miraconvert - 클라우드에서 온라인으로

프로그램:

이름

miraconvert - 어셈블리 및 시퀀싱 파일 유형 변환

개요

미라컨버트 [-에프 ] [-티 [-티 ...]] [-aAChimMsuZ]
[-cflnNoPqrtvxXyYz {...}] {infile} {outfile} [ ...]

옵션

-f
이 유형의 프로젝트 파일을 로드합니다. 여기서 fromtype은 다음과 같습니다.

카페 CAF의 전체 어셈블리 또는 단일 시퀀스

maf CAF의 전체 어셈블리 또는 단일 시퀀스

Fasta FASTA 파일의 시퀀스

빠른 FASTQ 파일의 시퀀스

gb[f|k|ff] GenBank 파일의 시퀀스

박사 학위 PHD 파일의 시퀀스

포프넥스 파일 이름 파일에서 EXP 파일의 시퀀스

-t
시퀀스/어셈블리를 이 유형에 씁니다(여러 언급 -t 허용됨):

에이스 시퀀스 또는 ACE에 대한 전체 어셈블리

카페 CAF에 시퀀스 또는 전체 어셈블리

maf 시퀀스 또는 MAF에 대한 전체 어셈블리

샘 SAM에 조립 완료

삼앤비 위와 같지만 어셈블리 매핑에서 참조(백본)를 생략합니다.

gb[f|k|ff] GenBank에 대한 시퀀스 또는 합의

gff3 GFF3에 대한 합의

가발 wiggle 파일에 대한 어셈블리 커버리지 정보

gcwig wiggle 파일에 대한 어셈블리 gc 콘텐츠 정보

Fasta FASTA 파일에 대한 시퀀스 또는 합의(.qual에 대한 품질)

빠른 FASTQ 파일에 대한 시퀀스 또는 합의

특급 디렉토리의 EXP 파일에 대한 시퀀스 또는 전체 어셈블리. 조립 완료
지시된 어셈블리로 gap4 가져오기에 적합합니다. 참고: caf2gap을 사용하여 가져오기
하지만 gap4에 넣는 것이 좋습니다.

본문 어셈블리를 텍스트 정렬로 완료(경우에만 -f is 카페, maf or GBP)

HTML HTML로 어셈블리 완료( -f is 카페, maf or GBP)

TCS tcs에 완전한 조립

hsnp SNP 태그(SROc, SAOc, SIOc)를 HTML로 둘러싸기(경우에만 -f is 카페, maf
or GBP)

ASP SNP 태그 분석(경우에만 -f is 카페, maf or GBP)

cstats MIRA와 같은 contig 통계 파일(소스에 contig가 포함된 경우에만)

목록 MIRA와 같은 contig 읽기 목록 파일(소스에 contig가 포함된 경우에만)

마스크 파스타 시퀀싱 벡터가 가려진 위치(X 사용)를 FASTA 파일로 읽습니다.
(.qual에 대한 품질)

스카프 시퀀스 또는 단일 시퀀스 CAF에 대한 완전한 어셈블리

-a 다시 쓰지 않고 대상 파일에 추가

-A 시퀀스 대소문자를 조정하지 마십시오

클리핑 포인트를 정의하는 형식을 읽고 클리핑 포인트를 정의하는 형식으로 저장할 때
클리핑 정보가 없으면 miraconvert는 일반적으로 읽기 대소문자를 조정합니다.
시퀀스: 잘린 부분은 소문자, 잘리지 않은 읽기 부분은 대문자.
-A 당신이 이것을 원하지 않는다면. 또한보십시오 -C.

contig를 포함하지 않는 파일/형식에만 적용됩니다.

-b 블라인드 데이터

reads/contigs의 모든 염기를 'c'로 바꿉니다.

-C 하드 클립을 수행하여 읽기

클리핑 지점을 정의하는 형식을 읽을 때 클리핑되지 않은 부분만 저장합니다.
결과 파일의 일부입니다.

contig를 포함하지 않는 파일/형식에만 적용됩니다.

-d 간격만 있는 열 삭제

출력이 contigs인 경우: 전체 간격인 열을 삭제합니다(예:
gap4 또는 이와 유사한 편집 중 삭제된 읽기)

출력을 읽을 때: 읽기 간격 삭제

-F 읽기 그룹을 다른 파일로 필터링

읽기 그룹(CAF/MAF) 3(또는 4) 파일이 생성된 입력 파일에 대해서만 작동: 하나
또는 페어링된 경우 XNUMX개, 페어링되지 않은 경우 XNUMX개, 파편 읽기용 XNUMX개입니다.

페어링된 파일의 읽기는 기본적으로 인터레이스됩니다. -F 두 번 별도 생성
파일.

-m contig 만들기(만 해당 -t = 카페 or maf)

단일 읽기를 CAF/MAF 파일에 contig 단일 항목으로 넣습니다.

-n
지정되면 해당 파일에서 이름으로 지정된 읽기 또는 연속만 선택합니다.

-N
처럼 -n, 그러나 파일에 지정된 순서에 따라 출력을 정렬합니다.

-i 언제 -n 가 사용되면 선택을 반전합니다.

-o 티
FASTQ 품질 오프셋( -f = '패스트큐')

FASTQ 파일의 품질 값 오프셋. 기본값 33회는 Sanger/Phred 스타일을 로드합니다.
0을 사용하는 파일은 자동 인식을 시도합니다.

-P
구문 분석할 MIRA 매개변수가 포함된 문자열

다음과 같이 합의 호출에 영향을 미치는 매개변수를 설정할 때 유용합니다. -CO:mrpg 등

예 : -P "454_설정 -CO:mrpg=3"

-q
품질 값이 없는 파일 형식의 기본 품질을 설정합니다. 또한,
예상 품질 파일이 누락된 경우 중지하지 않음(예: '.fasta')

-R
카운터가 있는 지정된 이름 문자열로 contigs/singlets/reads의 이름을 바꿉니다.
추가됨.

알려진 버그: 입력에 contigs/singlet도 포함되어 있으면 중복 이름을 생성합니다.
자유 읽기로, 즉 contigs 또는 singlets에서 읽지 않습니다.

-S
(이름)페어드 엔드에 중요한 읽기 이름 바꾸기 체계. 솔렉사'만이
현재 지원됩니다.

-T 단일 읽기를 변환할 때 N 및 X의 스트레치와 끝 부분을 트리밍/클리핑합니다.
읽습니다. 참고: 사용을 기억하십시오 -C 하드 클립을 수행하려면(예: FASTA를 다음과 같이 사용)
산출).

-v 버전 번호를 인쇄하고 종료

-Y
생산하다. 변환할 최대(클리핑/패딩) 베이스.

읽기에 사용되는 경우: 출력에는 길이가 잘린 파일의 첫 번째 읽기가 포함됩니다.
최소 총계 -Y. contigs에서 사용하는 경우: 출력에 첫 번째 contig가 포함됩니다.
패딩된 contig의 총 길이가 최소한인 파일의 -Y.

다음 스위치는 입력(CAF 또는 MAF)에 contig가 포함된 경우에만 작동합니다. 주의: CAF 및
MAf는 읽기만 포함할 수도 있습니다.

-M contigs(또는 그들의 합의)를 추출하지 말고 그들이 읽은 순서
구성.

-r [cCqf]
합의 및/또는 합의 품질 값 및/또는 SNP 기능 태그를 다시 계산합니다.

'c' recalc cons & cons quality (with IUPAC)

'C' recalc cons & cons quality (non-IUPAC 강요)

'q' 재계산 합의 품질만

'f' 재계산 SNP 기능

참고: 마지막만 cCq 관련이 있으며, f 스위치로 작동하며 결합 가능
과 cQq (예: "-r C -r f")

참고: CAF/MAF에 여러 균주가 포함된 경우 장단점 재계산
품질이 강제되면 IUPAC 사용 여부에 영향을 미칠 수 있습니다.

-s 단일 파일을 생성하는 대신 출력을 여러 파일로 분할

-u 'fillUp 균주 게놈'

하나의 균주(N 또는 @)의 게놈에 있는 구멍을 컨센서스의 시퀀스로 채웁니다.
다른 균주

에만 적용됨 -r 와 -t FASTA/Q의 gbf 또는 fasta/q: 채워진 염기는
GBF의 소문자: 채워진 염기는 대문자입니다.

-Q
균주의 컨센서스 베이스가 가져야 하는 최소 품질, 컨센서스 베이스를 정의합니다.
이 아래에는 'N'이 있습니다. 기본값: 0

와 함께만 사용 -r및 -f 카페/마프이고 -t is (파스타 또는 gbf)

-V
균주의 컨센서스 기반이 가져야 하는 최소 커버리지를 정의합니다.
이 아래의 적용 범위는 'N'입니다. 기본값: 0

와 함께만 사용 -r및 -t is (파스타 또는 gbf)

-x
최소 contig 또는 unclipped 읽기 길이

로드할 때 이 값보다 짧은 길이의 모든 contig/read를 폐기합니다.
기본값: 0(=꺼짐)

참고: contigs의 읽기에는 적용되지 않습니다!

-X
유사하게 -x 그러나 읽기에만 적용되고 클리핑된 길이에만 적용됩니다.

-y
최소 평균 콘티그 커버리지 로드 시 평균이 있는 모든 콘티그 폐기
이 값보다 작은 범위. 기본값: 1

-z
contig의 최소 읽기 수 로드 시 숫자가 있는 모든 contig를 버립니다.
이 값보다 작은 읽기 수. 기본값: 0(=꺼짐)

-l
텍스트 또는 HTML로 출력할 때: 하나의 정렬 라인에 표시되는 베이스의 수입니다. 기본:
60.

-c
텍스트 또는 HTML로 출력할 때: 끝 간격을 채우는 데 사용되는 문자입니다. 기본값: ' '(공백)

사용 예

miraconvert source.maf dest.sam

miraconvert source.caf dest.fasta 가발 에이스

miraconvert -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

miraconvert -x 40 -C -F -F source.maf .fastq

miraconvert: 인수로 infile 및 out-basename이 누락되었습니다!

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 miraconvert 사용