이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 loadPulses 명령입니다.
프로그램:
이름
loadPulses - 로드 시퀀싱 펄스 정보
개요
부하 펄스 bas파일 이름 cmp파일 이름 [옵션]
기술
부하 펄스 펄스 간 거리 또는 품질과 같은 시퀀싱 펄스 정보를 로드합니다.
cmp.h5 파일에 정보를 입력합니다. 이를 통해 동역학 및 품질을 분석할 수 있습니다.
정렬 열별 정보.
옵션
bas파일 이름
입력 {bas,pls}.h5 또는 input.fofn.
cmp파일 이름
펄스 정보를 로드할 cmp.h5 파일.
-측정항목 가치
공백 없이 쉼표로 구분된 메트릭 목록입니다.
유효한 옵션은 다음과 같습니다.
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex
기본 옵션은 다음과 같습니다.
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD
-failOnMissingData
bas.h5 또는 pls.h5 입력에서 누락된 데이터 필드가 있으면 종료합니다.
메트릭을 로드하는 데 필요합니다. 기본값은 경고입니다.
-byread
메트릭을 버퍼링하지 않고 읽기로 펄스 정보를 로드합니다.
-bymetric
읽기가 아닌 미터법으로 펄스 정보를 로드합니다. 이것은 보다 많은 메모리를 사용합니다.
-byread, 그러나 더 빠를 수 있습니다.
-maxElements 가치
버퍼링할 pls/bas 파일의 크기 제한 설정 -bymetric (기본값:
최대 정수). 사용 -byread 한도를 초과한 경우.
-최대 메모리 가치
다음을 사용하여 데이터를 버퍼링할 메모리에 제한(GB)을 설정합니다. -bymetric (기본값: 4
영국). 사용 -byread 한도를 초과한 경우.
-metaNE 요소 가치
bas/bax/pls.h5 파일을 읽기 위한 메타 데이터 캐시의 요소 수를 설정합니다.
-rawNEElements가치
bas/bax/pls.h5 파일을 읽기 위해 원시 데이터 캐시의 요소 수를 설정합니다.
-rawChunkSize 가치
bas/bax/pls.h5 파일을 읽기 위한 원시 데이터 캐시의 청크 크기를 설정합니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 loadPulses 사용
