다.
프로그램:
이름
GWAMA - Genome-Wide Association 메타 분석
개요
그와마 [옵션]
기술
GWAMA(Genome-Wide Association Meta Analysis) 소프트웨어는
이진 또는 양적 표현형에 대한 GWA 연구 결과. 고정 및 무작위 효과
메타 분석은 추정치를 사용하여 직접 유전형 및 귀속 SNP 모두에 대해 수행됩니다.
이진 특성에 대한 대립형질 승산비 및 95% 신뢰 구간의 추정치
정량적 표현형에 대한 대립유전자 효과 크기 및 표준 오차. GWAMA를 사용할 수 있습니다.
모든 다른 유전 모델(곱셈, 덧셈,
우성, 열성). 이 소프트웨어는 오류 트래핑 기능을 통합하여 식별합니다.
가닥 정렬 오류 및 대립 유전자 뒤집기, 이질성 테스트 수행
연구 사이의 효과.
옵션
-i, --파일 목록=파일 이름
연구 결과 파일을 지정합니다. 기본값 = gwama.in
-o, --산출=파일 루트
분석 출력을 위한 파일 루트를 지정합니다. 기본값 = gwama(gwama.out, gwama.gc.out)
-r, --무작위의
무작위 효과 수정을 사용합니다. 기본값 = 비활성화됨
-gc, --genomic_control
연구 결과 파일을 조정하기 위해 게놈 컨트롤을 사용합니다. 기본값 = 비활성화됨
-gco, --genomic_control_output
메타 분석 요약에 게놈 제어 사용(즉, 메타 분석 결과는
gc에 대해 수정됨). 기본값 = 비활성화됨
-qt, --양적
정량적 특성 버전(BETA 및 SE 열)을 선택합니다. 기본값 = 이진 특성
-m, --지도=파일 이름
마커 맵의 파일 이름을 선택합니다.
-t, --한계점=0-1
요약 효과 방향에서 방향을 표시하기 위한 p-값 임계값입니다. 기본값 =
1
--no_alleles
대립 유전자 정보가 제공되지 않았습니다. 항상 같은 EA를 기대합니다.
--indel_alleles
대립 유전자 검사에는 단일 문자 이상이 포함될 수 있습니다. 스트랜드 검사가 없습니다.
--섹스 성별 구분 및 성별 이질성 분석 실행(방법은
종이 Magi, Lindgren & Morris 2010). 파일 목록 파일에 성별 정보를 제공해야 합니다.
(파일 이름 뒤의 두 번째 열은 M 또는 F입니다).
--name_marker
마커 이름 열에 대한 대체 헤더입니다.
--name_strand
스트랜드 컬럼에 대한 대체 헤더.
--name_n
샘플 크기 열에 대한 대체 헤더입니다.
--name_ea
대립유전자 열에 영향을 미치는 대체 헤더.
--name_nea
영향을 미치지 않는 대립유전자 열에 대한 대체 헤더입니다.
--name_eaf
대립유전자 빈도 열에 영향을 미치는 대체 헤더.
--name_beta
베타 열에 대한 대체 헤더입니다.
--name_se
std에 대한 대체 헤더입니다. 잘못 안부.
--이름_또는
OR 열에 대한 대체 헤더입니다.
--name_or_95l
OR 95L 열의 대체 헤더.
--name_or_95u
OR 95U 열의 대체 헤더.
-h, --도움
이 도움말을 인쇄하십시오.
-v, --번역
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