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프로그램:

이름

mafft - 아미노산 또는 뉴클레오티드 서열에 대한 다중 정렬 프로그램

개요

마프트 [옵션] 입력 [> 출력]

린시 입력 [> 출력]

진시 입력 [> 출력]

아인시 입력 [> 출력]

fftnsi 입력 [> 출력]

fftns 입력 [> 출력]

Nwns 입력 [> 출력]

뉴시 입력 [> 출력]

maff-profile group1 group2 [> 출력]

입력, group1 과 group2 FASTA 형식이어야 합니다.

기술

매프트 유닉스 계열 운영 체제를 위한 다중 시퀀스 정렬 프로그램입니다. 그것은 제공
다양한 정렬 방법.

정확도 지향 방법 :
· L-INS-i(아마도 가장 정확함, 200개 미만 시퀀스에 권장됨, 반복 개선)
로컬 쌍별 정렬 정보를 통합하는 방법):

마프트 --로컬페어 --최대화 1000 입력 [> 출력]

린시 입력 [> 출력]

· G-INS-i(유사한 길이의 시퀀스에 적합, <200 시퀀스에 권장,
전역 쌍별 정렬 정보를 통합하는 반복 정제 방법):

마프트 --글로벌페어 --최대화 1000 입력 [> 출력]

진시 입력 [> 출력]

· E-INS-i(큰 비정렬 영역을 포함하는 시퀀스에 적합,
<200 시퀀스):

마프트 --ep 0 --제나페어 --최대화 1000 입력 [> 출력]

아인시 입력 [> 출력]

E-INS-i의 경우, --ep 0 큰 간격을 허용하려면 옵션을 사용하는 것이 좋습니다.

속도 지향 방법 :
· FFT-NS-i(반복 정제 방법, XNUMX주기만 해당):

마프트 --리트리 2 --최대화 2 입력 [> 출력]

fftnsi 입력 [> 출력]

· FFT-NS-i(반복 정제 방법, 최대 1000 반복):

마프트 --리트리 2 --최대화 1000 입력 [> 출력]

· FFT-NS-2(빠른, 점진적 방식):

마프트 --리트리 2 --최대화 0 입력 [> 출력]

fftns 입력 [> 출력]

· FFT-NS-1(매우 빠름, >2000개 시퀀스에 권장, 거친
가이드 트리):

마프트 --리트리 1 --최대화 0 입력 [> 출력]

· NW-NS-i(FFT 근사가 없는 반복 정제 방법, XNUMX주기만 해당):

마프트 --리트리 2 --최대화 2 --노프트 입력 [> 출력]

뉴시 입력 [> 출력]

· NW-NS-2(빠른, FFT 근사가 없는 점진적 방법):

마프트 --리트리 2 --최대화 0 --노프트 입력 [> 출력]

Nwns 입력 [> 출력]

· NW-NS-PartTree-1(~10,000~~50,000 시퀀스에 권장, 점진적 방법
PartTree 알고리즘 사용):

마프트 --리트리 1 --최대화 0 --노프트 --파트트리 입력 [> 출력]

그룹 간 정렬

maff-profile group1 group2 [> 출력]

또는 :

마프트 --최대화 1000 --씨앗 group1 --씨앗 group2 /dev/null [> 출력]

옵션

암호알고리즘
--자동
L-INS-i, FFT-NS-i, FFT-NS-2 중 적절한 전략을 자동으로 선택하고,
데이터 크기에 따라. 기본값: 꺼짐(항상 FFT-NS-2)

--6머페어
거리는 공유된 6mer의 수를 기준으로 계산됩니다. 기본값: 켜기

--글로벌페어
모든 쌍별 정렬은 Needleman-Wunsch 알고리즘으로 계산됩니다. 더
정확하지만 --6merpair보다 느립니다. 전역적으로 정렬 가능한 세트에 적합
시퀀스. 최대 200개 시퀀스에 적용 가능합니다. --maxiterate 1000과의 조합
권장합니다(G-INS-i). 기본값: 끄기(6mer 거리가 사용됨)

--로컬페어
모든 쌍별 정렬은 Smith-Waterman 알고리즘으로 계산됩니다. 더 정확한
그러나 --6merpair보다 느립니다. 국소적으로 정렬 가능한 시퀀스 세트에 적합합니다.
최대 200개 시퀀스에 적용 가능합니다. --maxiterate 1000과의 조합은 다음과 같습니다.
권장(L-INS-i). 기본값: 끄기(6mer 거리가 사용됨)

--제나페어
모든 쌍별 정렬은 일반화된 로컬 알고리즘으로 계산됩니다.
아핀 갭 비용(Altschul 1998). 더 정확하지만 --6merpair보다 느립니다. 적합한
큰 내부 간격이 예상되는 경우. 최대 200개 시퀀스에 적용 가능합니다. NS
--maxiterate 1000과 함께 사용하는 것이 좋습니다(E-INS-i). 기본값: 꺼짐(6mer
거리가 사용됨)

--빠른 쌍
모든 쌍별 정렬은 FASTA로 계산됩니다(Pearson and Lipman 1988). 파스타는
필수의. 기본값: 끄기(6mer 거리가 사용됨)

--가중치 번호
쌍별 정렬에서 계산된 일관성 항에 대한 가중 계수입니다. 유효한
--globalpair, --localpair, --genafair, --fastapair 또는 --blastpair 중 하나가 다음과 같을 때
선택된. 기본값: 2.7

--리트리 번호
가이드 트리가 구축되었습니다. 번호 진행 단계의 시간. 6mer 거리에서 유효합니다.
기본값 : 2

--최대화 번호
번호 반복 정제 주기가 수행됩니다. 기본값: 0

--fft
그룹 간 정렬에서 FFT 근사를 사용합니다. 기본값: 켜기

--노프트
그룹 간 정렬에서 FFT 근사를 사용하지 마십시오. 기본값 : 꺼짐

--노스코어
Iterative Refinement 단계에서는 Alignment Score를 확인하지 않는다. 기본값: 끄기(점수
체크)

--멤세이브
Myers-Miller(1988) 알고리즘을 사용합니다. 기본값: 자동으로 켜짐
정렬 길이가 10,000(aa/nt)을 초과합니다.

--파트트리
2007mer 거리로 빠른 트리 구축 방법(PartTree, Katoh and Toh 6)을 사용합니다.
많은 수(> ~10,000)의 시퀀스가 ​​입력되는 경우 권장됩니다. 기본값 : 꺼짐

--dpparttree
PartTree 알고리즘은 DP를 기반으로 한 거리와 함께 사용됩니다. 조금 더 정확하고
--parttree보다 느립니다. 많은 수(> ~10,000) 시퀀스에 권장됩니다.
입력. 기본값 : 꺼짐

--fastaparttree
PartTree 알고리즘은 FASTA를 기반으로 한 거리와 함께 사용됩니다. 약간 더 정확함
--parttree보다 느립니다. 많은 수(> ~10,000) 시퀀스에 권장
입력됩니다. FASTA가 필요합니다. 기본값 : 꺼짐

--partsize 번호
PartTree 알고리즘의 파티션 수입니다. 기본값: 50

--그룹 크기 번호
다음보다 크게 정렬하지 마십시오. 번호 시퀀스. --*parttree에서만 유효
옵션. 기본값: 입력 시퀀스 수

매개 변수
--op 번호
그룹 간 정렬 시 갭 개방 패널티. 기본값: 1.53

--ep 번호
그룹 간 정렬을 위한 간격 확장 패널티처럼 작동하는 오프셋 값.
기본값 : 0.123

--베다 번호
로컬 페어와이즈 정렬에서 갭 개방 패널티. --localpair 또는
--genafair 옵션이 선택되었습니다. 기본값: -2.00

--렙 번호
로컬 쌍 정렬에서 오프셋 값입니다. --localpair 또는 --genafpair일 때 유효
옵션이 선택됩니다. 기본값: 0.1

--lexp 번호
로컬 쌍별 정렬에서 갭 확장 패널티. --localpair 또는
--genafair 옵션이 선택되었습니다. 기본값: -0.1

--베다 번호
정렬을 건너뛰기 위한 간격 개방 패널티. --genafair 옵션이 다음과 같을 때 유효합니다.
선택된. 기본값: -6.00

--LEXP 번호
정렬을 건너뛰기 위한 간격 확장 패널티. --genafair 옵션이 다음과 같을 때 유효합니다.
선택된. 기본값: 0.00

--bl 번호
블로섬 번호 행렬(Henikoff 및 Henikoff 1992)이 사용됩니다. 번호=30, 45, 62 또는 80.
기본값 : 62

--jtt 번호
제이티티팜 번호 (Jones et al. 1992) 행렬이 사용됩니다. 번호>0. 기본값: BLOSUM62

--tm 번호
막횡단 PAM 번호 (Jones et al. 1994) 행렬이 사용됩니다. 번호>0. 기본:
블라썸62

--aamatrix 매트릭스 파일
사용자 정의 AA 점수 매트릭스를 사용합니다. 형식 매트릭스 파일 와 동일하다.
폭발. 염기서열이 입력되면 무시됩니다. 기본값: BLOSUM62

--fmodel
스코어링 매트릭스에 AA/nuc 구성 정보를 통합합니다. 기본값 : 꺼짐

산출
--클러스터아웃
출력 형식: 클러스터 형식. 기본값: 꺼짐(fasta 형식)

--입력 순서
출력 순서: 입력과 동일합니다. 기본값: 켜기

--재 주문
출력 순서: 정렬됨. 기본값: 꺼짐(입력 순서)

--트리아웃
가이드 트리가 출력됩니다. 입력.트리 파일. 기본값 : 꺼짐

--조용한
진행 상황을 보고하지 마십시오. 기본값 : 꺼짐

입력
--누크
서열이 뉴클레오티드라고 가정합니다. 기본값: 자동

--아미노
서열이 아미노산이라고 가정합니다. 기본값: 자동

--씨앗 정렬1 [--씨앗 정렬2 --씨앗 정렬3 ...]
에 주어진 종자 정렬 정렬_n (fasta 형식)은 다음 순서로 정렬됩니다.
입력. 모든 시드 내의 정렬이 유지됩니다.

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