이는 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공자에서 실행할 수 있는 명령 kalign입니다.
프로그램:
이름
kalign - 생물학적 서열의 다중 정렬을 수행합니다.
개요
칼리그 [인파일.패스타] [outfile.fasta] [옵션]
칼리그 [-NS 인파일.패스타] [-오 outfile.fasta] [옵션]
칼리그 [< 인파일.패스타] [> outfile.fasta] [옵션]
기술
칼리그인 생물학적 서열의 다중 정렬을 수행하는 명령줄 도구입니다.
정확도와 속도를 모두 향상시키기 위해 Muth?Manber 문자열 매칭 알고리즘을 사용합니다.
정렬의. 글로벌하고 점진적인 정렬 접근 방식을 사용하며,
시퀀스 거리를 계산하고 통합하기 위한 근사 문자열 매칭 알고리즘
그렇지 않으면 글로벌 정렬에 로컬 일치가 포함됩니다.
옵션
-s -gpo - 가오픈 -갭_오픈 x
갭 오픈 페널티.
-e -gpe -갭_익스트 -갭 확장 x
간격 확장 페널티.
-t -tgpe -터미널_갭_확장_페널티 x
터미널 갭 페널티.
-m -보너스 -매트릭스_보너스 x
대체 행렬에 추가되는 상수입니다.
-c -종류 <input, 나무, 틈.>
출력 정렬에 시퀀스가 나타나는 순서입니다.
-g -특색
기능 모드를 선택하고 사용할 기능을 지정합니다: 예: all, maxplp,
구조체, PFAM-A?
-동일한 기능 점수
동일한 기능을 정렬하면 점수가 매겨집니다.
-차이점수_특징_점수
서로 다른 기능을 정렬하면 페널티가 발생합니다.
-d -거리 <wu, 쌍>
거리 방법
-b -나무 -가이드트리 <nj, 업그레이드
가이드 트리 방법.
-z -z컷오프
wu-manber 기반 거리 계산에 사용되는 매개변수입니다.
-i ~에서 -입력
입력 파일의 이름입니다.
-o -아웃 -산출
출력 파일의 이름.
-a -갭_인크
기존 갭의 수에 따라 갭 페널티가 증가합니다.
-f -체재 <fasta, MSF, 알른, 클루, 맥심>
출력 형식.
-q -조용한
STDERR에 아무것도 출력하지 않고, STDIN에서 아무것도 읽지 않습니다.
참조
· Timo Lassmann 및 Erik LL Sonnhammer(2005) Kalign - 정확하고 빠른 다중
시퀀스 정렬 알고리즘. BMC Bioinformatics 6:298
· Timo Lassmann, Oliver Frings 및 Erik LL Sonnhammer(2009) Kalign2:
단백질 및 뉴클레오티드 서열의 고성능 다중 정렬을 가능하게 합니다.
외부 특징. 핵산 연구 3:858?865.
작가
백리향 라스만 <[이메일 보호]>
Kalign의 상류 저자.
찰스 플레시 <[이메일 보호]>
매뉴얼 페이지를 작성했습니다.
저작권
저작권 © 2004, 2005, 2006, 2007, 2008 Timo Lassmann
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이 매뉴얼 페이지는 Charles Plessy가 작성했습니다.[이메일 보호]> Debian(TM)의 경우
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발견 된 /usr/share/common-licenses/GPL-2.
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