이것은 최신 릴리스를 비누3-dp-3-cuda2.3.172-linux-AmazonEC4.2.tar.gz로 다운로드할 수 있는 SOAP2-DP라는 Linux 앱입니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
OnWorks가 포함된 SOAP3-DP라는 앱을 무료로 온라인으로 다운로드하여 실행하세요.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 OnWorks Linux 온라인 또는 Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MACOS 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Linux OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 응용 프로그램을 다운로드하여 설치하고 실행합니다.
스크린 샷
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SOAP3-DP
기술
GitHub의 최신 코드:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp는 최적화된 알고리즘으로 CPU와 GPU의 컴퓨팅 성능을 활용하여 빠른 속도와 감도를 동시에 제공합니다. BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM 및 GPU 기반 정렬기 BarraCUDA 및 CUSHAW를 포함하여 널리 채택된 정렬기와 비교하여 SOAP3-dp는 가장 높은 감도와 가장 낮은 잘못된 발견률(FDR)을 유지하면서 3~XNUMX배 더 빠른 것으로 나타났습니다. ) Illumina에서는 다양한 길이로 읽습니다. SOAPXNUMX-dp는 기본적으로 BAM 파일 형식을 지원하고 BWA와 동일한 점수 체계를 제공하므로 기존 분석 파이프라인에 통합할 수 있습니다.
인용: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X 등. (2013) SOAP3-dp: 빠르고 정확하며 민감한 GPU 기반 짧은 읽기 정렬기. PLoS ONE 8(5): e65632. doi:10.1371/journal.pone.0065632
오디언스 (Audience)
과학/연구
사용자 인터페이스
콘솔/터미널
프로그래밍 언어
C++, 씨
카테고리
이는 https://sourceforge.net/projects/soap3dp/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 시스템 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
