최신 릴리스를 piv_clustering_1.3.tar.gz로 다운로드할 수 있는 Linux 온라인에서 실행하기 위한 piv_clustering이라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
온라인에서 OnWorks와 함께 무료로 Linux에서 실행하려면 piv_clustering이라는 이 앱을 다운로드하고 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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Linux 온라인에서 실행하기 위한 piv_clustering
기술
이 프로그램은 예를 들어 분자 동역학 시뮬레이션에서 얻은 원자 궤적의 구조적 클러스터 분석을 수행할 수 있습니다.다른 접근 방식과 달리, 거리 메트릭이 다음을 포함하는 동일한 원자 또는 분자의 교환 하에서 대칭인 순열 불변 벡터(PIV)를 기반으로 하기 때문에 액체 상태의 물에서의 화학 반응과 같은 용액에서의 프로세스도 분석할 수 있습니다. 용질과 용매의 자유도는 같은 기반에서. 접근 방식은 일반적이며 PIV의 정의는 연구 중인 프로세스와 관련된 원자 간 거리의 범위를 지정하기만 하면 됩니다. 또는 나노 구조에 특히 적합한 SPRINT 토폴로지 좌표를 사용할 수도 있습니다.
출력은 궤적을 몇 개의 구조적 클러스터(즉, 프레임 세트)로 분할하여 더 간단한 분석 및 시각화를 허용합니다.
Gallet & Pietrucci, J. Chem.을 읽고 인용하십시오. 물리학 139, 074101 (2013)
특징
- 원자 궤도의 구조적 클러스터링
- 순열 불변성: 결정, 무정형 고체, 액체, 나노구조
- 모든 시뮬레이션 셀이 지원됩니다(orthorombic에서 triclininc까지).
- 병렬 MPI 구현
오디언스 (Audience)
과학/연구
프로그래밍 언어
포트란
이것은 https://sourceforge.net/projects/pivclustering/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
