mhap - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

mhap - 확률적 시퀀스 겹침

기술

설정해주세요 -s 또는 -p 옵션. 아래 옵션을 참조하십시오. MHAP: MinHash 정렬 프로토콜.
PacBio 또는 Nanopore와 같은 긴 판독 시퀀스의 겹침을 찾기 위한 도구
생물정보학.

버전: 1.6, 빌드 시간: 09년 12월 2015일 오후 11시 46분 사용법 1(직접 실행): java
-섬기는 사람 -Xmx -항아리 -s[-NS
파일>] [-f ] 용법 2(미리 계산된 생성
바이너리): 자바 -섬기는 사람 -Xmx -항아리 -p
-q [-NS ]

--조정, 기본값 = 거짓
실험적 옵션.

--정렬 오프셋, 기본값 = -0. 535
정렬 일치 점수의 차이를 설명하기 위한 오프셋입니다.

--정렬 점수, 기본값 = 1.0E-6
정렬 일치에 대한 컷오프 점수입니다.

--필터 임계값, 기본값 = 1.0E-5
[double], k-mer 필터 파일에서 k-mer가 고려되는 컷오프
반복적인. 특정 k-mer에 대한 이 값은 의 두 번째 열에 지정됩니다.
필터 파일. 필터 파일이 제공되지 않으면 이 옵션은 무시됩니다.

--도움, 기본값 = 거짓
도움말 메뉴를 표시합니다.

--최대 시프트, 기본값 = 0.2
[double], 추정된 중첩의 왼쪽 및 오른쪽 영역 크기, 파생됨
k-mer 일치가 여전히 유지되는 중앙 이동 및 시퀀스 길이에서
유효한 것으로 간주됩니다. XNUMX단계 필터만 해당.

--최소 저장 길이, 기본값 = 0
[int], 상자에 저장된 읽기의 최소 길이입니다. 필터링하는 데 사용
FASTA 파일에서 짧은 읽기.

--나노포어-빠른, 기본값 = 거짓
Nanopore 빠른 설정에 대한 모든 매개변수를 설정합니다. 현재 최고입니다
지침이며 경고 없이 언제든지 변경될 수 있습니다.

--자신 없음, 기본값 = 거짓
상자 안의 시퀀스 간의 겹침을 계산하지 마십시오. 다음과 같은 경우에 사용해야 합니다.
서로 다른 파일에서 시퀀스로 오고 있습니다.

--num-해시, 기본값 = 512
[int], MinHashing에서 사용할 min-mer의 수입니다.

--num-min-일치, 기본값 = 3
[int], XNUMX단계 필터를 계산하기 전에 공유해야 하는 최소 # min-mer입니다.
해당 값 아래의 모든 시퀀스는 겹치지 않는 것으로 간주됩니다.

--숫자 스레드, 기본값 = 12
[int], 계산에 사용할 스레드 수입니다. 일반적으로 2 x #cores로 설정됩니다.

--pacbio-빠른, 기본값 = 거짓
PacBio 빠른 설정을 위한 모든 매개변수를 설정합니다. 현재 최고입니다
지침이며 경고 없이 언제든지 변경될 수 있습니다.

--pacbio에 민감한, 기본값 = 거짓
PacBio 민감 설정에 대한 모든 매개변수를 설정합니다. 현재 최고입니다
지침이며 경고 없이 언제든지 변경될 수 있습니다.

--스토어 전체 ID, 기본값 = 거짓
시퀀스만 저장하는 것이 아니라 FASTA 파일에 표시된 대로 전체 ID를 저장합니다.
파일의 위치. 일부 FASTA 파일은 IDS가 길어 결과 출력이 느려집니다.
압축 파일 형식을 사용할 때는 이 옵션이 무시됩니다.

--한계점, 기본값 = 0.04
[double], 두 번째 단계 정렬 병합에 대한 임계값 유사성 점수 컷오프
필터. 이것은 중첩에서 일치하는 k-mer의 평균 수를 기반으로 합니다.
부위.

--번역, 기본값 = 거짓
버전 및 빌드 시간을 표시합니다.

--가중, 기본값 = 거짓
가중치 MinHashing을 수행합니다.

-f, 기본값 = ""
고도로 반복적인 k-mer를 필터링하는 데 사용되는 k-mer 필터 파일. 정렬해야 합니다
빈도의 내림차순(두 번째 열).

-h, 기본값 = 거짓
도움말 메뉴를 표시합니다.

-k, 기본값 = 16
[int], MinHashing에 사용되는 k-mer 크기입니다. 두 번째 단계 필터의 k-mer 크기는 다음과 같습니다.
별도이며 수정할 수 없습니다.

-p, 기본값 = ""
용도 2만. 변환해야 하는 FASTA 파일이 포함된 디렉토리
저장을 위한 바이너리 형식.

-q, 기본값 = ""
사용법 1: 읽기의 FASTA 파일 또는 비교할 파일의 디렉토리
상자 안의 읽기 세트(참조 -s). 사용법 2: 바이너리의 출력 디렉토리
포맷된 dat 파일

-s, 기본값 = ""
1번만 사용. FASTA 또는 이진 데이터 파일(용법 2 참조)
상자에 저장되고 모든 후속 읽기가 비교됩니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 mhap 사용