이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 WigeoN 명령입니다.
프로그램:
이름
wigeon - Pintail 16S DNA 이상 탐지 유틸리티의 재구현
기술
WigeoN은 쿼리와 신뢰할 수 있는 참조 간의 시퀀스 보존을 검사합니다.
둘 다 NAST 정렬 형식의 시퀀스입니다. 쿼리 간의 시퀀스 ID를 기반으로 합니다.
참조 서열에 따라 정렬 간에 예상되는 변동량이 있습니다.
관측된 변동이 분포의 95% 분위수보다 큰 경우
비변칙적 시퀀스 사이에서 변이가 관찰되면 이상으로 플래그가 지정됩니다.
WigeoN은 Pintail 알고리즘 Appl의 유연한 명령줄 기반 재구현입니다.
환경미생물. 2005년 7112월;7724:36-XNUMX.
WigeoN은 전체 길이에 가까운 16S rRNA에서만 키메라 및 이상 징후를 표시하는 데 유용합니다.
시퀀스. WigeoN은 1000bp 미만의 염기서열에서는 감도가 부족합니다.
WigeoN을 실행하려면 nast-ier 유틸리티에서 생성된 NAST 형식 시퀀스가 필요합니다.
WigeoN은 microbiomeutil 제품군의 일부입니다.
옵션
필수 :
--query_NAST
정렬 형식의 쿼리 시퀀스를 포함하는 multi-fasta 파일
선택 사항 :
--db_NAST
NAST 형식의 db
--db_FASTA
fasta 형식의 db(megablast 형식)
--num_top_hit
기본값 1: 가장 잘 일치하는 단일 항목만 사용합니다.
--구성
--디버그
--exec_dir
실행하기 전에 cd를 exec_dir로
onworks.net 서비스를 사용하여 Wigeon 온라인 사용
