์ด๊ฒ์ ์ต์ ๋ฆด๋ฆฌ์ค๊ฐ EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz๋ก ๋ค์ด๋ก๋๋ ์ ์๋ Linux ์จ๋ผ์ธ์์ ์คํ๋๋ EXCAVATOR-tool์ด๋ผ๋ Linux ์ฑ์ ๋๋ค. ์ํฌ์คํ ์ด์ ์ฉ ๋ฌด๋ฃ ํธ์คํ ์ ๊ณต์ ์ฒด OnWorks์์ ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก ์คํํ ์ ์์ต๋๋ค.
๋ฌด๋ฃ๋ก OnWorks์ ํจ๊ป Linux์์ ์คํํ๋ ค๋ฉด EXCAVATOR-tool์ด๋ผ๋ ์ด ์ฑ์ ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก ๋ค์ด๋ก๋ํ๊ณ ์คํํ์ญ์์ค.
์ด ์ฑ์ ์คํํ๋ ค๋ฉด ๋ค์ ์ง์นจ์ ๋ฐ๋ฅด์ธ์.
- 1. ์ด ์ ํ๋ฆฌ์ผ์ด์ ์ PC์ ๋ค์ด๋ก๋ํ์ต๋๋ค.
- 2. ํ์ผ ๊ด๋ฆฌ์ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX์ ์ํ๋ ์ฌ์ฉ์ ์ด๋ฆ์ ์ ๋ ฅํฉ๋๋ค.
- 3. ์ด๋ฌํ ํ์ผ ๊ด๋ฆฌ์์์ ์ด ์์ฉ ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ์ ๋ก๋ํฉ๋๋ค.
- 4. ์ด ์น์ฌ์ดํธ์์ OnWorks Linux ์จ๋ผ์ธ ๋๋ Windows ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ ๋๋ MACOS ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ๋ฅผ ์์ํฉ๋๋ค.
- 5. ๋ฐฉ๊ธ ์์ํ OnWorks Linux OS์์ ์ํ๋ ์ฌ์ฉ์ ์ด๋ฆ์ผ๋ก ํ์ผ ๊ด๋ฆฌ์ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX๋ก ์ด๋ํฉ๋๋ค.
- 6. ์์ฉ ํ๋ก๊ทธ๋จ์ ๋ค์ด๋ก๋ํ์ฌ ์ค์นํ๊ณ ์คํํฉ๋๋ค.
์คํฌ๋ฆฐ ์ท
Ad
์จ๋ผ์ธ์์ Linux์์ ์คํํ๋ EXCAVATOR ๋๊ตฌ
๊ธฐ์
์ฃผ์!!!!!์ฃผ์!!!!!์ฃผ์!!!!!์ฃผ์!!!!!์ฐ๋ฆฌ๋ ์ต๊ทผ BMC Genomics์ ์งง๊ณ ๊ธด ์ ์ฒด ๊ฒ๋ ์ํ์ฑ ์คํ์์ CNV/CNA๋ฅผ ์๋ณํ๊ธฐ ์ํ XCAVATOR๋ผ๋ ์๋ก์ด ์ํํธ์จ์ด ํจํค์ง๋ฅผ ๊ฒ์ํ์ต๋๋ค.https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR๋ ๋ค์์์ ๋ฌด๋ฃ๋ก ์ฌ์ฉํ ์ ์์ต๋๋ค. http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR๋ ์ ์ฒด ์์ ์ํ์ฑ ๋ฐ์ดํฐ์์ ๋ณต์ ์ ๋ณ์ด์ฒด(CNV)๋ฅผ ํ์งํ๊ธฐ ์ํ ์๋ก์ด ์ํํธ์จ์ด ํจํค์ง์ ๋๋ค.
EXCAVATOR๊ฐ Genome Biology(http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
####################
์ฃผ๋ชฉ!!!!! EXCAVATOR ๋๊ตฌ๋ฅผ ์ฌ๋ฐ๋ฅด๊ฒ ์ฌ์ฉํ๋ ค๋ฉด ๋ค์ ๋งํฌ์์ ๊ณ ์ ํ ๋งคํ ๊ฐ๋ฅ์ฑ ํ์ผ์ ๋ค์ด๋ก๋ํด์ผ ํฉ๋๋ค.
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (hg19์ฉ)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
ํน์ง
- ์ฐจ์ธ๋ ์ํ์ฑ
- ์ซ์ ๋ณํ ๋ณต์ฌ
- ์ ์ฒด ์์ ์ํ์ฑ
ํ๋ก๊ทธ๋๋ฐ ์ธ์ด
ํ
https://sourceforge.net/projects/excavatortool/์์๋ ๊ฐ์ ธ์ฌ ์ ์๋ ์ ํ๋ฆฌ์ผ์ด์ ์ ๋๋ค. ์ฐ๋ฆฌ์ ๋ฌด๋ฃ ์ด์ ์ฒด์ ์ค ํ๋์์ ๊ฐ์ฅ ์ฌ์ด ๋ฐฉ๋ฒ์ผ๋ก ์จ๋ผ์ธ์ผ๋ก ์คํํ๊ธฐ ์ํด OnWorks์์ ํธ์คํ ๋์์ต๋๋ค.