이것은 최신 릴리스를 Javamony.jar로 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행되는 Javamony라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
Javamony라는 이름의 이 앱을 온라인으로 다운로드하여 온라인으로 실행하여 OnWorks와 함께 Linux에서 무료로 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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온라인에서 Linux에서 실행되는 Javamony
기술
성공하지 못한 Pysimony(https://sourceforge.net/projects/pysimony/), 같은 단호한 학생이 계통 발생 문제에 대해 또 다른 시도를 합니다.Javamony는 다음과 같이 호출됩니다.
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [random / stepwise (starting tree)] [부트스트랩 수] [외군 분류군 #1] [외군 분류군 #2] ...
경쟁적인 계통 발생 추론 프로그램이 아니라 Javamony는 계통 발생의 근본적인 문제를 해결하고 해결하는 방법을 배우면서 Java 언어를 습득할 수 있는 기회입니다. 따라서 내 교육상의 이점을 위해 모든 코드는 원본입니다. 물론 많은 실수도 있을 수 있습니다.
나는 Pysimony와 마찬가지로 Javamony를 배포합니다. Javamony가 다른 사람에게 교육적 가치가 있거나 적어도 모호하게는 재미있기를 바라는 마음입니다.
향후 기능은 다음과 같습니다.
- 아미노산 서열 지원
- 추가 파일 형식 지원(예: Nexus)
- 멀티스레딩
- 추가 채점 방법(예: 최대 가능성)
특징
- 최대한의 절제력을 사용합니다
- FASTA 입력 파일 읽기(DNA만 해당)
- 사용자 설정 외부 그룹
- 무작위 및 단계적 추가 시작 트리
- SPR(subtree pruning and regrafting) 트리 검색 사용
- 부트스트랩 수행
- 부트스트랩 지원 및 분기 길이를 사용하여 표준 Newick 형식을 출력합니다.
- 부트스트랩 지원으로 최종 트리를 그립니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구, 교육
사용자 인터페이스
명령줄
프로그래밍 언어
자바
https://sourceforge.net/projects/javamony/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 우리의 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.