이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 micro_razers 명령입니다.
프로그램:
이름
micro_razers
개요
micro_razers [옵션]
기술
MicroRazerS는 접두사 기반 매핑 전략을 사용하여 작은 RNA 읽기를 매핑합니다.
3' 어댑터 서열을 포함합니다.
(c) Anne-Katrin Emde의 저작권 2009.
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시합니다.
--번역
버전 정보를 표시
주요 옵션::
-o, --산출 FILE
출력 파일 이름을 변경합니다. 기본: .결과.
-rr, --인식률 NUM
퍼센트 인식률을 [80..100] 범위로 설정합니다. 기본값: 100.
-SL, --시드 길이 NUM
시드 길이 [10..inf] 범위 내에 있습니다. 기본값: 16.
-sE, --시드 오류
시드에 하나의 오류를 허용합니다.
-f, --앞으로
맵은 전달 가닥에 대해서만 읽습니다.
-r, --역전
맵은 역방향 가닥에 대해서만 읽습니다.
-mN, --일치-N
'N'은 다른 모든 문자와 일치합니다.
-m, --최대 조회수 NUM
[1..inf] 범위 내에서 가장 좋은 히트 수 중 NUM개만 출력합니다. 기본값: 100.
-아빠, --purge-모호한
최대 조회수보다 많은 최고의 일치 항목으로 읽기 제거
-lm, --메모리 부족
런타임을 희생시키면서 메모리 사용량을 줄입니다.
-v, --말 수가 많은
상세 모드
-vv, --vverbose
매우 자세한 모드
출력 형식 옵션::
-의, --출력 형식 NUM
출력 형식을 설정합니다. 0 = MicroRazerS 형식, 1 = SAM. 범위 [0..1] 내에 있습니다.
-a, --조정
각 경기에 대한 정렬 덤프
-gn, --게놈 명명 NUM
게놈 이름 지정 방식을 선택합니다. 0 = Fasta id 사용, 1 = 1부터 시작하여 열거.
범위 [0..1]. 기본값: 0.
-rn, --읽기 이름 지정 NUM
읽기 이름 지정 방법을 선택합니다. 0 = Fasta id 사용, 1 = 1부터 시작하여 열거.
범위 [0..1]. 기본값: 0.
-그래서, --정렬 순서 NUM
일치 항목 정렬 방법을 선택합니다. 0 = 판독 번호, 1 = 게놈 위치. 범위 내
[0..1]. 기본값: 0.
-pf, --위치 형식 NUM
시작/종료 위치 번호 매기기를 선택합니다(아래 좌표 섹션 참조). 0 = 간격 공간,
1 = 위치 공간. [0..1] 범위에 있습니다. 기본값: 0.
버전
micro_razers 버전: 1.0.1 마지막 업데이트 2009년 XNUMX월
onworks.net 서비스를 통해 온라인으로 micro_razers 사용
