idba - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

idba_hybrid - 하이브리드 시퀀싱 데이터용 Iterative de Bruijn Graph Assembler

개요

idba_하이브리드 -r 읽기.fa -o 출력_디렉터리 [--참조 심판.fa]

기술

IDBA-Tran은 전사체를 위한 반복 De Bruijn Graph De Novo 짧은 읽기 어셈블러입니다.
RNA 시퀀싱 읽기만을 기반으로 하는 순전히 새로운 어셈블러입니다. IDBA-Tran은 로컬을 사용합니다.
저발현 전사체에서 누락된 k-mer를 재구성하기 위한 어셈블리
그래프를 구성 요소로 분리하기 위해 contig의 점진적 컷오프. 각 구성 요소
대부분의 경우 하나의 유전자에 해당하며 많은 전사체를 포함하지 않습니다. 휴리스틱
그런 다음 페어 엔드 읽기를 기반으로 하는 알고리즘을 사용하여 동형을 찾습니다.

옵션

-o, --밖 인수(=아웃)
출력 디렉토리

-r, --읽다 아르헨티나
fasta 읽기 파일(<=128)

--read_level_2 아르헨티나
두 번째 레벨 스캐폴드를 위한 페어드 엔드 읽기 fasta

--read_level_3 아르헨티나
XNUMX단계 스캐폴드를 위한 페어드 엔드 읽기 fasta

--read_level_4 아르헨티나
XNUMX단계 스캐폴드용 페어드 엔드 읽기 fasta

--read_level_5 아르헨티나
XNUMX단계 스캐폴드를 위한 페어드 엔드 읽기 fasta

-l, --long_read 아르헨티나
fast 긴 읽기 파일(>128)

--참조 아르헨티나
참조 게놈

--밍크 인수(=20)
최소 k 값(<=124)

--최대 인수(=100)
최대 k 값(<=124)

--단계 인수(=20)
각 반복의 k-mer 증분

--inner_mink 인수(=10)
내부 최소 k 값

--inner_step 인수(=5)
k-mer의 내부 증분

--접두사 인수(=3)
하위 k-mer 테이블을 작성하는 데 사용되는 접두사 길이

--min_count 인수(=2)
그래프를 작성할 때 k-mer를 필터링하기 위한 최소 다중도

--min_support 인수(=1)
각 반복의 최소 지원

--num_threads 인수(=0)
스레드 수

--seed_kmer 인수(=30)
정렬을 위한 시드 kmer 크기

--min_contig 인수(=200)
contig의 최소 크기

--최소_지역 인수(=500)
참조 게놈의 최소 영역 크기

--비슷한 인수(=0.95)
정렬에 대한 유사성

--max_mismatch 인수(=3)
오류 수정의 최대 불일치

--최소 쌍 인수(=3)
최소 쌍 수

--max_gap 인수(=50)
참조의 최대 간격

--no_local
로컬 어셈블리를 사용하지 마십시오

--no_coverage
적용 범위를 반복하지 마십시오

--아니요_정확함
수정을 하지 않는다

--pre_수정
조립 전 사전 보정 수행

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