CIMS.v1.0.5.tgz로 최신 릴리스를 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 CIMS라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
CIMS라는 이 앱을 온라인으로 다운로드하여 실행하면 OnWorks와 함께 Linux 온라인에서 무료로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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Linux 온라인에서 실행되는 CIMS
기술
이 패키지에는 HITS-CLIP 데이터에서 통계적으로 재현 가능한 CIMS(교차 연결 유도 돌연변이 사이트) 및 CITS(교차 연결 유도 절단 사이트)를 감지하는 스크립트가 포함되어 있습니다.참조 :
Moore, M.*, Zhang, C.*, Gantman, EC, Mele, A., Darnell, JC, Darnell, RB 2014. HITS-CLIP을 사용하여 단일 뉴클레오티드 분해능에서 RNA와 Argonaute 및 기존 RNA 결합 단백질 상호 작용 매핑 및 CIMS 분석. Nat Protocols, 9:263-293.
Zhang,C.†, Darnell, RB† 2011. HITS-CLIP 데이터의 단일 뉴클레오티드 분해능에서 생체 내 단백질-RNA 상호 작용 매핑. Nat. 생명 공학. 29:607-614.
기능
- 원시 CLIP 읽기를 참조 게놈에 매핑(novoalign 사용)
- 무작위 바코드의 존재 여부에 따라 다른 모델로 PCR 중복 축소
- 클러스터를 식별하고 피크 높이를 결정하기 위한 클러스터 CLIP 태그
- 고유한 CLIP 태그에서 돌연변이(삽입, 삭제 및 대체) 추적
- 강력한 가교 유도 돌연변이 부위(CIMS) 식별
- BrdU-CLIP, iCLIP 또는 기타 유사한 변형에서 강력한 교차 연결 유도 절단 사이트(CITS) 식별
오디언스 (Audience)
고급 최종 사용자
사용자 인터페이스
명령줄
프로그래밍 언어
펄
이것은 https://sourceforge.net/projects/ngs-cims/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
