Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 hhmake 명령입니다.
프로그램:
이름
hhmake - 입력 정렬에서 HMM을 빌드하거나 HMMER 형식과 HHsearch 간 변환
체재
개요
아메이크 -i 파일 [옵션]
기술
HHmake 버전 2.0.16(2013년 2월) A3M, AXNUMXM 또는 AXNUMXM의 입력 정렬에서 HMM 빌드
FASTA 형식 또는 HMMER 형식(.hmm)과 HHsearch 형식(.hhm) 간 변환. 레머트
M, Biegert A, Hauser A 및 Soding J. HHblits: 번개처럼 빠른 반복 단백질 서열
HMM-HMM 정렬로 검색합니다. Nat. 방법 9:173-175 (2011). (C) 요하네스 소딩,
마이클 레머트, 안드레아스 비거트, 안드레아스 하우저
-i
쿼리 정렬(A2M, A3M 또는 FASTA) 또는 쿼리 HMM
산출 옵션 :
-o
쓸 HMM 파일(기본값= )
-a
추가할 HMM 파일
-v
verbose 모드: 0: 화면 출력 없음 1: 경고만 2: verbose
-seq
최대 표시된 쿼리/템플릿 시퀀스 수(def=10) 오버플로에 주의하십시오! 모두
이러한 시퀀스는 메모리에 저장됩니다.
-단점 쿼리 MSA의 컨센서스 시퀀스 마스터 시퀀스 만들기
-이름
HMM에 이 이름 사용(기본값: 첫 번째 시퀀스 이름 사용)
필터 쿼리 다중 시퀀스 정렬
-신분증 [0,100] 최대 쌍별 서열 동일성(%)(def=90)
-차이 [0, 정보[
가장 다양한 시퀀스 집합을 선택하여 MSA를 필터링하고 최소한 이만큼 유지
길이가 50인 각 MSA 블록의 seq(def=100)
-코브 [0,100] 쿼리 포함 최소 적용 범위(%)(def=0)
-qid [0,100] 쿼리와의 최소 서열 동일성(%)(def=0)
-qsc [0,100] 쿼리가 있는 열당 최소 점수(def=-20.0)
-네프 [1,INF]
정렬의 대상 다양성(기본값=꺼짐)
입력 조정 형식 :
-M a2m은 A2M/A3M을 사용합니다(기본값): 대문자 = 일치; 소문자 = 삽입; '-' = 삭제; '.' =
삽입물에 정렬된 간격(생략 가능)
-M 먼저
FASTA 사용: 첫 번째 시퀀스에 잔기가 있는 열은 일치 상태입니다.
-M [0,100]
FASTA 사용: X% 미만의 간격이 있는 열은 일치 상태입니다.
의사 카운트 (PC) 옵션 :
-PCM pc 혼화제 'tau'의 0-2 위치 종속성(pc 모드, 기본값=0)
0: 유사 카운트 없음:
타우 = 0
1: 상수
타우 = a
2: 다양성 의존: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: 개수
열 i) 주변의 로컬 MSA에서 유효 시퀀스 3: 일정한 다양성 의사 카운트
-pca [0,1] 전체 pseudocount 혼합물(def=1.0)
- PCB [1,inf[ Neff 임계값 -PCM 2(데프=1.5)
-PCC [0,3] 소멸 지수 c -PCM 2(데프=1.0)
-pre_pca [0,1]
PREFILTER 유사카운트 혼합물(def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ Neff에 대한 PREFILTER 임계값(def=1.8)
상황별 의사 수:
-nocontxt
상황별 의사 수 대신 대체 행렬 사용
-contxt 컨텍스트별 의사 수를 계산하기 위한 컨텍스트 파일
(기본값=./data/context_data.lib)
-cslib
빠른 데이터베이스 사전 필터링을 위한 열 상태 파일(기본값=./data/cs219.lib)
예: hhmake -i 테스트.a3m
onworks.net 서비스를 사용하여 hhmake 온라인 사용
