이것은 최신 릴리스를 Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz로 다운로드할 수 있는 Protospacer Workbench라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
Protospacer Workbench with OnWorks라는 이 앱을 온라인에서 무료로 다운로드하고 실행하십시오.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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프로토스페이서 작업대
기술
Protospacer Workbench는 모든 유기체 또는 FASTA 형식 시퀀스 세트에 대한 CRISPR 타겟 사이트를 설계, 분석 및 공유하는 데 도움이 됩니다.CRISPR/Cas 게놈 편집 시스템을 위한 가이드 RNA 설계는 직관적으로는 쉽지만 계산적으로는 어렵습니다. 주요 어려움은 의도한 목표와 상당히 다를 수 있는 잠재적인 비목표를 식별해야 할 필요성에서 발생합니다. 가이드 RNA 디자인을 위한 현재 온라인 도구는 Bowtie 또는 BLAST와 같은 시퀀스 매핑 소프트웨어에 사용자 친화적인 인터페이스를 제공합니다. 그러나 빠르기는 하지만 이러한 매핑 알고리즘은 오류에 대한 높은 허용 오차를 갖도록 설계되지 않았으며, 이는 잠재적인 비표적을 결정하는 데 중요한 기능입니다. 온라인 도구가 실패하면 오프라인 도구가 성공합니다. 그러나 오프라인 도구에는 CRISPR을 사용하는 소수의 사람들이 가지고 있는 명령줄에 대한 지식이 필요합니다. Protospacer Workbench는 온라인과 오프라인 가이드 RNA 디자인 간의 격차를 해소하는 것을 목표로 합니다. 이 소프트웨어는 현재 OS X에서 사용할 수 있으며 곧 다른 운영 체제로 포팅될 예정입니다.
특징
- 사용 가능한 모든 CRISPR 타겟을 빠르게 찾기
- 가이드 RNA 디자인을 철저히 평가
- 타겟 및 가이드 RNA 목록 공유
- 모든 유기체를 위한 디자인
- 여러 데이터베이스 관리
- 단계별 워크플로
- 예상되는 guide-RNA 성능에 대한 보고서 받기
- 하나의 인터페이스에서 여러 타사 도구 사용
- 다중 대상 디자인
- 대규모 표적/가이드 RNA 목록 관리
이것은 https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
