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온웍스 파비콘

mfa2xmfa - 클라우드의 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 mfa2xmfa 실행

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 mfa2xmfa 명령입니다.

프로그램:

이름


addUnalignedIntervals - mauveAligner 패키지의 일부
AlignmentProjector - mauveAligner 패키지의 일부
backbone_global_to_local - mauveAligner 패키지의 일부
bbAnalyze - mauveAligner 패키지의 일부
createBackboneMFA - mauveAligner 패키지의 일부
getAlignmentWindows - mauveAligner 패키지의 일부
getOrthologList - mauveAligner 패키지의 일부
makeBadgerMatrix - mauveAligner 패키지의 일부
mauveToXMFA - mauveAligner 패키지의 일부
mfa2xmfa - mauveAligner 패키지의 일부
projectAndStrip - mauveAligner 패키지의 일부
randomGeneSample - mauveAligner 패키지의 일부
scoreAlignment - mauveAligner 패키지의 일부
stripGapColumns - mauveAligner 패키지의 일부
stripSubsetLCBs - mauveAligner 패키지의 일부
toGrimmFormat - mauveAligner 패키지의 일부
toMultiFastA - mauveAligner 패키지의 일부
toRawSequence - mauveAligner 패키지의 일부
uniqueMerCount - mauveAligner 패키지의 일부
uniquifyTrees - mauveAligner 패키지의 일부
xmfa2maf - mauveAligner 패키지의 일부

기술


이러한 도구는 mauveAligner 패키지에 속합니다. 명시적으로 문서화되어 있지는 않지만
여기에서 반복되는 시놉시스 라인을 인쇄하고 있습니다.

addUnalignedIntervals 간격 파일> <output 간격 파일>

얼라인먼트 프로젝터 xmfa> <output xmfa> <mfa 서열 입력> <mfa 서열 출력> <list of
시퀀스 포함하다, 시작 at 0>

backbone_global_to_local <xmfa 파일> <backbone 파일> <output 파일>

bb분석 <xmfa 파일> <guide 나무> <backbone seqpos 파일> <backbone 대장균의 뜻 파일> <annotated
서열 색인> <output 파일>

주석이 달린 seq 인덱스는 0에서 시작합니다.

createBackboneMFA 간격 파일> <output MFA 이름>

getAlignmentWindows <XMFA 정렬> <window 길이> <window 변화 금액> <base 출력
파일명>

getOrthologList getOrthologList xmfa> <backbone 서열 파일> <reference 게놈> <CDS
오르토로그 파일명> <CDS 조정 기지 이름>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix xmfa> <output 오소리 파일> <LCB 좌표의 파일>

자주색 ToXMFA 자주색 ToXMFA <Mauve 조정 입력> <XMFA 출력>

mfa2xmfa <MFA 조정 입력> <XMFA 조정 출력> [정렬되지 않음 패스트에이 산출]

프로젝트앤스트립 xmfa> <output xmfa> ...

숫자 시퀀스 식별자는 0에서 시작합니다.

무작위 유전자 샘플 xmfa> <backbone 서열 파일> <sample 게놈> <number of 유전자>
<output 기지 이름> [무작위의 씨앗]

점수정렬 <correct 정렬> <calculated 정렬> [진화 순서 파일] [슬라건]

stripGapColumns XMFA> <output XMFA>

stripSubsetLCB xmfa> bbcols> <output xmfa> [분 AML 크기] [분 게놈]
[무작위로 서브샘플 X kb]

toGrimmFormat <Mauve 정렬> <genome 1 chr 길이>... N chr 길이>

toMultiFastA 간격 파일> <output 기지 이름>

toRawSequence 순서> <output 파일>

유니크 머카운트 <Sorted 결혼시키다 목록>

uniquify 나무 <nexus 입력 파일> <nexus 출력 파일>

입력 파일의 모든 나무에는 동일한 수의 분류군과 동일한 분류군이 있어야 합니다.
라벨

xmfa2maf <xmfa 입력> <maf 출력>

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 mfa2xmfa 사용


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