jackhmmer - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

jackhmmer - 단백질 데이터베이스에 대해 반복적으로 시퀀스 검색

개요

잭머 [옵션]

기술

잭머 각 쿼리 시퀀스를 반복적으로 검색합니다. 목표에 대하여
시퀀스 . 첫 번째 반복은 다음과 동일합니다. 프머 검색. 를 위해
다음 반복, 모든 대상 시퀀스와 함께 쿼리의 다중 정렬
만족 포함 임계 값 이 선형으로 종단이 구성됩니다.
(사용하는 것과 동일 흠 빌드 선형) 및 종단 검색 수행
(동일 흠 검색 프로필).

쿼리 쿼리 시퀀스는 '-'(대시 문자)일 수 있습니다.
에서 읽다 파일 대신 파이프. NS 에서 읽을 수 없습니다.
스트림, 왜냐하면 잭머 데이터베이스를 여러 번 통과해야 합니다.

출력 형식은 사람이 읽을 수 있도록 설계되었지만 종종 너무 방대하여
그것을 읽는 것은 비현실적이며 그것을 파싱하는 것은 고통입니다. NS --tblout 과 --domtblout 옵션
간결하고 구문 분석하기 쉬운 간단한 표 형식으로 출력을 저장합니다. NS -o 선택권
/dev/null에서 버리는 것을 포함하여 기본 출력을 리디렉션할 수 있습니다.

옵션

-h 돕다; 명령줄 사용 및 사용 가능한 모든 옵션에 대한 간략한 알림을 인쇄합니다.

-N 최대 반복 횟수를 다음으로 설정합니다. . 기본값은 5입니다. N=1인 경우 결과는
A와 동일합니다 프머 검색 할 수 있습니다.

옵션 제어 출력

기본적으로 각 반복에 대한 출력은 stdout에 사람이 읽을 수 있는 형식으로 표시됩니다.
다소 파싱 가능한 형식. 이 옵션을 사용하면 해당 출력을 리디렉션하거나 저장할 수 있습니다.
각 반복에 대한 체크포인트 파일을 포함하여 파일에 대한 추가 종류의 출력.

-o 사람이 읽을 수 있는 출력을 파일로 지정 .

-A 최종 반복 후 모든 히트의 주석이 달린 다중 정렬을 저장합니다.
포함 임계값(원래 쿼리도 포함) 충족 in
스톡홀름 형식.

--tblout
최종 반복 후 상위 시퀀스 히트의 표 형식 요약을 다음 위치에 저장합니다. 에
쉽게 구문 분석할 수 있는 열 형식의 공백으로 구분된 형식입니다.

--domtblout
최종 반복 후 상위 도메인 조회의 표 형식 요약을 다음 위치에 저장합니다. 에
쉽게 구문 분석할 수 있는 열 형식의 공백으로 구분된 형식입니다.

--chkhmm
각 반복이 시작될 때 쿼리 HMM을 체크포인트하고 이름이 지정된 파일에 저장합니다.
- .흠 어디에 반복 번호(1..N부터)입니다.

--chkali
각 반복이 끝날 때 다음을 만족하는 모든 도메인의 정렬을 체크포인트합니다.
포함 임계값(예: 다음 반복에 대한 쿼리 HMM이 되는 항목),
라는 파일에 저장 <체크포인트 파일 접두사>- .스토 스톡홀름 형식으로,
어디에 반복 번호(1..N부터)입니다.

--acc 프로필에 사용할 수 있는 경우 기본 출력에서 ​​이름 대신 액세스를 사용합니다.
및/또는 시퀀스.

--노알리
기본 출력에서 ​​정렬 섹션을 생략합니다. 이것은 출력을 크게 줄일 수 있습니다
음량.

--notextw
기본 출력에서 ​​각 줄의 길이를 제한하지 않습니다. 기본값은 120으로 제한됩니다.
터미널에 출력을 깔끔하게 표시하는 데 도움이되는 행당 문자 및
편집기에서는 대상 프로필 설명 줄을 자를 수 있습니다.

--텍스트
주 출력의 라인 길이 제한을 다음으로 설정하십시오. 줄당 문자 수. 기본값은
120.

옵션 제어 SINGLE 순차 점수 (첫 번째 반복)

기본적으로 첫 번째 반복은 단일 쿼리에서 구성된 검색 모델을 사용합니다.
순서. 이 모델은 잔류물에 대한 표준 20x20 대체 매트릭스를 사용하여 구성됩니다.
확률, 위치 독립적 갭 개방 및 갭에 대한 두 개의 추가 매개변수
확률을 확장합니다. 이 옵션은 기본 단일 시퀀스 채점 매개변수를 허용합니다.
변경됩니다.

--팝니다
단일 시퀀스 쿼리 모델에 대한 갭 개방 확률을 다음으로 설정합니다. . 기본값
0.02입니다. >= 0 및 < 0.5여야 합니다.

--확장하다
단일 시퀀스 쿼리 모델에 대한 간격 확장 확률을 다음으로 설정합니다. . 그만큼
기본값은 0.4입니다. >= 0 및 < 1.0여야 합니다.

--mx
명명된 내장 대체 행렬에서 잔기 정렬 확률을 얻습니다.
. 여러 표준 행렬이 내장되어 있으며 다음에서 읽을 필요가 없습니다.
파일. 매트릭스 이름 PAM30, PAM70, PAM120, PAM240, BLOSUM45,
BLOSUM50, BLOSUM62, BLOSUM80 또는 BLOSUM90. 중 하나만 --mx 과 --mx파일
옵션을 사용할 수 있습니다.

--mx파일
파일의 치환 행렬에서 잔기 정렬 확률 얻기
. 기본 점수 매트릭스는 BLOSUM62입니다(이 매트릭스는 HMMER 내부에 있습니다.
파일로 사용할 수 있어야 하는 것은 아닙니다). 대체 행렬의 형식
BLAST, FASTA 및 기타 시퀀스에서 허용되는 표준 형식입니다.
분석 소프트웨어.

옵션 제어 보고 임계 값

보고 임계값은 출력 파일(주 출력,
--tblout및 --domtblout). 각 반복에서 시퀀스 적중 및 도메인 적중의 순위가 매겨집니다.
통계적 유의성(E-값)에 따라 출력이 두 섹션에서 생성됩니다.
대상 및 도메인별 출력. 대상별 출력에서 ​​기본적으로 모든 시퀀스는
E-값 <= 10이 보고됩니다. 도메인별 출력에서 ​​통과한 각 대상에 대해
목표 보고 임계값, 도메인별 보고 임계값을 충족하는 모든 도메인은
보고했다. 기본적으로 이들은 조건부 E-값이 <= 10인 도메인입니다. 다음은
옵션을 사용하면 기본 E-값 보고 임계값을 변경하거나 비트 스코어를 사용할 수 있습니다.
대신 임계값.

-E E-값 <=인 보고서 시퀀스 시퀀스별 출력에서. 기본값은 10.0입니다.

-T E-값 임계값 대신 시퀀스별 출력에 비트 점수 임계값 사용
(모든 설정 -E 무시됨). >= 비트 점수가 있는 보고서 시퀀스 . 로
기본적으로 이 옵션은 설정되어 있지 않습니다.

-Z 데이터베이스의 총 크기를 다음과 같이 선언하십시오. 시퀀스, E-값 목적
계산. 일반적으로 E-값은 데이터베이스 크기를 기준으로 계산됩니다.
실제로 검색한 결과(예: target_seqdb). 일부에서는
사례(예를 들어, 대상 시퀀스 데이터베이스를 여러 개로 분할한 경우
검색 병렬화를 위한 파일), 실제 크기가 얼마인지 더 잘 알 수 있습니다.
의 검색 공간입니다.

--둥근 천장
조건부 E-값이 <=인 보고서 도메인 또한 도메인별 출력에서
중요한 시퀀스 적중당 최고 득점 도메인으로. 기본값은 10.0입니다.

--domT
E-값 임계값 대신 도메인별 출력에 비트 점수 임계값 사용
(모든 설정 --domT 무시됨). >=의 비트 점수를 가진 보고 도메인 in
중요 시퀀스당 최고 득점 도메인 외에 도메인별 출력
때리다. 기본적으로 이 옵션은 설정되어 있지 않습니다.

--domZ
유효 시퀀스의 수를 선언하십시오. 시퀀스, 목적을 위해
추가 도메인 중요성에 대한 조건부 E-값 계산. 보통
조건부 E-값은 통과하는 시퀀스 수를 기준으로 계산됩니다.
시퀀스별 보고 임계값.

옵션 제어 포함 임계 값

포함 임계값은 다중 정렬 및 프로필에 포함되는 적중을 제어합니다.
다음 검색 반복을 위해 생성됩니다. 기본적으로 시퀀스에는 per-
<= 0.001의 시퀀스 E-값(참조 -E 옵션) 및 추가 도메인
최고 득점 외에 조건부 E-값이 <= 0.001이어야 합니다(참조 --둥근 천장
옵션). 보고 임계값과 포함 임계값의 차이점은
포함 임계값은 다음 반복(또는
다음과 같은 경우 최종 출력 다중 정렬 -A 옵션이 사용됨) 반면 보고 임계값
출력에 표시되는 내용을 제어합니다. 보고 임계값은 일반적으로 더 느슨하므로 다음을 수행할 수 있습니다.
관심이 있을 수 있는 노이즈 상단의 경계선 히트를 확인합니다.

--incE
E-값 <=인 시퀀스 포함 후속 반복 또는 최종 정렬에서
출력 -A. 기본값은 0.001입니다.

--incT
E-값 대신 시퀀스당 포함을 위해 비트 점수 임계값 사용
임계값(모든 설정 --incE 무시됨). 비트 점수가 다음과 같은 시퀀스를 포함합니다.
>= . 기본적으로 이 옵션은 설정되어 있지 않습니다.

--incdomE
조건부 E-값이 <=인 도메인 포함 후속 반복 또는 최종
정렬 출력 -A, 유의미한 당 최고 득점 도메인 외에도
시퀀스 히트. 기본값은 0.001입니다.

--incdomT
E-값 임계값 대신 도메인별 포함에 비트 점수 임계값 사용
(모든 설정 --incT 무시됨). >=의 비트 점수를 가진 도메인 포함 . 로
기본적으로 이 옵션은 설정되어 있지 않습니다.

옵션 제어 가속 휴리스틱

HMMER3 검색은 XNUMX단계 필터 파이프라인에서 가속화됩니다. MSV 필터,
비터비 필터와 순방향 필터. 첫 번째 필터는 가장 빠르고
근사치를 내다; 마지막은 전체 포워드 스코어링 알고리즘으로 가장 느리지만 가장 정확합니다.
MSV와 Viterbi 사이에는 바이어스 필터 단계도 있습니다. 모든 단계를 통과하는 대상
가속 파이프라인에서 후처리 -- 도메인 식별
및 앞으로/뒤로 알고리즘을 사용하여 채점합니다.

본질적으로 HMMER의 휴리스틱 필터를 제어하는 ​​유일한 자유 매개변수는 P-
통과하는 비상동 시퀀스의 예상 비율을 제어하는 ​​값 임계값
필터. 기본 임계값을 더 높게 설정하면
속도를 희생시키면서 감도를 증가시키는 비상동성 서열; 거꾸로,
더 낮은 P 값 임계값을 설정하면 더 적은 비율을 통과하여 감도가 감소합니다.
속도 증가. 필터의 P 값 임계값을 1.0으로 설정하면 통과한다는 의미입니다.
모든 시퀀스를 제거하고 필터를 효과적으로 비활성화합니다.

필터 임계값을 변경하면 대상만 제거되거나 포함됩니다. 바꾸다
필터 임계값은 비트 점수, E-값 또는 정렬을 변경하지 않습니다.
후처리에서만 결정됩니다.

--최대 최대 감도. 바이어스 필터를 포함한 모든 필터를 끄고 전체 실행
모든 대상에 대한 앞으로/뒤로 후처리. 이것은 감도를 증가시킵니다
약간, 속도 면에서 큰 비용이 듭니다.

--F1
첫 번째 필터 임계값; MSV 필터 단계에 대한 P-값 임계값을 설정합니다. NS
기본값은 0.02이며, 이는 최고 점수의 약 2%가 비동종임을 의미합니다.
대상은 필터를 통과할 것으로 예상됩니다.

--F2
두 번째 필터 임계값; Viterbi 필터 단계에 대한 P-값 임계값을 설정합니다.
기본값은 0.001입니다.

--F3
세 번째 필터 임계값; 순방향 필터 단계에 대한 P-값 임계값을 설정합니다. NS
기본값은 1e-5입니다.

--노비아스
바이어스 필터를 끕니다. 이것은 감도를 다소 증가시키지만
특히 쿼리에 편향된 잔여 구성(예:
반복적인 서열 영역, 또는 그것이 큰 영역의 막 단백질인 경우
소수성). 편향 필터가 없으면 너무 많은 시퀀스가 ​​필터를 통과할 수 있습니다.
편향된 쿼리를 사용하면 예상보다 성능이 저하됩니다.
계산 집약적인 정방향/역방향 알고리즘은 비정상적으로 무겁습니다.
로드합니다.

옵션 제어 윤곽 건설 (나중에 반복)

이러한 옵션은 다음과 같은 경우 여러 정렬에서 합의 열이 정의되는 방식을 제어합니다.
건물 프로필. 기본적으로, 잭머 항상 원래 쿼리 시퀀스를
모든 반복에서 정렬 결과 및 합의 위치는 해당 쿼리에 의해 정의됩니다.
시퀀스: 즉, 기본값 잭머 프로필은 항상 원본과 동일한 길이입니다.
모든 반복에서 쿼리합니다.

--빠른 분수 >=가 있는 것으로 합의 열을 정의합니다. 대칭 다음과 같은 잔류 물의
공백에 반대합니다. (아래 참조 --symfrac 옵션입니다.) 이것이 기본값이지만
다른 곳의 프로파일 구성 옵션( 흠 빌드, 특히),
의 바람직하지 않은 영향 잭머, 프로필이 반복적으로 들어갈 수 있기 때문에
합의 열을 거의 또는 전혀 남기지 않고 원래 쿼리에서 떨어진 시퀀스 공간
그 잔류물에 해당합니다.

--손 다중에 대한 참조 주석을 사용하여 다음 프로필의 합의 열 정의
조정. 잭머 이전 프로파일에서 참조 주석을 다음으로 전파합니다.
다중 정렬 및 다음 프로파일로 이동합니다. 이것이 기본값입니다.

--symfrac
컨센서스 열을 정의하는 데 필요한 잔류 분율 임계값을 정의합니다.
를 사용하여 --빠른 옵션. 기본값은 0.5입니다. 각 열의 기호 분수는
상대적 시퀀스 가중치를 고려하고 간격을 무시한 후 계산
시퀀스 조각의 끝에 해당하는 문자(내부
삽입/삭제). 이것을 0.0으로 설정하면 모든 정렬 열이
경우에 따라 유용할 수 있는 합의로 지정됩니다. 1.0으로 설정
0 간격(내부 삽입/삭제)을 포함하는 열만
합의로 지정됩니다.

--fragthresh
정렬된 시퀀스가 ​​알려진 경우에만 터미널 간격을 삭제로 계산하려고 합니다.
단편이 아닌 전체 길이여야 합니다(예: 단편의 일부만
시퀀싱했다). HMMER는 단편을 추론하기 위해 간단한 규칙을 사용합니다.
L은 분수보다 작거나 같음 열의 정렬 길이 곱하기,
그런 다음 시퀀스는 조각으로 처리됩니다. 기본값은 0.5입니다. 환경
--fragthresh0 (비어 있지 않은) 시퀀스를 조각으로 정의하지 않습니다. 당신은 원할 수도 있습니다
전체 길이의 신중하게 선별된 정렬이 있다는 것을 알고 있는 경우 이 작업을 수행하십시오.
시퀀스. 환경 --fragthresh1 모든 시퀀스를 단편으로 정의합니다. 아마도 당신은
정렬이 완전히 조각으로 구성되어 있다는 것을 알고 있는 경우 이 작업을 수행하고 싶습니다.
메타게놈 산탄총 데이터에서 번역된 짧은 읽기로.

옵션 제어 상대적인 무게

프로파일이 다중 정렬에서 빌드될 때마다 HMMER는 임시 시퀀스를 사용합니다.
밀접하게 관련된 시퀀스의 가중치를 낮추고 멀리 관련된 시퀀스의 가중치를 높이는 가중치 알고리즘
그들. 이것은 불균일한 계통 발생에 의해 모델이 덜 편향되게 만드는 효과가 있습니다.
대표. 예를 들어 두 개의 동일한 시퀀스는 일반적으로 각각 절반을 수신합니다.
하나의 시퀀스가 ​​가하는 가중치(이것이 바로 잭머 항상 신경쓰지 않는다
찾은 경우에도 각 반복의 정렬에 원래 쿼리 시퀀스를 포함합니다.
검색 중인 데이터베이스에서 다시). 이 옵션은 사용되는 알고리즘을 제어합니다.

--wpb Henikoff 위치 기반 시퀀스 가중치 체계 사용[Henikoff 및 Henikoff,
J. 몰. 바이올. 243:574, 1994]. 이것이 기본값입니다.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia 가중치 알고리즘을 사용합니다[Gerstein et al, J. Mol.
바이올. 235:1067, 1994].

--wblosum
BLOSUM 계산 시 데이터에 가중치를 부여하는 데 사용된 것과 동일한 클러스터링 체계를 사용합니다.
치환 행렬 [Henikoff and Henikoff, Proc. 내셔널 아카드. Sci 89:10915, 1992].
시퀀스는 ID 임계값(기본값 0.62, 참조
--와이드) 및 c 시퀀스의 각 클러스터 내에서 각 시퀀스는 상대적 가중치를 얻습니다.
1/c.

--없음
상대 가중치가 없습니다. 모든 시퀀스에는 균일한 가중치가 할당됩니다.

--와이드
다음을 사용할 때 단일 연결 클러스터링에서 사용하는 ID 임계값을 설정합니다. --wblosum.
다른 가중치 체계에서는 유효하지 않습니다. 기본값은 0.62입니다.

옵션 제어 유효한 순차 NUMBER

상대 가중치가 결정된 후 총 유효 가중치로 합산되도록 정규화됩니다.
시퀀스 번호, eff_nseq. 이 숫자는 실제 시퀀스 수일 수 있습니다.
정렬하지만 거의 항상 그보다 작습니다. 기본 엔트로피 가중치
방법 (--엔트) 정보 내용을 줄이기 위해 유효 시퀀스 번호를 줄입니다.
(상대 엔트로피, 또는 실제 상동체에 대한 평균 예상 점수) 합의 위치당. NS
목표 상대 엔트로피는 두 매개변수 함수에 의해 제어됩니다.
매개변수는 다음으로 설정할 수 있습니다. --오히려 과 --에시그마.

--엔트 특정 상대 엔트로피를 달성하기 위해 유효 시퀀스 번호를 조정합니다.
위치(참조 --오히려). 이것이 기본값입니다.

--ecluster
유효 시퀀스 번호를 단일 연결 클러스터의 수로 설정합니다.
특정 ID 임계값(참조 --이드). 이 옵션은 권장되지 않습니다. 그것은
얼마나 더 나은지 평가하는 실험 --엔트 이다.

--에논
유효한 시퀀스 번호 결정을 끄고 실제 번호를 사용하십시오.
시퀀스. 이렇게 하려는 한 가지 이유는 상대
짧은 모델에 유용할 수 있는 모델의 엔트로피/위치.

--에셋
모든 모델의 유효 시퀀스 번호를 다음으로 명시적으로 설정합니다. .

--오히려
최소 상대 엔트로피/위치 목표를 다음으로 설정합니다. . 필요 --엔트. 기본
시퀀스 알파벳에 따라 다릅니다. 단백질 서열의 경우 0.59비트/위치입니다.

--에시그마
전체 모델 정렬에 의해 기여되는 최소 상대 엔트로피를 설정합니다.
그것의 전체 길이. 이것은 짧은 모델이 더 높은 상대 값을 갖도록 하는 효과가 있습니다.
위치당 엔트로피 --오히려 혼자 줄 것입니다. 기본값은 45.0비트입니다.

--이드
단일 링키지 클러스터링에서 사용하는 부분 쌍별 ID 컷오프를 다음과 같이 설정합니다.
전에, --ecluster 옵션. 기본값은 0.62입니다.

옵션 제어 이전

프로필 구성에서 기본적으로 가중치 카운트는 사후 평균으로 변환됩니다.
Dirichlet 사전 혼합을 사용한 확률 매개변수 추정. 기본 믹스 디리클레
단백질 모델 및 핵산(RNA 및 DNA) 모델에 대한 사전 매개변수 구축
in. 다음 옵션을 사용하면 기본 사전을 무시할 수 있습니다.

--pnone 사전을 사용하지 마십시오. 확률 매개변수는 단순히 관찰됩니다.
상대적 시퀀스 가중 후 주파수.

--플레이스 기본 혼합물 Dirichlet 사전 대신 Laplace +1 사전을 사용하십시오.

옵션 제어 전자 가치 구경 측정

MSV 필터의 예상 점수 분포에 대한 위치 매개변수 추정
점수, Viterbi 필터 점수 및 Forward 점수에는 XNUMX개의 짧은 임의 시퀀스가 ​​필요합니다.
시뮬레이션.

--EML
위치 매개변수 mu를 추정하는 시뮬레이션에서 시퀀스 길이를 설정합니다.
MSV 필터 E-값. 기본값은 200입니다.

--엠엔
위치 매개변수 mu를 추정하는 시뮬레이션의 시퀀스 수를 설정합니다.
MSV 필터 E-값의 경우. 기본값은 200입니다.

--레벨
위치 매개변수 mu를 추정하는 시뮬레이션에서 시퀀스 길이를 설정합니다.
비터비 필터 E-값. 기본값은 200입니다.

--EvN
위치 매개변수 mu를 추정하는 시뮬레이션의 시퀀스 수를 설정합니다.
Viterbi 필터 E-값의 경우. 기본값은 200입니다.

--EfL
위치 매개변수 tau를 추정하는 시뮬레이션에서 시퀀스 길이를 설정합니다.
정방향 E-값의 경우. 기본값은 100입니다.

--EfN
위치 매개변수를 추정하는 시뮬레이션의 시퀀스 수를 설정합니다.
순방향 E-값의 경우 tau. 기본값은 200입니다.

--Eft
위치를 추정하는 시뮬레이션에 맞게 꼬리 질량 분율을 설정합니다.
순방향 e값에 대한 매개변수 tau. 기본값은 0.04입니다.

기타 옵션

--nonnull2
편향된 구성에 대한 null2 점수 수정을 끕니다.

-Z 검색의 총 대상 수가 다음과 같다고 주장합니다. , 목적을 위해
실제 타겟 수가 아닌 시퀀스별 E-값 계산
본.

--domZ
검색의 총 대상 수가 다음과 같다고 주장합니다. , 목적을 위해
대상 수가 아닌 도메인별 조건부 E-값 계산
보고 기준을 통과했습니다.

--씨앗
난수 생성기 시드 , 정수 >= 0. 만약 0보다 크거나
확률적 시뮬레이션을 재현할 수 있습니다. 같은 명령은 같은 것을 줄 것입니다
결과. 만약에 0이면 난수 생성기가 임의로 시드되고
확률적 시뮬레이션은 동일한 명령을 실행할 때마다 다릅니다. 기본값
씨앗은 42입니다.

--qformat
입력이라고 선언 query_seq 파일 형식에 있습니다 . 허용되는 시퀀스 파일
형식에는 FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm 및 SELEX가 포함됩니다. 기본
파일 형식을 자동 감지하는 것입니다.

--t포맷
입력이라고 선언 target_seqdb 형식에 있습니다 . 허용되는 시퀀스 파일
형식에는 FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm 및 SELEX가 포함됩니다. 기본
파일 형식을 자동 감지하는 것입니다.

--cpu
병렬 작업자 스레드 수를 다음으로 설정하십시오. . 기본적으로 HMMER는 이것을 다음으로 설정합니다.
컴퓨터에서 감지하는 CPU 코어 수 - 즉, 최대화하려고 시도합니다.
사용 가능한 프로세서 코어의 사용. 환경 의 수보다 높은
사용 가능한 코어는 가치가 거의 없지만 무언가로 설정하고 싶을 수 있습니다.
더 적은. 환경 변수를 설정하여 이 숫자를 제어할 수도 있습니다.
HMMER_NCPU.

이 옵션은 HMMER가 POSIX 스레드 지원으로 컴파일된 경우에만 사용할 수 있습니다.
이것이 기본값이지만 사이트의 컴파일 타임에 꺼져 있을 수 있습니다.
또는 어떤 이유로 기계.

--마구간
MPI 마스터/작업자 버전 디버깅: 시작 후 일시 중지, 활성화하려면
개발자가 실행 중인 마스터 및 작업자 프로세스에 디버거를 연결합니다. 보내다
일시 중지를 해제하는 SIGCONT 신호. (gdb에서: (GDB) 신호 시그콘트) (오직
컴파일 타임에 선택적 MPI 지원이 활성화된 경우 사용할 수 있습니다.)

--mpi 다음을 사용하여 MPI 마스터/작업자 모드에서 실행 음피룬. (옵션 MPI인 경우에만 사용 가능
지원은 컴파일 타임에 활성화되었습니다.)

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