이것은 최신 릴리스를 Sample_Files.zip으로 다운로드할 수 있는 BIRAP라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 BIRAP이라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행해 보세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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비랩
기술
BIRAP(Bacterial Intergenic Region Analysis Pipeline)는 실험 데이터를 사용하여 박테리아 게놈에 다시 주석을 추가하는 데 사용할 수 있는 사용하기 쉬운 오픈 소스 Perl 파이프라인입니다. 이 도구는 RNA-seq 및/또는 단백질유전체학에서 파생된 발현 프로파일을 통합하고 이를 기존 in silico 주석과 비교하여 주석을 검증하고 새로운 단백질 코딩 영역, 추정 비코딩 RNA를 식별하고 기존 주석의 오류를 수정하는 데 도움을 줍니다. . 파이프라인에는 RNA-seq 데이터를 위한 SAMtools의 "파일업" 출력과 게놈 및 기존 in silico 주석과 함께 프로테유전체학 데이터를 위한 Proteogenomic Mapping 도구의 펩타이드/ePST 유전자좌 파일(GFF)이 필요합니다. 게놈(.coords 형식)의 프로모터 및 터미네이터 위치에 관한 정보가 제공되면 파이프라인은 비코딩 RNA를 식별하는 데도 도움이 됩니다.
기능
- 박테리아 게놈의 유전자 간 영역 분석
- 박테리아 게놈의 재주석
- 작은 RNA(sRNA) 검출
- RNA-서열
- 단백질유전체학
오디언스 (Audience)
과학/연구
사용자 인터페이스
콘솔/터미널, 명령줄
프로그래밍 언어
펄
카테고리
이는 https://sourceforge.net/projects/birap/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 시스템 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
