이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 indigo-deco 명령입니다.
프로그램:
이름
indigo-deco - 분자 비계 검출 및 R 그룹 디콘볼루션
개요
인디고데코 파일 [매개 변수]
인디고데코 -h
기술
인디고데코 분자 비계 검출 및 R-그룹 디콘볼루션을 수행합니다. 수락됨
형식은 Molfile, SDFile, RDFile, SMILES 및 CML입니다.
옵션
인디고데코 다음 매개변수를 허용합니다.
-h 도움말 메시지 인쇄
-a 대략적인 비계 계산(기본값은 정확함)
-s
발견된 최대 비계를 molfile에 쓰기
-S
발견된 모든 스캐폴드를 SD 파일에 쓰기
-l
비계를 계산하지 않고 파일에서 로드합니다.
-sr
R 사이트가 포함된 스캐폴드를 파일에 쓰기
-o
결과로 강조 표시된 분자를 파일에 기록
-r
분리된 r-그룹이 있는 결과 분자를 파일에 기록합니다.
생성 방향성 고려 없음
-- 옵션의 끝을 표시합니다.
사용 예
인디고데코 *.mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
현재 디렉토리의 molfile에서 분자를 읽고 발견된 최대 비계를 저장합니다.
scaf.mol에 저장하고 강조 표시된 분자를 hl.sdf에 저장합니다.
인디고데코 구조.mol 많은.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Structure.mol에서 하나의 분자를 읽고 Many.sdf에서 여러 분자를 읽고 저장합니다.
r-rgoups가 있는 분자를 rg.sdf로 저장하고 발견된 모든 스캐폴드를 allscafs.sdf에 저장합니다.
인디고데코 *.smi -d Readyscaf.mol -o hl.sdf
현재 디렉터리의 모든 SMILES 파일에서 여러 분자를 읽고,
Readyscaf.mol에서 스캐폴드하고 강조 표시된 분자를 hl.sdf에 저장합니다.
onworks.net 서비스를 통해 온라인으로 indigo-deco를 사용하세요