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온웍스 파비콘

infoaligne - 클라우드의 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 infoaligne 실행

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 infoaligne입니다.

프로그램:

이름


infoalign - 다중 시퀀스 정렬에 대한 기본 정보 표시

개요


정보 정렬 -순서 시퀀스 세트 [-매트릭스 매트릭스] [-refseq ] -복수 뜨다
-신원 뜨다 -아웃파일 아웃파일 [-html 부울] -뿐 부울 -표제 부울
-미국 부울 -이름 부울 -seq길이 부울 -정렬 길이 부울 -갭 부울
-갭카운트 부울 -idcount 부울 -심카운트 부울 -할인 부울
-변화 부울 -무게 부울 -설명 부울

정보 정렬 -도움

기술


정보 정렬 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "정렬:다중, 데이터 검색: 시퀀스 데이터"의 일부입니다.
명령 그룹.

옵션


입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀀스 세트
표시할 시퀀스 정렬입니다.

-매트릭스 매트릭스
이것은 시퀀스를 비교할 때 사용되는 스코어링 매트릭스 파일입니다. 기본적으로
파일 'EBLOSUM62'(단백질의 경우) 또는 파일 'EDNAFULL'(핵 서열의 경우). 이것들
파일은 EMBOSS 설치의 'data' 디렉토리에 있습니다.

-refseq
정렬에 번호를 지정하거나 시퀀스의 이름을 지정하면
참조 시퀀스가 ​​됩니다. 참조 시퀀스는 모든
다른 시퀀스가 ​​비교됩니다. 이것이 0으로 설정되면 컨센서스 시퀀스는 다음과 같습니다.
참조 시퀀스로 사용됩니다. 기본적으로 합의 시퀀스는
참조 시퀀스.

고급의 섹션에 있어야 합니다.
-복수 뜨다
합의가 없는 긍정적 득점 경기의 %에 대한 컷오프를 설정합니다.
기본 복수는 모든 시퀀스의 총 가중치의 50%로 간주됩니다.
조정. 기본값: 50.0

-신원 뜨다
위치에 필요한 ID 수를 설정하는 기능을 제공합니다.
합의를 이끌어내는 것입니다. 따라서 이것이 100%로 설정되면 ID 열만
합의에 기여합니다. 기본값: 0.0

산출 섹션에 있어야 합니다.
-아웃파일 아웃파일
여기에 파일 이름을 입력하면 이 프로그램이 시퀀스 세부 정보를 기록합니다.
그 파일에.

-html 부울
기본값: N

-뿐 부울
이것은 몇 가지만 원하는 경우 명령줄을 줄이는 방법입니다.
표시됩니다. 지정하는 대신: '-nohead -nousa -noname -noalign -nogaps -nogapcount
-nosimcount -noidcount -nodiffcount -noweight' 시퀀스 길이 출력만 가져오려면,
'-only -seqlength'를 지정할 수 있습니다. 기본값: N

-표제 부울
기본값: @(!$(only))

-미국 부울
기본값: @(!$(only))

-이름 부울
기본값: @(!$(only))

-seq길이 부울
기본값: @(!$(only))

-정렬 길이 부울
기본값: @(!$(only))

-갭 부울
기본값: @(!$(only))

-갭카운트 부울
기본값: @(!$(only))

-idcount 부울
기본값: @(!$(only))

-심카운트 부울
기본값: @(!$(only))

-할인 부울
기본값: @(!$(only))

-변화 부울
기본값: @(!$(only))

-무게 부울
기본값: @(!$(only))

-설명 부울
기본값: @(!$(only))

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 infoaligne 사용


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