Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 indexdb_rna 명령입니다.
프로그램:
이름
indexdb_rna - NGS 읽기 필터링, 매핑 및 OTU 선택을 위한 도구(indexdb)
개요
indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [옵션]
기술
SortMeRNA는 필터링, 매핑 및 OTU 선택을 위한 생물학적 서열 분석 도구입니다.
NGS는 읽습니다. 핵심 알고리즘은 대략적인 시드를 기반으로 하며 빠르고
뉴클레오티드 서열의 민감한 분석. SortMeRNA의 주요 응용 프로그램은 필터링입니다.
metatranscriptomic 데이터의 rRNA. 추가 응용 프로그램에는 OTU 피킹 및
QIIME v1.9+(http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA는 읽기 파일(fasta 또는 fastq 형식)과 하나 이상의 rRNA를 입력으로 사용합니다.
데이터베이스 파일(들), rRNA 및 거부된 읽기를 분류하여 지정된 두 파일로
사용자. 선택적으로 rRNA 읽기의 고품질 로컬 정렬을 제공할 수 있습니다.
rRNA 데이터베이스. SortMeRNA는 Illumina, 454, Ion Torrent 및 PacBio 데이터와 함께 작동하며
SAM 및 BLAST 유사 정렬을 생성합니다.
옵션
의무 옵션
--ref 문자열, 문자열
FASTA 참조 파일, 인덱스 파일
예:
--ref /경로/to/file1.fasta,/경로/to/index1
여러 참조 시퀀스 파일을 전달할 경우 ':'로 구분합니다.
예:
--ref /경로/f1.fasta,/경로/index1:/경로/f2.fasta,경로/index2
선택 사항 옵션
--빠른 BOOL
~99% 관련 종을 정렬하기 위해 제안된 옵션(기본값: 꺼짐)
--예민한 BOOL
~75-98% 관련 종을 정렬하기 위해 제안된 옵션(기본값: 켜짐)
--tmpdir STRING
임시 파일을 쓸 디렉터리
-m INT 인덱스 구축을 위한 메모리 양(MB)(기본값: 3072)
-L INT 시드 길이(기본값: 18)
--max_pos INT
각 고유 L-mer에 대해 저장할 최대 위치 수(기본값: 10000, 설정)
--max_pos 0은 모든 위치를 저장합니다)
-v BOOL
말 수가 많은
-h BOOL
도움
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 indexdb_rna 사용
