이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 mirabait 명령입니다.
프로그램:
이름
mirabait - 읽기 컬렉션에서 읽기 선택
개요
미라바이트 [-f ] [-t [-NS ...]] [-iklor] 미끼파일 인파일
기술
미라바이트 부분적으로 유사하거나 동일한 읽기 컬렉션에서 읽기를 선택합니다.
표적 미끼로 정의된 서열. 유사성은 사용자가 조정할 수 있는 값을 찾아 정의됩니다.
미끼에서 동일한 공통 k-mer(k개의 연속 염기 시퀀스)의 수
순방향 또는 역방향으로 선택할 시퀀스 및 스크리닝된 시퀀스
보완 방향.
옵션
-f
이 유형의 프로젝트 파일을 로드합니다. 여기서 fromtype은 다음과 같습니다.
CAF의 caf 시퀀스
MAF의 maf 시퀀스
PHD의 phd 시퀀스
GBF의 gbf 시퀀스
FASTA의 fasta 서열
FASTQ의 fastq 시퀀스
-t
이 유형에 대한 시퀀스를 작성합니다(여러 번 언급됨). -t 허용됨):
FASTA로의 fasta 서열
FASTQ로의 fastq 시퀀스
CAF로의 CAF 시퀀스
MAF 시퀀스를 MAF로
txt 시퀀스 이름을 텍스트 파일로
-k k-mer, 베이스의 미끼 길이(<32, 기본값=31)
-n 최소 필요한 k-mer 미끼 수(기본값=1)
-i 역히트: 베이트에 맞지 않는 시퀀스만 씁니다.
-r 역보체 방향 확인 없음
-o fastq 품질 오프셋(해당 -f = 'fastq') FASTQ의 품질 값 오프셋
파일. 기본값: 33 값 0은 자동 인식을 시도합니다.
-f
이 유형의 프로젝트 파일을 로드합니다. 여기서 fromtype은 다음과 같습니다.
CAF의 caf 시퀀스
MAF의 maf 시퀀스
PHD의 phd 시퀀스
GBF의 gbf 시퀀스
FASTA의 fasta 서열
FASTQ의 fastq 시퀀스
-t
이 유형에 대한 시퀀스를 작성합니다(여러 번 언급됨). -t 허용됨):
FASTA로의 fasta 서열
FASTQ로의 fastq 시퀀스
CAF로의 CAF 시퀀스
MAF 시퀀스를 MAF로
txt 시퀀스 이름을 텍스트 파일로
-k k-mer, 베이스의 미끼 길이(<32, 기본값=31)
-n 최소 필요한 k-mer 미끼 수(기본값=1)
-i 역히트: 베이트에 맞지 않는 시퀀스만 씁니다.
-r 역보체 방향 확인 없음
-o fastq 품질 오프셋(해당 -f = 'fastq') FASTQ의 품질 값 오프셋
파일. 기본값: 33 값 0은 자동 인식을 시도합니다.
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