HPCdaligner - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

HPCdaligner - 실행할 스크립트 생성 얼라이너(1)

개요

HPCdaligner [-vbAI] [-kINT(14)] [-wINT(6)][-hINT(35)] [-tINT] [-MINT] [-e더블(.70)]
[-lINT(1000)] [-sINT(100)] [-HINT] [-m선로]+ [-달INT(4)] [-도INT(25)] 경로:db|댐
[첫 번째:정수[-마지막:정수]]

기술

HPCdaligner 시퀀스로 구성된 표준 출력에 UNIX 쉘 스크립트를 작성합니다.
효과적으로 실행되는 명령 얼라이너(1) 분할 데이터베이스의 모든 블록 쌍에 대해
그런 다음 외부에서 다음을 사용하여 정렬하고 병합합니다. L정렬(1)과하면 L병합(1) 컬렉션으로
이름이 있는 정렬 파일 경로.#.las 여기서 #의 범위는 1부터 블록 수까지입니다.
데이터베이스가 분할됩니다. 다음과 같이 정렬된 파일은 다음과 같이 연결됩니다. 라캣(1)은 다음을 포함합니다
정렬된 순서로 모든 정렬(a-read, 그 다음 b-read 등). 게다가 모든
주어진 a-read에 대한 겹침은 파일 간에 분할되지 않도록 보장되므로 실행할 수 있습니다.
정렬된 각 파일에 대한 아티팩트 분석기 또는 오류 수정을 병렬로 수행합니다.

데이터베이스는 이전에 분할되어 있어야 합니다. DB분할(1) 및 다음을 제외한 모든 매개변수
-v, -달및 -도, 다음 호출로 전달됩니다. 얼라이너(1). 기본값은
이 매개변수는 다음과 같습니다. 얼라이너(1). 그만큼 -v 자세한 모드에 대한 플래그도 다음으로 전달됩니다.
모든 호출 L정렬(1)과하면 L병합(1). -달 과 -도 옵션은 나중에 설명됩니다.

N개의 하위 블록으로 나누어진 데이터베이스의 경우 다음을 호출합니다. 얼라이너(1) 총 생산 예정
2TN^2 .las 파일은 daligner가 T 스레드로 실행된다고 가정합니다. 그런 다음 이러한 항목이 정렬되고
N^2개의 정렬된 .las 파일(각 블록 쌍당 하나씩)로 병합됩니다. 그런 다음 이것들은 다음으로 병합됩니다.
ceil(log_deg N) 단계에서 파일 수가 기하학적으로 감소합니다. -도 까지
N x N 블록 매트릭스의 행당 1개의 파일이 있습니다. 그래서 마지막에는 N 정렬된 .las가 있습니다.
연결될 때 하나의 큰 정렬된 중첩 파일을 제공하는 파일입니다.

XNUMXD덴탈의 -달 옵션(기본값 4)은 호출당 원하는 블록 비교 수를 제공합니다.
얼라이너(1). 일부는 다음을 포함해야 합니다. 달-1 비교 및 ​​첫 번째 달-2 블록 비교
훨씬 적지만, HPCdaligner "플래너"는 평균 부하를 제공하기 위해 최선을 다합니다.
명령당 dal 블록 비교. 그만큼 -도 옵션(기본값 25)은 최대 수를 제공합니다.
단일 파일로 병합될 파일 수 L병합(1) 명령. 기획자가 최선을 다한다
레벨 수가 ceil(log_deg N)인 k-ary 병합 트리도 있습니다.

정수인 경우 먼저 과 지난 누락된 경우 생성된 스크립트는 다음의 모든 블록에 대한 것입니다.
데이터베이스. 만약에 먼저 존재한다면, 그럼 HPCdaligner 증분 스크립트를 생성합니다.
블록을 비교합니다 먼저 을 통하여 지난 (지난 = 먼저 존재하지 않는 경우) 서로 반대하고
1부터 모든 이전 블록 먼저-1을 선택한 다음 .las 파일을 점진적으로 업데이트합니다.
블록 1부터 먼저-1, 블록에 대한 .las 파일을 생성합니다. 먼저 을 통하여 지난.

각 UNIX 명령줄 출력은 HPCdaligner 배치 작업이 될 수 있습니다(우리는 &&를 사용합니다)
여러 명령을 한 줄로 결합하여 그렇게 만들 수 있습니다.) 간의 종속성
모든 작업을 먼저 실행하면 작업을 유지 관리할 수 있습니다. 얼라이너(1) 직업, 그 다음에는 모든 것
초기 정렬 작업을 수행한 다음 외부 병합 정렬의 각 단계에 있는 모든 작업을 수행합니다. 각
이러한 단계는 스크립팅에 대한 정보 제공 주석 줄로 구분됩니다.
편의.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 HPCdaligner를 사용하세요.