이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 hmm-assembler.pl입니다.
프로그램:
이름
hmm-assembler.pl - SNAP 모듈 hmm-assembler.pl
개요
흠-어셈블러.pl [-옵션 [-MORE_OPTIONS]] [--] [프로그램_ARG1 ...]
옵션
XNUMXD덴탈의 수행원 단일 문자 옵션 are 수락됨:
인수 포함: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
부울(인수 없음): -r -o -x -p -t -1
옵션은 함께 병합될 수 있습니다. -- 옵션 처리를 중지합니다. 공간이 필요하지 않습니다
옵션과 해당 인수 사이.
옵션 :
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] 3'UTR 모델 포함, 필요 -a
-a [] PolyA 모델 포함, 필요 -3
-5 [] 5'UTR moel 포함, 필요 -p
-p 일반 프로모터 모델 포함, 필요 -5
-r 일반 반복 모델 포함
-o 역 ORF 모델 포함
-x 명시적 기간 인트론 모델 사용
-t C.elegans 트랜스 스플라이싱 포함, 필요 -p, -5
-Z 분기군별 값 설정(벌레, 파리, 식물)
-1 단일 유전자 모델
-c
GC-AG 스플라이스 기증자 모델 포함
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 hmm-assembler.pl 사용
