mauveAligner - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

mauveAligner - 다중 게놈 정렬을 효율적으로 구성

개요

자주색 정렬기 [옵션] ...
파일명>

기술

mauveAligner 및 ProgressiveMauve 정렬 알고리즘은 다음과 같이 구현되었습니다.
다운로드 가능한 Mauve 소프트웨어에 포함된 명령줄 프로그램. 에서 실행할 때
명령줄에서 이러한 프로그램은 그래픽 인터페이스에서 아직 사용할 수 없는 옵션을 제공합니다.

옵션

--출력=출력 파일 이름.
기본적으로 화면에 인쇄

--엄마들 MUM만 찾고 지역적으로 공선 블록(LCB)을 결정하려고 시도하지 마십시오.

--재귀 없음 재귀적 앵커 식별을 수행하지 마십시오.
--갭이 없는 정렬)

--no-lcb-확장자 LCB를 결정하는 경우 LCB를 확장하려고 시도하지 마십시오.

--시드 크기=초기 시드 일치 크기, 기본값은 log_2(average seq. length)입니다.

--최대 확장 반복=LCB 확장을 이 시도 횟수로 제한합니다.
기본값은 4입니다

--제거-포함 하위 집합 일치에서 연결된 포함을 제거합니다.

--무게=시퀀스당 염기쌍의 최소 LCB 가중치

--일치 입력=일치 항목을 검색하는 대신 지정된 일치 파일 사용

--lcb-일치 입력 일치 입력 파일에 다음과 같은 일치 항목이 포함되어 있음을 나타냅니다.
LCB로 클러스터링

--lcb-입력=LCB를 구성하는 대신 지정된 lcb 파일을 사용합니다(LCB 건너뛰기
세대)

--스크래치 경로=큰 게놈의 경우 임시 데이터 저장용 디렉터리를 사용합니다.
다른 경로로 에 두 번 이상 주어져야 합니다.

--id-매트릭스=LCB 통계를 생성하고 지정된 파일에 기록

--섬 크기=주어진 수보다 큰 섬 찾기

--섬 출력=출력은 지정된 파일을 분리합니다( --섬 크기)

--백본 크기=주어진 bp 수보다 긴 백본 스트레치 찾기

--최대 백본 간격=에서 이 길이까지의 간격으로 백본을 중단할 수 있습니다.
bp

--백본 출력=출력은 지정된 파일을 분리합니다( --섬 크기)

--범위 출력=지정된 파일에 적용 범위 목록을 출력합니다(- stdout의 경우).

--반복 반복 맵을 생성합니다. 하나의 시퀀스만 지정할 수 있습니다.

--출력 가이드 트리=지정된 파일에 가이드 트리 작성

--공선 입력 시퀀스가 ​​동일선상에 있다고 가정합니다. 재배열이 없습니다.

갭 조정 통제 수단:
--갭이 없는 정렬 간격 정렬을 수행하지 마십시오.

--최대 간격 정렬기 길이=정렬을 시도할 최대 염기쌍 수
갭 정렬 장치

--최소 재귀 간격 길이=Mauve가 재귀적으로 수행할 간격의 최소 크기
MUM 고정 켜기(기본값: 200)

서명 순열 매트릭스 옵션 :
--순열-행렬-출력=LCB를 부호 있는 순열 행렬로 작성하여
주어진 파일

--순열-행렬-최소-가중치=모든 순열 행렬이 작성됩니다.
이 값과 다음 값 사이에 가중치가 있는 LCB 세트 --무게

조정 출력 옵션 :
--정렬-출력-디렉토리=정렬 파일 세트(LCB당 하나)를
주어진 디렉토리

--정렬 출력 형식=에 대한 출력 형식을 선택합니다. --정렬-출력-디렉토리

--출력 정렬=지정된 파일에 XMFA 형식 정렬 쓰기

지원되는 정렬 출력 형식은 phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon입니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 mauveAligner 사용