이것은 iCAS(Illumina Clone Assembly System)라는 이름의 Windows 앱으로 Linux 온라인을 통해 Windows 온라인에서 실행되며 최신 릴리스는 icas_v062.tar.bz2로 다운로드할 수 있습니다. 워크스테이션용 무료 호스팅 제공업체인 OnWorks에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
iCAS(Illumina Clone Assembly System)라는 이름의 이 앱을 다운로드하여 온라인으로 실행하면 OnWorks를 통해 무료로 Linux를 통해 Windows에서 온라인으로 실행할 수 있습니다.
이 앱을 실행하려면 다음 지침을 따르세요.
- 1. 이 애플리케이션을 PC에 다운로드했습니다.
- 2. 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX에 원하는 사용자 이름을 입력합니다.
- 3. 이러한 파일 관리자에서 이 응용 프로그램을 업로드합니다.
- 4. 이 웹사이트에서 모든 OS OnWorks 온라인 에뮬레이터를 시작하지만 더 나은 Windows 온라인 에뮬레이터를 시작합니다.
- 5. 방금 시작한 OnWorks Windows OS에서 원하는 사용자 이름으로 파일 관리자 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX로 이동합니다.
- 6. 애플리케이션을 다운로드하여 설치합니다.
- 7. Linux 배포 소프트웨어 저장소에서 Wine을 다운로드합니다. 설치가 완료되면 앱을 두 번 클릭하여 Wine과 함께 실행할 수 있습니다. 인기 있는 Windows 프로그램 및 게임을 설치하는 데 도움이 되는 Wine을 통한 멋진 인터페이스인 PlayOnLinux를 사용해 볼 수도 있습니다.
Wine은 Linux에서 Windows 소프트웨어를 실행하는 방법이지만 Windows가 필요하지 않습니다. Wine은 모든 Linux 데스크탑에서 직접 Windows 프로그램을 실행할 수 있는 오픈 소스 Windows 호환성 계층입니다. 본질적으로 Wine은 Windows가 필요하지 않고 모든 Windows 응용 프로그램을 실행할 수 있도록 Windows를 처음부터 충분히 다시 구현하려고 합니다.
iCAS - Linux 온라인을 통해 Windows 온라인에서 실행되는 Illumina 클론 조립 시스템
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기술
크고 복잡한 게놈을 위한 고품질 어셈블리를 달성하기 위한 수단으로서 클론별 시퀀싱은 처리량이 많은 시퀀싱 시대에 계속해서 큰 관련성이 있습니다. 그러나 현재의 전체 게놈 어셈블러를 사용하여 얻은 어셈블리는 다중화 시퀀싱에 의해 도입된 서로 다른 데이터 특성으로 인해 종종 단편화되고 때로는 게놈 완전성 문제가 있습니다.iCAS를 사용하면 데이터 필터링 프로세스가 새로운 kmer 주파수 알고리즘을 기반으로 하므로 거의 완벽한 사전 조립 판독 결과를 얻을 수 있습니다. Contig는 다른 어셈블리 알고리즘을 사용하여 생성된 다음 더 긴 연속성을 달성하기 위해 함께 병합됩니다. 모든 읽기를 다시 초안 contigs로 다시 정렬하고 각 시퀀스 베이스를 재교정하면 최종 합의가 이루어집니다. QC용으로 완성된 클론을 사용하여 파이프라인은 99.7%의 클론 적용 범위와 Q39의 합의 기본 품질을 가진 어셈블리를 얻을 수 있습니다.
Wellcome Trust Sanger Institute에서 개발되었습니다.
오디언스 (Audience)
과학/연구
프로그래밍 언어
펄, C
https://sourceforge.net/projects/icas/에서도 가져올 수 있는 애플리케이션입니다. 무료 운영 체제 중 하나에서 가장 쉬운 방법으로 온라인으로 실행하기 위해 OnWorks에서 호스팅되었습니다.
