NGSEP라는 이름의 Linux 앱으로, 최신 릴리스는 NGSEPcore_5.1.0.jar 파일로 다운로드할 수 있습니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks와 함께 NGSEP라는 이 앱을 무료로 다운로드하여 온라인으로 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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NGSEP
기술
NGSEP는 짧은 DNA와 긴 DNA의 높은 처리량 시퀀싱 읽기를 분석하기 위한 통합 프레임워크입니다. 현재 버전은 게놈 어셈블리, 판독 매핑, 변이체 검출, 유전형 분석, 축소 표현 프로토콜에서 생성된 데이터의 드노보 분석을 포함하여 시퀀싱 데이터의 드노보 및 참조 안내 분석을 위한 기능을 제공합니다. NGSEP는 또한 기능 주석, 필터링, 형식 변환, 비교, 클러스터링, 대치, 유전자 이입 분석 및 다양한 종류의 통계를 포함하여 게놈 변이 데이터베이스(VCF 파일) 분석을 위한 모듈을 제공합니다. 버전 4부터 게놈 정렬 및 전이 요소의 주석을 포함하여 게놈 및 전사체 관리를 위한 기능을 제공합니다. 전체 기능 목록은 위키(https://sourceforge.net/p/ngsep/wiki/Home/).
다운로드 전: 녹색 버튼은 명령줄 사용을 위한 jar로 이동합니다. GUI 및 기타 옵션은 위키를 참조하세요.
기능
- De-novo 게놈 어셈블리
- 참조 게놈에 대한 원시 읽기 정렬
- SNP, CNV 및 구조적 변이체 감지
- VCF 조작: 기능 주석, 병합, 필터, 비교, 형식 변환, 대치
- 역다중화 읽기
- 주석이 달린 게놈 어셈블리의 정렬
- GFF3 형식의 transcriptome anptations에 대한 통계 및 필터링
오디언스 (Audience)
의료 산업, 과학/연구, 기타 대상, 농업
사용자 인터페이스
자바 SWT, 콘솔/터미널, 이클립스
프로그래밍 언어
자바
카테고리
이것은 https://sourceforge.net/projects/ngsep/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
