์˜์–ดํ”„๋ž‘์Šค์–ด์ŠคํŽ˜์ธ์–ด

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์˜จ์›์Šค ํŒŒ๋น„์ฝ˜

Windows์šฉ Alphafold ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ

Alphafold Windows ์•ฑ์„ ๋ฌด๋ฃŒ๋กœ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•˜์—ฌ Ubuntu ์˜จ๋ผ์ธ, Fedora ์˜จ๋ผ์ธ ๋˜๋Š” Debian ์˜จ๋ผ์ธ์—์„œ Wine ์˜จ๋ผ์ธ ์‹คํ–‰

์ด๊ฒƒ์€ ์ตœ์‹  ๋ฆด๋ฆฌ์Šค๋ฅผ Alphafoldv2.3.2.zip์œผ๋กœ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” Alphafold๋ผ๋Š” Windows ์•ฑ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜์šฉ ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์ธ OnWorks์—์„œ ์˜จ๋ผ์ธ์œผ๋กœ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

OnWorks์™€ ํ•จ๊ป˜ Alphafold๋ผ๋Š” ์ด ์•ฑ์„ ๋ฌด๋ฃŒ๋กœ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•˜์—ฌ ์˜จ๋ผ์ธ์œผ๋กœ ์‹คํ–‰ํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค.

์ด ์•ฑ์„ ์‹คํ–‰ํ•˜๋ ค๋ฉด ๋‹ค์Œ ์ง€์นจ์„ ๋”ฐ๋ฅด์„ธ์š”.

- 1. ์ด ์• ํ”Œ๋ฆฌ์ผ€์ด์…˜์„ PC์— ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ–ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

- 2. ํŒŒ์ผ ๊ด€๋ฆฌ์ž https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX์— ์›ํ•˜๋Š” ์‚ฌ์šฉ์ž ์ด๋ฆ„์„ ์ž…๋ ฅํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

- 3. ์ด๋Ÿฌํ•œ ํŒŒ์ผ ๊ด€๋ฆฌ์ž์—์„œ ์ด ์‘์šฉ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์—…๋กœ๋“œํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

- 4. ์ด ์›น์‚ฌ์ดํŠธ์—์„œ ๋ชจ๋“  OS OnWorks ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ๋ฅผ ์‹œ์ž‘ํ•˜์ง€๋งŒ ๋” ๋‚˜์€ Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ๋ฅผ ์‹œ์ž‘ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

- 5. ๋ฐฉ๊ธˆ ์‹œ์ž‘ํ•œ OnWorks Windows OS์—์„œ ์›ํ•˜๋Š” ์‚ฌ์šฉ์ž ์ด๋ฆ„์œผ๋กœ ํŒŒ์ผ ๊ด€๋ฆฌ์ž https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX๋กœ ์ด๋™ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

- 6. ์• ํ”Œ๋ฆฌ์ผ€์ด์…˜์„ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•˜์—ฌ ์„ค์น˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

- 7. Linux ๋ฐฐํฌ ์†Œํ”„ํŠธ์›จ์–ด ์ €์žฅ์†Œ์—์„œ Wine์„ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์„ค์น˜๊ฐ€ ์™„๋ฃŒ๋˜๋ฉด ์•ฑ์„ ๋‘ ๋ฒˆ ํด๋ฆญํ•˜์—ฌ Wine๊ณผ ํ•จ๊ป˜ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์ธ๊ธฐ ์žˆ๋Š” Windows ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ ๋ฐ ๊ฒŒ์ž„์„ ์„ค์น˜ํ•˜๋Š” ๋ฐ ๋„์›€์ด ๋˜๋Š” Wine์„ ํ†ตํ•œ ๋ฉ‹์ง„ ์ธํ„ฐํŽ˜์ด์Šค์ธ PlayOnLinux๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•ด ๋ณผ ์ˆ˜๋„ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

Wine์€ Linux์—์„œ Windows ์†Œํ”„ํŠธ์›จ์–ด๋ฅผ ์‹คํ–‰ํ•˜๋Š” ๋ฐฉ๋ฒ•์ด์ง€๋งŒ Windows๊ฐ€ ํ•„์š”ํ•˜์ง€ ์•Š์Šต๋‹ˆ๋‹ค. Wine์€ ๋ชจ๋“  Linux ๋ฐ์Šคํฌํƒ‘์—์„œ ์ง์ ‘ Windows ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ์˜คํ”ˆ ์†Œ์Šค Windows ํ˜ธํ™˜์„ฑ ๊ณ„์ธต์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๋ณธ์งˆ์ ์œผ๋กœ Wine์€ Windows๊ฐ€ ํ•„์š”ํ•˜์ง€ ์•Š๊ณ  ๋ชจ๋“  Windows ์‘์šฉ ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ์„ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋„๋ก Windows๋ฅผ ์ฒ˜์Œ๋ถ€ํ„ฐ ์ถฉ๋ถ„ํžˆ ๋‹ค์‹œ ๊ตฌํ˜„ํ•˜๋ ค๊ณ  ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์Šคํฌ๋ฆฐ ์ƒท

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์•ŒํŒŒ ํด๋“œ


๊ธฐ์ˆ 

์ด ํŒจํ‚ค์ง€๋Š” AlphaFold v2.0์˜ ์ถ”๋ก  ํŒŒ์ดํ”„๋ผ์ธ ๊ตฌํ˜„์„ ์ œ๊ณตํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. CASP14์— ๋“ฑ๋ก๋˜์–ด Nature์— ๊ฒŒ์žฌ๋œ ์™„์ „ํžˆ ์ƒˆ๋กœ์šด ๋ชจ๋ธ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๋‹จ์ˆœํ™”๋ฅผ ์œ„ํ•ด ์ด ๋ฌธ์„œ์˜ ๋‚˜๋จธ์ง€ ๋ถ€๋ถ„์—์„œ ์ด ๋ชจ๋ธ์„ AlphaFold๋ผ๊ณ  ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ด ์†Œ์Šค ์ฝ”๋“œ ๋˜๋Š” ๋ชจ๋ธ ๋งค๊ฐœ๋ณ€์ˆ˜๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ๋ฐœ์ƒํ•œ ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ๊ณต๊ฐœํ•˜๋Š” ๋ชจ๋“  ์ถœํŒ๋ฌผ์€ AlphaFold ๋…ผ๋ฌธ์„ ์ธ์šฉํ•ด์•ผ ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๋ฐฉ๋ฒ•์— ๋Œ€ํ•œ ์ž์„ธํ•œ ์„ค๋ช…์€ ๋ณด์ถฉ ์ •๋ณด๋ฅผ ์ฐธ์กฐํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค. ์ด Colab ๋…ธํŠธ๋ถ ๋˜๋Š” ์ปค๋ฎค๋‹ˆํ‹ฐ ์ง€์› ๋ฒ„์ „๊ณผ ํ•จ๊ป˜ ์•ฝ๊ฐ„ ๋‹จ์ˆœํ™”๋œ AlphaFold ๋ฒ„์ „์„ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค. ์ „์ฒด ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค์˜ ์ด ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ ํฌ๊ธฐ๋Š” ์•ฝ 415GB์ด๊ณ  ์••์ถ•์„ ํ’€์—ˆ์„ ๋•Œ์˜ ์ด ํฌ๊ธฐ๋Š” 2.2TB์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ๋‹ค์šด๋กœ๋“œํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ์ถฉ๋ถ„ํ•œ ํ•˜๋“œ ๋“œ๋ผ์ด๋ธŒ ๊ณต๊ฐ„, ๋Œ€์—ญํญ ๋ฐ ์‹œ๊ฐ„์ด ์žˆ๋Š”์ง€ ํ™•์ธํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค. ๋” ๋‚˜์€ ์œ ์ „์ž ๊ฒ€์ƒ‰ ์„ฑ๋Šฅ์„ ์œ„ํ•ด SSD๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋Š” ๊ฒƒ์ด ์ข‹์Šต๋‹ˆ๋‹ค.



ํŠน์ง•

  • AlphaFold๋ฅผ ์‹คํ–‰ํ•˜๋ ค๋ฉด ์—ฌ๋Ÿฌ ์œ ์ „(์„œ์—ด) ๋ฐ์ดํ„ฐ๋ฒ ์ด์Šค๊ฐ€ ํ•„์š”ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
  • AlphaFold ์ฝ”๋“œ๋Š” Apache 2.0 ๋ผ์ด์„ ์Šค์— ๋”ฐ๋ผ ๋ผ์ด์„ ์Šค๊ฐ€ ๋ถ€์—ฌ๋˜์ง€๋งŒ AlphaFold ๋งค๊ฐœ๋ณ€์ˆ˜๋Š” ๋น„์ƒ์—…์  ์šฉ๋„๋กœ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
  • CASP5 ๋™์•ˆ ์‚ฌ์šฉ๋˜์—ˆ์œผ๋ฉฐ ๊ตฌ์กฐ ์˜ˆ์ธก ํ’ˆ์งˆ์— ๋Œ€ํ•ด ๊ด‘๋ฒ”์œ„ํ•˜๊ฒŒ ๊ฒ€์ฆ๋œ 14๊ฐœ ๋ชจ๋ธ
  • pTM์„ ์ƒ์„ฑํ•˜๋„๋ก ๋ฏธ์„ธ ์กฐ์ •๋œ 5๊ฐœ์˜ pTM ๋ชจ๋ธ
  • AlphaFold๋ฅผ ์‹คํ–‰ํ•˜๋Š” ๊ฐ€์žฅ ๊ฐ„๋‹จํ•œ ๋ฐฉ๋ฒ•์€ ์ œ๊ณต๋œ Docker ์Šคํฌ๋ฆฝํŠธ๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋Š” ๊ฒƒ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
  • ๊ธฐ๋ณธ์ ์œผ๋กœ Alphafold๋Š” ๋ณด์ด๋Š” ๋ชจ๋“  GPU ์žฅ์น˜๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋ ค๊ณ  ์‹œ๋„ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.


ํ”„๋กœ๊ทธ๋ž˜๋ฐ ์–ธ์–ด

Python


์นดํ…Œ๊ณ ๋ฆฌ

ํŒจํ‚ค์ง€ ๊ด€๋ฆฌ์ž

์ด๊ฒƒ์€ https://sourceforge.net/projects/alphafold.mirror/์—์„œ๋„ ๊ฐ€์ ธ์˜ฌ ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ์• ํ”Œ๋ฆฌ์ผ€์ด์…˜์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ์šฐ๋ฆฌ์˜ ๋ฌด๋ฃŒ ์šด์˜ ์ฒด์ œ ์ค‘ ํ•˜๋‚˜์—์„œ ๊ฐ€์žฅ ์‰ฌ์šด ๋ฐฉ๋ฒ•์œผ๋กœ ์˜จ๋ผ์ธ์œผ๋กœ ์‹คํ–‰ํ•˜๊ธฐ ์œ„ํ•ด OnWorks์—์„œ ํ˜ธ์ŠคํŒ…๋˜์—ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.


๋ฌด๋ฃŒ ์„œ๋ฒ„ ๋ฐ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜

Windows ๋ฐ Linux ์•ฑ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ

  • 1
    ์ถ”์ ํ•˜๋‹ค
    ์ถ”์ ํ•˜๋‹ค
    strace ํ”„๋กœ์ ํŠธ๊ฐ€ ๋‹ค์Œ ์œ„์น˜๋กœ ์ด๋™๋˜์—ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
    https://strace.io. strace is a
    ์ง„๋‹จ, ๋””๋ฒ„๊น… ๋ฐ ๊ต์œก
    Linux์šฉ ์‚ฌ์šฉ์ž ๊ณต๊ฐ„ ์ถ”์ ๊ธฐ. ๊ทธ๊ฒƒ์€ ์‚ฌ์šฉ
    ๋ชจ๋‹ˆํ„ฐํ•˜๊ธฐ ์œ„ํ•ด...
    ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
  • 2
    gMKV์ถ”์ถœGUI
    gMKV์ถ”์ถœGUI
    mkvextract ์œ ํ‹ธ๋ฆฌํ‹ฐ์šฉ GUI(์˜ ์ผ๋ถ€
    (๋งŒ์•ฝ
    ์ „๋ถ€๋Š” ์•„๋‹˜) mkvextract์˜ ๊ธฐ๋Šฅ ๋ฐ
    mkvinfo ์œ ํ‹ธ๋ฆฌํ‹ฐ. C#NET 4.0์œผ๋กœ ์ž‘์„ฑ๋œ...
    gMKVExtractGUI ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
  • 3
    JasperReports ๋ผ์ด๋ธŒ๋Ÿฌ๋ฆฌ
    JasperReports ๋ผ์ด๋ธŒ๋Ÿฌ๋ฆฌ
    JasperReports ๋ผ์ด๋ธŒ๋Ÿฌ๋ฆฌ๋Š”
    ์„ธ๊ณ„์—์„œ ๊ฐ€์žฅ ์ธ๊ธฐ ์žˆ๋Š” ์˜คํ”ˆ ์†Œ์Šค
    ๋น„์ฆˆ๋‹ˆ์Šค ์ธํ…”๋ฆฌ์ „์Šค ๋ฐ ๋ณด๊ณ 
    ์—”์ง„. ๊ทธ๊ฒƒ์€ ์™„์ „ํžˆ Java๋กœ ์ž‘์„ฑ๋˜์—ˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
    ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ  ๊ทธ๊ฒƒ์€ ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค ...
    JasperReports ๋ผ์ด๋ธŒ๋Ÿฌ๋ฆฌ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
  • 4
    ํ”„๋ผํŽ˜ ๋ถ์Šค
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    Frappe Books๋Š” ๋ฌด๋ฃŒ ์˜คํ”ˆ ์†Œ์Šค์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
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  • 5
    ์ˆ˜์น˜ ํŒŒ์ด์ฌ
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    ์œˆ๋„์šฐ, ๋งฅ, ๋ฆฌ๋ˆ…์Šค ๋ฟ๋งŒ ์•„๋‹ˆ๋ผ
    ๋ณด๊ด€๋œ ์†Œ์Šค ๋ฐฐํฌ๋Š” ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์„ ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
    ์ˆ˜์น˜ ํŒŒ์ด์ฌ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
  • 6
    CMU ์Šคํ•‘ํฌ์Šค
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    CMUSphinx๋Š” ์Šคํ”ผ์ปค ๋…๋ฆฝ์ ์ธ ๋Œ€ํ˜•
    ์–ดํœ˜ ์—ฐ์† ์Œ์„ฑ ์ธ์‹๊ธฐ
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    CMU ์Šคํ•‘ํฌ์Šค ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ
  • ๋”ยป

Linux ๋ช…๋ น

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