이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 make_das_confp 명령입니다.
프로그램:
이름
make_das_conf.pl - DAS 소스에서 GBrowse 구성 파일 생성
개요
% make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
기술
이 스크립트는 원격 DAS 검색에 적합한 대략적인 구성 파일 초안을 생성합니다.
서버.
이 스크립트를 사용하려면 DAS 서버의 URL을 제공하십시오. DAS 기본 URL을 가리키면
(데이터 소스 이름 제외), "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das", 그럴 거야.
유효한 데이터 소스 목록을 표준 출력으로 인쇄합니다. 완전한 DAS URL을 제공하면
"에서와 같이http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16", gbrowse 구성을 인쇄합니다.
파일을 표준 출력으로 보냅니다.
구성 파일을 생성한 후 조정하고 싶을 수도 있습니다. ~ 안에
특히, 각 트랙과 관련된 글리프 유형을 사용자 정의하고 싶을 것입니다.
지침에 제공된 예제 목록을 조정합니다(기본적으로 이 스크립트는
진입점의 전체 목록(다소 길 수 있음).
또한 이 스크립트는 수집자 집합을 생성할 수도 있고 그렇지 않을 수도 있다는 점에 유의하세요.
옳은. 정규 구조를 사용하는 DAS 서버의 경우를 생각해 보십시오.
접합된 mRNA:
주요 방법: mRNA
하위 부분: 5'-UTR, CDS, 3'-UTR
이 변환 스크립트는 다음과 같은 수집기 세트를 생성합니다.
mRNA{mRNA}
5'-UTR{5'-UTR}
CDS{CDS}
3'-UTR{3'-UTR}
또한 mRNA와 각 부분에 대해 하나씩 총 XNUMX개의 트랙을 생성합니다.
물론 이것은 잘못된 것입니다. 이러한 항목을 하나의 항목으로 통합하고 싶을 것입니다.
수집자:
mRNA{5'-UTR,3'-UTR,CDS/mRNA}
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 make_das_confp 사용
