showseqe - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

showseq - 특징이 있는 시퀀스를 보기 좋은 형식으로 표시합니다.

개요

쇼시퀀스 -순서 시퀄 -m파일 데이터 파일 -체재 명부 -것들 명부 [-번역하다 범위]
[-revtranslate 범위] [-대문자 범위] [-가장 밝은 부분 범위] [-주석 범위]
[-효소 현] [-표 명부] [-소스 매치 현] [-유형 일치 현]
[-센스매치 정수] [-최소 점수 뜨다] [-최대 점수 뜨다] [-태그매치 현]
[-값 일치 현] [-엄격한 태그 부울] -플랫재포맷 부울 -분컷 정수
-맥스컷 정수 -사이트렌 정수 -단일 부울 -무딘 부울 -어려운 부울
-모호 부울 -플라스미드 부울 -메틸화 부울 상업용 부울
-한도 부울 -orfminsize 정수 -세 글자 부울 -번호 부울
-폭 정수 -길이 정수 -여유 정수 -이름 부울 -설명 부울
-오프셋 정수 -html 부울 -아웃파일 아웃파일

쇼시퀀스 -도움

기술

쇼시퀀스 EMBOSS("유럽 분자 생물학 오픈"의 명령줄 프로그램입니다.
소프트웨어 제품군”). "Nucleic:Translation,Nucleic:Restriction" 명령의 일부입니다.
여러 떼).

옵션

입력 섹션에 있어야 합니다.
-순서 시퀄

-m파일 데이터 파일
기본값: Emethylsites.dat

필수 섹션에 있어야 합니다.
-체재 명부
기본값: 2

-것들 명부
원하는 순서대로 하나 이상의 코드 문자 목록을 지정하세요.
페이지 아래에 위아래로 표시됩니다. 예를 들어,
순서로 표시됨: 시퀀스, 보 시퀀스, 틱 라인, 프레임 1
번역, 빈 줄; 그러면 'S,C,T,1,B'를 입력해야 합니다. 기본값: B,N,T,S,A,F

추가 섹션에 있어야 합니다.
-번역하다 범위
번역할 지역(번역하는 경우). 이 부분을 비워 두면 전체 시퀀스가 다음과 같이 됩니다.
번역됨. 영역 집합은 위치 쌍 집합으로 지정됩니다.
위치는 정수입니다. 숫자가 아닌 알파벳이 아닌 문자로 구분됩니다.
지역 사양의 예: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888

-revtranslate 범위
번역할 지역(번역하는 경우). 이 부분을 비워 두면 전체 시퀀스가 다음과 같이 됩니다.
번역됨. 영역 집합은 위치 쌍 집합으로 지정됩니다.
위치는 정수입니다. 숫자가 아닌 알파벳이 아닌 문자로 구분됩니다.
지역 사양의 예는 다음과 같습니다: 78-56, 45-24, 888..765, 99=67; 45:1

-대문자 범위
대문자로 입력할 지역. 비워두면 시퀀스 케이스가 남습니다.
홀로. 일련의 지역은 일련의 위치 쌍으로 지정됩니다. 위치는
정수. 숫자, 알파벳이 아닌 문자로 구분됩니다. 지역의 예
사양: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-가장 밝은 부분 범위
HTML 형식인 경우 색상을 지정할 영역입니다. 비워두면 순서는 다음과 같습니다.
혼자 남겨지다. 일련의 지역은 일련의 위치 쌍으로 지정됩니다. 그만큼
위치는 정수입니다. 유효한 HTML 글꼴 색상이 뒤따릅니다. 의 예
지역 사양: 24-45 파란색 56-78 주황색 1-100 녹색 120-156 빨간색 파일
색상 범위(한 줄에 하나의 범위)는 '@filename'으로 지정할 수 있습니다.

-주석 범위
표시하여 주석을 추가할 영역입니다. 비워두면 주석이 추가되지 않습니다. ㅏ
영역 집합은 선택적 텍스트가 뒤따르는 위치 쌍 집합으로 지정됩니다.
위치는 정수입니다. 그 뒤에는 텍스트가 옵니다(단,
명령줄). 지역 사양의 예는 다음과 같습니다. 24-45 새 도메인 56-78 일치 대상
Mouse 1-100 첫 번째 부분 120-156 oligo 주석을 추가할 범위 파일(한 줄에 하나의 범위)
'@filename'으로 지정할 수 있습니다.

-효소 현
이름 'all'은 REBASE 데이터베이스에서 모든 효소 이름을 읽습니다. 지정할 수 있습니다
다음과 같이 그 사이에 쉼표를 사용하여 효소 이름을 지정합니다.
'HincII,hinfI,ppiI,hindiii'. 이름의 대소문자는 중요하지 않습니다. 다음을 지정할 수 있습니다.
효소가 들어 있는 파일의 이름을 제공하여 읽을 효소 이름 파일
앞에 '@' 문자가 있는 이름(예: '@enz.list'). 빈 줄과
해시 문자 또는 '!'로 시작하는 줄 무시되고 다른 모든 행은
쉼표 문자 ','와 함께 연결된 다음 다음의 목록으로 처리됩니다.
검색할 효소. 효소 이름 파일의 예는 다음과 같습니다. ! 내 효소 HincII,
피알! 기타 효소 hindiii HinfI PpiI 기본값: 모두

-표 명부

특색 디스플레이 옵션
-소스 매치 현
기본적으로 피쳐 테이블의 모든 피쳐 소스가 표시됩니다. 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 피쳐 소스. 소스 이름은 일반적으로
기능을 감지한 프로그램 또는 기능 테이블(예: EMBL)입니다.
에서 온 기능입니다. 소스는 '*'를 사용하여 와일드카드로 지정할 수 있습니다. 더 많은 것을 보여주고 싶다면
출처가 두 개 이상인 경우 '|' 문자로 이름을 구분합니다. 예: gene* | 기본값
값: *

-유형 일치 현
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 유형이 표시됩니다. 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 모든 기능 유형. 보다 http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ 목록을 위해
EMBL 기능 유형 중 Swissprot 사용 설명서의 부록 A를 참조하십시오.
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 기능 유형 목록은
유형은 '*'를 사용하여 와일드카드로 지정할 수 있습니다. 한 가지 이상의 유형을 표시하려면
이름을 '|' 문자로 구분하십시오. 예: *UTR | intron 기본값: *

-센스매치 정수
기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 유형이 표시됩니다. 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 모든 기능 감각. 0 - 모든 감각, 1 - 정방향 감각, -1 - 역방향 감각
감각

-최소 점수 뜨다
표시할 기능의 최소 점수(maxscore 참조) 기본값: 0.0

-최대 점수 뜨다
표시할 기능의 최대 점수입니다. minscore와 maxscore가 모두 0인 경우(
기본값) 모든 점수는 무시됩니다. 기본값: 0.0

-태그매치 현
태그는 기능이 가질 수 있는 추가 값의 유형입니다. 예를 들어 EMBL에서
기능 테이블에서 'CDS' 유형의 기능은 '/codon', '/codon_start' 태그를 가질 수 있습니다.
'/db_xref', '/EC_번호', '/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨',
'/맵', '/노트', '/숫자', '/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사',
'/standard_name', '/translation', '/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'.
이러한 태그 중 일부에는 값도 있습니다. 예를 들어 '/gene'은 다음 값을 가질 수 있습니다.
유전자 이름. 기본적으로 기능 테이블의 모든 기능 태그가 표시됩니다. 당신은 이것을 설정할 수 있습니다
표시하려는 기능 태그와 일치합니다. 태그는 '*'를 사용하여 와일드카드로 지정할 수 있습니다. 만약에
둘 이상의 태그를 표시하려면 '|' 문자로 이름을 구분하십시오. 예:
유전자 | 레이블 기본값: *

-값 일치 현
태그 값은 기능 태그와 연결된 값입니다. 태그는 추가 유형입니다.
기능이 가질 수 있는 값. 예를 들어 EMBL 기능 테이블에서 'CDS' 유형은
기능에는 '/codon', '/codon_start', '/db_xref', '/EC_number' 태그가 있을 수 있습니다.
'/증거', '/예외', '/기능', '/유전자', '/라벨', '/맵', '/노트', '/숫자',
'/부분', '/제품', '/단백질_id', '/의사', '/표준_이름', '/번역',
'/transl_except', '/transl_table' 또는 '/usedin'. 이 태그 중 일부만 가질 수 있습니다.
값, 예를 들어 '/gene'은 유전자 이름의 값을 가질 수 있습니다. 기본적으로
기능 테이블의 기능 태그 값이 표시됩니다. 모든 기능과 일치하도록 설정할 수 있습니다.
표시하려는 태그 값입니다. 태그 값은 '*'를 사용하여 와일드카드로 지정할 수 있습니다. 당신이 원하는 경우
둘 이상의 태그 값을 표시하려면 이름을 문자 '|'로 구분합니다(예: pax*).
| 10 기본값: *

-엄격한 태그 부울
기본적으로 기능의 태그/값 쌍이 지정된 태그 및 값과 일치하는 경우
그러면 해당 기능의 모든 태그/값 쌍이 표시됩니다. 로 설정되어 있는 경우
true이면 지정된 태그와 일치하는 기능의 태그/값 쌍만
값이 표시됩니다. 기본값: N

Advnaced 섹션에 있어야 합니다.
제한 지도 옵션
-플랫재포맷 부울
이렇게 하면 출력 형식이 인식 사이트가 행으로 표시되는 형식으로 변경됩니다.
의 '===' 문자와 컷 사이트는 정방향의 '>' 문자로 가리킵니다.
센스, 또는 리버스 센스 스트랜드의 '<'. 기본값: N

-분컷 정수
이는 제한 효소에 대한 최소 절단 수를 설정합니다.
존경받는. 이보다 적은 횟수로 자르는 효소는 무시됩니다. 기본값:
1

-맥스컷 정수
이는 제한 효소의 최대 절단 수를 설정합니다.
존경받는. 이보다 더 많이 자르는 효소는 무시됩니다. 기본값:
2000000000

-사이트렌 정수
이것은 제한 효소 인식 사이트의 최소 길이를 설정합니다. 모든 효소
이보다 짧은 사이트는 무시됩니다. 기본값: 4

-단일 부울
이것이 설정되면 mincuts 및 maxcuts 한정자의 값이
둘 다 1이어야 합니다. 설정한 다른 값은 무시됩니다. 기본값: N

-무딘 부울
이것은 정방향 및 역방향에서 동일한 위치에서 절단하는 효소를 허용합니다.
고려해야 할 가닥. 기본값: 예

-어려운 부울
이것은 정방향과 역방향에서 서로 다른 위치에서 절단하는 효소를 허용합니다.
오버행을 남기는 가닥을 고려해야 합니다. 기본값: 예

-모호 부울
이것은 패턴에 하나 이상의 'N' 모호성 코드가 있는 효소를 허용합니다.
기본값: Y

-플라스미드 부울
설정하면 제한효소 인식 부위를 검색할 수 있으며,
고려할 시퀀스의 끝 부분에 걸쳐 있는 절단 위치. 기본값: N

-메틸화 부울
이것이 설정되면 RE 인식 사이트는 메틸화된 염기와 일치하지 않습니다. 기본
값: N

상업용 부울
이것이 설정되면 상용 공급자가 있는 효소만 검색됩니다.
을 위한. 명시적 효소 목록을 지정한 경우 이 한정자는 무시됩니다.
REBASE 데이터베이스에서 '모든' 효소를 검색하는 대신 검색합니다. 그것
명시적 효소를 요청하는 경우 아마 알고 있을 것이라고 가정합니다.
그것을 얻을 수 있는 곳과 검색하도록 요청한 모든 효소 이름,
상업적 공급업체가 있는지 여부가 보고될 것입니다.
기본값: Y

-한도 부울
이것은 효소의 보고를 각 그룹에서 하나의 효소로 제한합니다.
isoschizomers. isoschizomer group을 나타내기 위해 선택된 효소는 프로토타입이다.
프로그램에 의해 생성된 데이터 파일 'embossre.equ'에 표시됨
'리베이스 추출'. 다른 프로토타입을 사용하려면 다음을 복사하십시오.
embossre.equ를 홈 디렉토리에 저장하고 편집합니다. 이 값을 false로 설정하면
모든 입력 효소가 보고됩니다. 다음과 같은 경우 이를 false로 설정하고 싶을 수 있습니다.
'모두'를 검색하는 대신 명시적인 효소 세트를 제공합니다. 기본
값: Y

-orfminsize 정수
이것은 오픈 리딩 프레임(ORF)의 최소 크기를 설정하여
번역. 다른 모든 번역 영역은 아미노산을
'-' 문자.

-세 글자 부울
기본값: N

-번호 부울
기본값: N

-폭 정수
기본값: 60

-길이 정수

-여유 정수
기본값: 10

-이름 부울
시퀀스의 ID 이름을 표시하지 않으려면 false로 설정하십시오. 기본값
값: Y

-설명 부울
시퀀스에 대한 설명을 표시하지 않으려면 false로 설정하십시오.
기본값: Y

-오프셋 정수
기본값: 1

-html 부울
기본값: N

산출 섹션에 있어야 합니다.
-아웃파일 아웃파일

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 쇼시크를 사용하세요