이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 insgt 명령입니다.
프로그램:
이름
insegt - 주석을 사용하여 SEcond Generation 시퀀싱 데이터 교차
개요
삽입 [옵션]
기술
INSEGT는 RNA-Seq 판독(단일 말단 또는 쌍말단)의 정렬을 분석하는 도구입니다.
유전자 주석을 사용하여.
INSEGT에 대한 입력은 정렬을 포함하는 SAM 파일과 정렬을 포함하는 파일입니다.
GFF 또는 GTF 형식의 참조 게놈 주석.
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시합니다.
--번역
버전 정보를 표시
옵션: :
-로, --읽기 출력 FILE
뒤에 매핑된 주석이 포함된 읽기 출력용 출력 파일 이름
부모 주석. 유효한 파일 형식은 gff입니다.
-아오, --anno-출력 FILE
GFF와 유사한 주석이 포함된 anno-output의 출력 파일 이름
입력 및 추가로 매핑된 읽기 수와 정규화된 표현식
RPKM 수준. 유효한 파일 형식은 gff입니다.
~에, --튜플 출력 FILE
읽기 또는 읽기로 연결된 엑손 튜플을 포함하는 tuple-output의 출력 파일 이름
짝짓기. 유효한 파일 형식은 gff입니다.
-NS, --융합 출력 STR
유전자 융합의 엑손 튜플을 포함하는 융합 출력의 출력 파일 이름
(고급 옵션, 현재 KNIME용 출력 포트가 없습니다). gff 중 하나입니다.
-n, --ntuple INT
ntuple 기본값: 2.
-o, --오프셋 간격 INT
검색을 위한 짧은 정렬 간격으로 오프셋합니다. 기본값: 5.
-t, --임계값 간격 INT
정렬에서 허용되는 간격(인트론 아님)에 대한 임계값입니다. 기본값: 5.
-c, --임계값 수 INT
분에 대한 임계값 출력을 위한 튜플의 수입니다. 기본값: 1.
-r, --임계값-rpkm 더블
분에 대한 임계값 출력용 튜플의 RPKM입니다. 기본값: 0.0.
-m, --최대-튜플
maxTuple(전체 읽기에 걸쳐 있음)만 생성합니다.
-e, --정확한 튜플
정확한 길이 n의 Tuple만 생성합니다. 기본적으로 주어진 길이까지의 모든 튜플
계산됩니다(만약 -m 설정됩니다. -e 무시됩니다).
-u, --알 수 없는 방향
읽기 방향을 알 수 없습니다.
사용 예
삽입
예/alignments.sam 예/annotations.gff
기본 매개변수를 사용하여 예제 파일에 대해 INSEGT를 실행합니다.
삽입 -m 예/alignments.sam 예/annotations.gff
예제 파일에서 INSEGT를 실행하고 maxTuple만 계산합니다.
삽입 -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
예제 파일에 대해 INSEGT를 실행하고 최소값이 있는 튜플만 출력합니다. 2의 수입니다.
버전
insegt 버전: 1.0 마지막 업데이트 2012-09-11
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 insgt를 사용하세요.
