장난 - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

prank - 확률적 다중 시퀀스 정렬을 계산합니다.

개요

충돌 시퀀스_파일

충돌 [선택적 매개변수] -d=시퀀스_파일 [선택적 매개변수]

기술

Probabilistic Alignment Kit(PRANK)는 확률론적 다중 정렬 프로그램입니다.
DNA, 코돈 및 아미노산 서열. 치료하는 새로운 알고리즘을 기반으로 합니다.
올바르게 삽입하고 삭제 이벤트 수의 과대 평가를 방지합니다.

또한 PRANK는 계통 발생학 및
시퀀스 간의 진화적 거리를 올바르게 고려합니다. 마지막으로 장난
정렬할 시퀀스의 잠재적 구조를 정의한 다음,
정렬과 동시에 구조 단위의 위치를 ​​예측합니다.
시퀀스.

옵션

입출력 매개 변수
-d=시퀀스_파일
FASTA 형식의 입력 시퀀스 파일입니다.

-t=나무 파일
사용할 트리 파일입니다. 설정하지 않으면 대략적인 NJ 트리가 생성됩니다.

-오=결과물 파일
출력 파일의 이름을 설정합니다. 설정하지 않으면 결과물 파일 가 출력.

-f=출력 형식
출력 형식을 설정합니다. 출력 형식 중 하나가 될 수 있습니다 Fasta (기본값), 필리피,
필립스, 팸및 넥서스.

-m=모델_파일
사용할 모델 파일입니다. 설정하지 않으면 모델_파일 가 HKY2/WAG.

-지원하다
후방 지지를 계산합니다.

-showxml
출력 정렬 xml 파일.

-쇼트리
출력 정렬 가이드트리.

-showanc
출력 조상 시퀀스.

-모두 보이기
이 모든 것을 출력합니다.

- 노앵커
Exonerate 앵커링을 사용하지 마십시오. (엑소네레이트는 별도 설치 예정입니다.)

-노마프트
가이드 트리에 MAFFT를 사용하지 마십시오. (MAFFT는 별도 설치 예정입니다.)

-njtree 입력 정렬(및 재정렬)에서 트리를 추정합니다.

-짧은 이름
첫 번째 공백 문자에서 이름을 자릅니다.

-조용한 출력을 줄입니다.

조정 합병
-d1=정렬 파일
FASTA 형식의 첫 번째 입력 정렬 파일입니다.

-d2=정렬 파일
FASTA 형식의 두 번째 입력 정렬 파일입니다.

-t1=나무 파일
첫 번째 정렬에 대한 트리 파일입니다. 설정하지 않으면 대략적인 NJ 트리가
생성.

-t2=나무 파일
두 번째 정렬을 위한 트리 파일입니다. 설정하지 않으면 대략적인 NJ 트리가
생성.

모델 매개 변수
-F, +F 삽입을 항상 건너뛰도록 합니다.

-갭레이트=#
갭 개방율을 설정합니다. 기본값은 0.025 DNA와 0.005 단백질용.

-갭엑스트=#
간격 확장 확률을 설정합니다. 기본값은 0.75 DNA와 0.5 을 통한
단백질.

-코돈 DNA 코딩에 경험적 코돈 모델을 사용합니다.

-DNA, -단백질
각각 DNA 또는 단백질 모델을 사용합니다. 모델의 자동 감지를 비활성화합니다.

-텀갭
일반적으로 터미널 갭에 페널티를 적용합니다.

- 누락
누락된 데이터가 없습니다. 사용하다 -F 터미널 갭용.

-유지하다 미리 정렬된 시퀀스에서 간격을 제거하지 마십시오.

기타 매개 변수
-반복=#
재정렬 반복 라운드; 기본적으로 XNUMX번 반복하고 최상의 상태를 유지합니다.
결과.

-한 번 한 번만 실행합니다. -iterate=1과 동일합니다.

-자두나무
시퀀스 데이터가 없는 안내 트리 분기를 정리합니다.

-정리하다
가이드 트리 잎이 없는 시퀀스 데이터를 정리합니다.

-사용 기록
느리지만 더 많은 수의 시퀀스에서 작동해야 합니다.

-번역하다
입력 데이터를 단백질 서열로 번역합니다.

-mt번역
mt 테이블을 사용하여 입력 데이터를 단백질 서열로 변환합니다.

-전환하다
정렬하지 말고 다른 형식으로 변환하십시오.

-DNA=dna_sequence_file
단백질 정렬의 역번역을 위한 DNA 서열 파일.

-도움 더 많은 옵션이 있는 확장된 도움말 페이지를 표시합니다.

-번역
버전을 표시하고 업데이트를 확인합니다.

작가

충돌 Ari Loytynoja가 작성했습니다.

이 매뉴얼 페이지는 원래 Manuel Prinz가 작성했습니다.[이메일 보호]> 데비안의 경우
프로젝트(다른 사람이 사용할 수 있음).

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