subread-align - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

subread-align - 게놈 DNA-seq 읽기를 모두 매핑하기 위한 정확하고 효율적인 정렬기
및 RNA-seq 읽기(발현 분석 목적)

사용법

하위 읽기 정렬 [옵션] -i -r -o -t

필수 인수:

-i
인덱스의 기본 이름입니다.

-r
입력 파일의 이름입니다. gzip으로 압축된 fastq, fastq 및 fasta를 포함한 입력 형식은 다음과 같습니다.
자동으로 감지됩니다. 쌍방향인 경우 파일 이름이 제공되어야 합니다.
첫 번째 읽기를 포함합니다.

-t
입력 시퀀싱 데이터의 유형입니다. 해당 값에는 0: RNA-seq 데이터 1: 게놈이 포함됩니다.
DNA-seq 데이터.

선택적 인수:

-o
출력 파일의 이름입니다. 기본적으로 출력은 BAM 형식입니다.

-n
선택한 하위 읽기 수, 기본값은 10입니다.

-m
적중 보고를 위한 합의 임계값(매핑되는 최소 하위 읽기 수)
의견 일치) . 페어드 엔드인 경우 이는 앵커 읽기에 대한 합의 임계값을 제공합니다.
기본적으로 3

-M
정렬에 허용되는 일치하지 않는 염기의 최대 수를 지정합니다. 3개
기본. 소프트클립된 베이스에서 발견된 불일치는 계산되지 않습니다.

-T
사용된 CPU 스레드 수, 기본값은 1입니다.

-I
감지할 수 있는 indel의 최대 길이(bp)입니다. 기본적으로 5개입니다. 프로그램
최대 200bp 길이의 인델을 감지할 수 있습니다.

-B
보고할 동일 최상의 매핑 위치의 최대 수입니다. 기본적으로 1입니다. 메모
그 -u 옵션이 우선합니다 -B.

-P <3:6>
입력 파일의 Phred 점수 형식, phred+3의 경우 '33', phred+6의 경우 '64'입니다. '삼'
기본적으로

-u 고유하게 매핑된 읽기만 보고합니다. 일치하는 염기의 수(RNA-seq의 경우) 또는
일치하지 않는 염기(게놈 DNA-seq의 경우)를 사용하여 연결을 끊습니다.

-b 매핑 출력에서 ​​색 공간 읽기 베이스를 베이스 공간 읽기 베이스로 변환합니다. 메모
읽기 매핑은 색상 공간에서 수행됩니다.

--sv 구조적 변형(예: 긴 삽입 삭제, 반전, 중복 및
전위) 및 보고 중단점. 중단점은 사용자 가이드를 참조하세요.
보고.

--SA 입력
입력 읽기는 SAM 형식입니다.

--BA 입력
입력 읽기는 BAM 형식입니다.

--SAM출력
매핑 결과를 SAM 형식으로 저장합니다.

--trim5
잘라내기 각 읽기의 5' 끝에서 염기 수. 기본적으로 0입니다.

--trim3
잘라내기 각 읽기의 3' 끝에서 염기 수. 기본적으로 0입니다.

--rg-id
출력에 읽기 그룹 ID를 추가합니다.

--rg
추가하다 출력의 읽기 그룹(RG) 헤더에 추가됩니다.

--DPGap오픈 짧은 인델 검출 시 갭 개방에 대한 페널티. -1 by
태만.

--DPGapExt
짧은 인델 검출에서 갭 확장에 대한 페널티. 기본적으로 0입니다.

--DP불일치 짧은 indel 감지 시 불일치에 대한 페널티. 0
태만.

--DP매치
짧은 indel 감지에서 일치하는 염기에 대한 점수입니다. 기본적으로 2입니다.

--complexIndels
작은 게놈 영역에서 동시에 발생하는 여러 개의 짧은 삽입결실을 감지합니다.
(이러한 삽입결실은 1bp만큼 떨어져 있을 수 있습니다).

-v 프로그램의 출력 버전.

쌍방향 읽기에 대한 선택적 인수:

-R
두 번째 읽기를 포함한 파일의 이름입니다.

-p
앵커가 아닌 읽기에 대한 합의 임계값(앵커보다 적은 표를 받음)
같은 쌍에서 읽습니다). 기본적으로 1입니다.

-d
최소 조각/삽입 길이는 기본적으로 50bp입니다.

-D
최대 조각/삽입 길이는 기본적으로 600bp입니다.

-S
첫 번째 및 두 번째 읽기 방향입니다. 기본적으로 'fr'(정방향/역방향)입니다.

인수에 대한 자세한 설명은 사용 설명서를 참조하세요.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 하위 정렬 사용